TkA02G336800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G336800

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 85488594-85496028 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1241 bp · TkA02G336800|TK1151|cDNA

AGCAAATTCATGTGCAATTTATGAATGTGTAGATCGTAACTTTACAAGTCAATTTGATATTATAATTTGCAAGCAGATGACCTAAATAAACCGCTCAATTAAAATCCACACTTCTCCTTCATAGCATTAGGTTGTGCTGCCAAGGGCAAGACAGGTGGAGGGTGACCGCGACACCGGAAAGGGGCGGAGGGCGCAGTGGTGGTAGGCGAAGGTGCAACAGTATGCGTCTCTGGTTTGCAGCCCTGTCTTGAGTATGAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1134 bp · TkA02G336800|TK1151|CDS

ATGAAAGGTGGACGCCATAAATTGGATAGAATTAGTGCTCTTCCTCAAGACACAATTGAAAAAATCCTTACTCTTATGCCAATCCGAGATGCAGTGAGGACGAGTATTCTGTCAAGGAAATGGAGGTTTTCTTGGACGACCATTCCGAAACTTGTATTTAATGACAACATGATTGTATCATCTCGTAACATACAACTCAACAAATATAAGTTTGTCACTGCCATCTTCCACGTTTTGTTGATACACAGTGCTCCGATATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

377 aa · TkA02G336800|TK1151|PROTEIN

MKGGRHKLDRISALPQDTIEKILTLMPIRDAVRTSILSRKWRFSWTTIPKLVFNDNMIVSSRNIQLNKYKFVTAIFHVLLIHSAPISEFTLFVHRKPFNEIDQIILHLSRSKNIKKFIFKNAGNYQSYLLPCSLFSLKGLEHLDLTYCRFELPLMDKGFGMLKSLRFSEVDITNKMVLRFLANCPLLEQFTWITVHFIPLTDCELVELFKCLPSVQILQIPKLYIEHSVVGGMPHKPPMLLPHLRILVLNVSSFELPFVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G336800`
TK1151 ID	TkA02G336800
OH-1004 ID	LXL04_011168
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	60.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.552 / OH-1004 29.934 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G336800

位置 Chr02:85488594-85496028 (+)

描述 Similar to At1g13570: F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13570`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g13570。	暂无已核实直接文献
`At4g09920`	F-box蛋白 At4g09920。	暂无已核实直接文献
`At5g56810`	推测的 F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At5g56810。	暂无已核实直接文献
`At4g10400`	与FBD相关的F-box蛋白At4g10400。	暂无已核实直接文献
`At5g56370`	与 FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g56370。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011168 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13570

ath:AT5G56440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.772

排名 1 · TkA02G336800 · TK1151

细胞质0.338

排名 2 · TkA02G336800 · TK1151

内质网0.038

排名 3 · TkA02G336800 · TK1151

细胞膜0.034

排名 4 · TkA02G336800 · TK1151

质体0.017

排名 5 · TkA02G336800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box11-48 aa

PF12937F-box-like11-42 aa

PF24758LRR_At5g56370106-193 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1110-192 aa

PF08387FBD116-122 aa

PF08387FBD128-138 aa

PF07723LRR_2140-150 aa

PF07723LRR_2161-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G336800	`PF00646`	F-box	11	48	2.7e-07	30.9
TkA02G336800	`PF12937`	F-box-like	11	42	0.1	13.1
TkA02G336800	`PF24758`	LRR_At5g56370	106	193	1.9e-13	51.3
TkA02G336800	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	110	192	2.5e-10	41.0
TkA02G336800	`PF08387`	FBD	116	122	0.00047	20.7
TkA02G336800	`PF08387`	FBD	128	138	0.00047	20.7
TkA02G336800	`PF07723`	LRR_2	140	150	0.093	14.1
TkA02G336800	`PF07723`	LRR_2	161	185	0.093	14.1
TkA02G336800	`PF08387`	FBD	180	191	0.00047	20.7
TkA02G336800	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	210	344	2.5e-10	41.0
TkA02G336800	`PF24758`	LRR_At5g56370	219	274	1.9e-13	51.3
TkA02G336800	`PF08387`	FBD	237	249	0.00047	20.7
TkA02G336800	`PF00646`	F-box	288	296	2.7e-07	30.9
TkA02G336800	`PF24758`	LRR_At5g56370	300	342	1.9e-13	51.3
TkA02G336800	`PF08387`	FBD	305	339	0.00047	20.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FZ70`	拟南芥	sp\|Q9FZ70\|FDL1_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g13570	29.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9T0F1`	拟南芥	sp\|Q9T0F1\|FB226_ARATH F-box protein At4g09920	30.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJT2`	拟南芥	sp\|Q9FJT2\|FDL40_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g56810	30.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SV82`	拟南芥	sp\|Q9SV82\|FBD40_ARATH FBD-associated F-box protein At4g10400	31.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FM94`	拟南芥	sp\|Q9FM94\|FBD21_ARATH FBD-associated F-box protein At5g56370	24.300%	Swiss-Prot	低置信

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