TkA03G207800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G207800

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 52171075-52182089 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3838 bp · TkA03G207800|TK1151|cDNA

GTAAGTTACTCGAAATTTTTCAGTGTAGCTTTTCCAAGTTTTCACTTCCCCCCTAAGTCCCTTCTTTCGCGCCCTCTAGTTTCAACTCCGACGATGGCGGACGCCGACGGTAAGGCTGCAAAGGAACTGATTCGCGATGTCGGCAAACAACTCGCTGCCAAACAGAAATGTCCTCACAAAGATTCCCTCGTAAAATTGCTCCGACAAGCTGCAAGTGCATTACCAAAGTTAAAAACACAATCAGACTTGCTAAAGCCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1827 bp · TkA03G207800|TK1151|CDS

GTAAGTTACTCGAAATTTTTCAGTGTAGCTTTTCCAAGTTTTCACTTCCCCCCTAAGTCCCTTCTTTCGCGCCCTCTAGTTTCAACTCCGACGATGGCGGACGCCGACGGTAAGGCTGCAAAGGAACTGATTCGCGATGTCGGCAAACAACTCGCTGCCAAACAGAAATGTCCTCACAAAGATTCCCTCGTAAAATTGCTCCGACAAGCTGCAAGTGCATTACCAAAGTTAAAAACACAATCAGACTTGCTAAAGCCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

608 aa · TkA03G207800|TK1151|PROTEIN

VSYSKFFSVAFPSFHFPPKSLLSRPLVSTPTMADADGKAAKELIRDVGKQLAAKQKCPHKDSLVKLLRQAASALPKLKTQSDLLKPAIKPLIDSLVKHGLLRQKDKDVRLLVAICVCEILRILAPNPGFSDEDFRDIYQLFLGMFAELGDTKSPYFSKRVALLETIAKFNFCVLMLDTGCEDLVLKMFNIFFSVIRKEHPSNVYGAMSSIMSLIFQEKSSQELLEVILQSLIKESKDASPASFQLGVSVIEGCSEAIQPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G207800`
TK1151 ID	TkA03G207800
OH-1004 ID	LXL04_007694
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.908 / OH-1004 45.314 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G207800

位置 Chr03:52171075-52182089 (+)

描述 Similar to PDS5A: Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77600`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Leaf phenomics: a systematic reverse genetic screen for Arabidopsis leaf mutants.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12595 Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
`At5g47690`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007694 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009952 anterior/posterior pattern specification 生物过程

GO:0009954 proximal/distal pattern formation 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0035825 homologous recombination 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0097402 neuroblast migration 生物过程

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77600

ath:AT5G47690

gga:422787

hsa:23244

rno:305343

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.618

排名 1 · TkA03G207800 · TK1151

细胞质0.297

排名 2 · TkA03G207800 · TK1151

内质网0.087

排名 3 · TkA03G207800 · TK1151

细胞膜0.069

排名 4 · TkA03G207800 · TK1151

高尔基体0.044

排名 5 · TkA03G207800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29896PPFR1_M30-104 aa

PF03500Cellsynth_D34-74 aa

PF20168PDS561-516 aa

PF13646HEAT_268-79 aa

PF12717Cnd169-121 aa

PF13513HEAT_EZ69-115 aa

PF24714TOR1L1_N70-112 aa

PF23271HEAT_GCN183-114 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G207800	`PF29896`	PPFR1_M	30	104	0.014	16.6
TkA03G207800	`PF03500`	Cellsynth_D	34	74	0.11	13.1
TkA03G207800	`PF20168`	PDS5	61	516	7.3e-143	478.4
TkA03G207800	`PF13646`	HEAT_2	68	79	0.029	15.4
TkA03G207800	`PF12717`	Cnd1	69	121	1.7e-07	32.2
TkA03G207800	`PF13513`	HEAT_EZ	69	115	0.0045	18.2
TkA03G207800	`PF24714`	TOR1L1_N	70	112	0.00044	20.4
TkA03G207800	`PF23271`	HEAT_GCN1	83	114	0.0011	19.9
TkA03G207800	`PF25780`	TPR_IPO5	91	108	0.016	16.3
TkA03G207800	`PF02985`	HEAT	100	122	2.7e-05	24.7
TkA03G207800	`PF29896`	PPFR1_M	100	142	0.014	16.6
TkA03G207800	`PF12717`	Cnd1	183	268	1.7e-07	32.2
TkA03G207800	`PF25780`	TPR_IPO5	204	224	0.016	16.3
TkA03G207800	`PF23271`	HEAT_GCN1	206	238	0.0011	19.9
TkA03G207800	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	213	242	0.00021	22.1
TkA03G207800	`PF13513`	HEAT_EZ	246	261	0.0045	18.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I735`	拟南芥	sp\|F4I735\|PDS5B_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B	44.700%	Swiss-Prot	中等置信
`B6EUB3`	拟南芥	sp\|B6EUB3\|PDS5A_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A	39.500%	Swiss-Prot	中等置信

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