TkA02G207280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G207280

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 52912997-52916606 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1657 bp · TkA02G207280|TK1151|cDNA

CTATAGTGAAAGCTATAGTGGATGCTCTTATCAAATCCCTAATATCGTCCCAAAGGCGGAGGATCGAGCCAGAGCAGCTGAGATATAGGAAAACAATCCGAACTTCAAACAGCTTACCGAGTAGAGGACGTTCGCTATGTTGGTCTCAAGCCGGTTGACGAGGTGCCTGGCTCTTCCACCATTGACCACCACTTCCACCGCCCTTCAGGATATTGCTTCAAACCAAGCCAAGGGTGTCGCAAAGGTCATCCTAAAGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1311 bp · TkA02G207280|TK1151|CDS

ATGTTGGTCTCAAGCCGGTTGACGAGGTGCCTGGCTCTTCCACCATTGACCACCACTTCCACCGCCCTTCAGGATATTGCTTCAAACCAAGCCAAGGGTGTCGCAAAGGTCATCCTAAAGAAGGGGAAAACACAACTGTTTCGTGATGGAAGCCCAATGGTTTACAGTGGTGCAGTCGATAGAATTATTGGAAGACCGCCCCCAAAAACAGGGGACATGGTGCTGGTGGCTGACGGGACAGAAAAGCCTATCGCTTGGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

436 aa · TkA02G207280|TK1151|PROTEIN

MLVSSRLTRCLALPPLTTTSTALQDIASNQAKGVAKVILKKGKTQLFRDGSPMVYSGAVDRIIGRPPPKTGDMVLVADGTEKPIAWGLYNSCSMFCVRLMQLDEEVSGDPCCALNMEKLLETRIDAAMKLRNNLGLPSANTNAYRLVNSEGDRLSGLIIDVFGDLAVIASSAAWVERYKEHIKKCVRGLKVINSVVWRPSIEILKEEGLDVGDVGEQESSERVKVVENGISYMISLDGQKTGFYADQRENREFISTISDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G207280`
TK1151 ID	TkA02G207280
OH-1004 ID	LXL04_015809
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G207280`
位置	Chr02:52912997-52916606 (+)
描述	Similar to rlmI: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase I (Erwinia tasmaniensis (strain DSM 17950 / CIP 109463 / Et1/99)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_015809` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0016434 rRNA (cytosine) methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	aha:AHA_2227 amc:MADE_1008550 asa:ASA_2074 eta:ETA_20930 ppr:PBPRA2194 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.804

排名 1 · TkA02G207280 · TK1151

质体0.155

排名 2 · TkA02G207280 · TK1151

细胞质0.084

排名 3 · TkA02G207280 · TK1151

细胞核0.063

排名 4 · TkA02G207280 · TK1151

细胞膜0.017

排名 5 · TkA02G207280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17785PUA_337-100 aa

PF20169DUF6537152-193 aa

PF08241Methyltransf_11164-190 aa

PF14578GTP_EFTU_D4183-240 aa

PF03602Cons_hypoth95187-206 aa

PF10672Methyltrans_SAM218-384 aa

PF02475TRM5-TYW2_MTfase226-342 aa

PF13489Methyltransf_23250-338 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G207280	`PF17785`	PUA_3	37	100	2.4e-10	40.7
TkA02G207280	`PF20169`	DUF6537	152	193	0.35	11.4
TkA02G207280	`PF08241`	Methyltransf_11	164	190	0.00037	21.8
TkA02G207280	`PF14578`	GTP_EFTU_D4	183	240	0.037	14.6
TkA02G207280	`PF03602`	Cons_hypoth95	187	206	3.5e-09	37.3
TkA02G207280	`PF10672`	Methyltrans_SAM	218	384	1.3e-16	61.4
TkA02G207280	`PF02475`	TRM5-TYW2_MTfase	226	342	5.4e-08	33.7
TkA02G207280	`PF13489`	Methyltransf_23	250	338	0.0002	21.8
TkA02G207280	`PF01209`	Ubie_methyltran	255	320	0.026	14.6
TkA02G207280	`PF01728`	FtsJ	256	370	0.00056	20.6
TkA02G207280	`PF06325`	PrmA	257	318	0.00015	22.0
TkA02G207280	`PF13847`	Methyltransf_31	258	384	6.4e-10	39.7
TkA02G207280	`PF03602`	Cons_hypoth95	258	341	3.5e-09	37.3
TkA02G207280	`PF05175`	MTS	258	348	2.1e-06	28.2
TkA02G207280	`PF01189`	Methyltr_RsmB-F	258	381	0.0048	17.3
TkA02G207280	`PF02384`	N6_Mtase	258	341	0.0063	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情