TkA03G526040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G526040

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 132066477-132070302 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1735 bp · TkA03G526040|TK1151|cDNA

AATATACTGAAACACTGGCCCTAGAAGCTTCCCGGGTTTGCAAATTATATTGATTCCTGCAATTAGGGTTTCTTTAGGGTTTACCATAACTCCCTTCATACACCAAAACAAAATACTTCGAAATTCAACTTAGTTTCCACAAATTTACAGACCACAAATGGTTCGTTCCAACGGCATTAAACTGTTCTCATGGATTGCTCGCCGGTCCCTCTCAAACGATCCCGTTTATGAGTCGCTTGCAAGAGGAGGTTATCGGAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1116 bp · TkA03G526040|TK1151|CDS

ATGGTTCGTTCCAACGGCATTAAACTGTTCTCATGGATTGCTCGCCGGTCCCTCTCAAACGATCCCGTTTATGAGTCGCTTGCAAGAGGAGGTTATCGGAAGTTTGGCTCATCAATTCACGGTCATTACAAGATTTCACCCTGCCGCAGTTACAAAAATGGAGTCAATTCGAGATATTGGTCAAATCTTGGAACGATTAAATCACATTATGGCAACAATAGATCGATTCATGGCACTTCACACATGGCTGCAAAGGATTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

371 aa · TkA03G526040|TK1151|PROTEIN

MVRSNGIKLFSWIARRSLSNDPVYESLARGGYRKFGSSIHGHYKISPCRSYKNGVNSRYWSNLGTIKSHYGNNRSIHGTSHMAAKDYYDTLGVNKNATASEIKKAYYGLAKKWHPDANKDDPEAETKFQEVSKAYEVLKDEEKRAQYDQLGHETFEASASGGGGGPDAGHWRNPFQDLGDIFGFGPFARNFTGKDETGALELSFMEAVQGCTKSVVFQTELPCETCGGSGVPPGTKPETCRRCKGAGMVDFSQTGPFRIQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G526040`
TK1151 ID	TkA03G526040
OH-1004 ID	LXL04_010410
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.687 / OH-1004 80.272 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G526040

位置 Chr03:132066477-132070302 (-)

描述 Similar to GFA2: Chaperone protein dnaJ GFA2, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48030`	可能在线粒体蛋白质折叠中发挥作用的分子伴侣。	Mitochondrial GFA2 is required for synergid cell death in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.002170

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010410 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000740 nuclear membrane fusion 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009558 embryo sac cellularization 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0010198 synergid death 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G48030

nma:NMA0209

nmc:NMC0043

nme:NMB0059

nmn:NMCC_0067

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.836

排名 1 · TkA03G526040 · TK1151

质体0.156

排名 2 · TkA03G526040 · TK1151

细胞质0.063

排名 3 · TkA03G526040 · TK1151

细胞核0.037

排名 4 · TkA03G526040 · TK1151

细胞外0.030

排名 5 · TkA03G526040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00226DnaJ86-148 aa

PF25433DUF7895103-114 aa

PF01556DnaJ_C200-356 aa

PF28694SCO2_C208-231 aa

PF19114EsV_1_7_cys209-213 aa

PF18912DZR_2210-243 aa

PF15777Anti-TRAP220-249 aa

PF23733GRXCR1-2_C221-250 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G526040	`PF00226`	DnaJ	86	148	6.2e-28	97.4
TkA03G526040	`PF25433`	DUF7895	103	114	3.7	8.7
TkA03G526040	`PF01556`	DnaJ_C	200	356	5.2e-20	72.8
TkA03G526040	`PF28694`	SCO2_C	208	231	0.045	14.5
TkA03G526040	`PF19114`	EsV_1_7_cys	209	213	0.015	15.9
TkA03G526040	`PF18912`	DZR_2	210	243	4.5	7.9
TkA03G526040	`PF15777`	Anti-TRAP	220	249	0.0073	17.0
TkA03G526040	`PF23733`	GRXCR1-2_C	221	250	0.044	14.4
TkA03G526040	`PF20833`	RNase_E_G_Thio	222	231	0.7	10.8
TkA03G526040	`PF25433`	DUF7895	222	249	3.7	8.7
TkA03G526040	`PF17302`	DUF5351	222	230	4.8	8.3
TkA03G526040	`PF00684`	DnaJ_CXXCXGXG	223	283	3.6e-13	50.3
TkA03G526040	`PF25436`	BSD2_CRD	223	286	0.071	14.0
TkA03G526040	`PF13717`	Zn_ribbon_4	223	227	0.1	13.3
TkA03G526040	`PF19114`	EsV_1_7_cys	230	250	0.015	15.9
TkA03G526040	`PF17302`	DUF5351	238	247	4.8	8.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWW8`	拟南芥	sp\|Q8GWW8\|GFA2_ARATH Chaperone protein dnaJ GFA2, mitochondrial	54.200%	Swiss-Prot	高置信

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