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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G626770
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 158197470-158200265 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1450 bp · TkA01G626770|TK1151|cDNA

AAATTGAGACTCACAAACAACGACACAAATATGATCATCATCATCTTCCTCTTCTTCATTAACCACATCCTCCTCCTATCATCTTCATCTACACCTTCACCGGCTCCTCCATGGCGGGCGGTGTTGCAACGGTGCAGCATAATCTCAAGATGCAGCCTTCTATCTCACTCCTCCCCTCTGCTCAATCCTCCTTCTGTGGCACTAAATTCAACACCTCCATCCAGTATAAAAGGAAAGTATGCCAAACAAAAGGAGCTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · TkA01G626770|TK1151|CDS

ATGGCGGGCGGTGTTGCAACGGTGCAGCATAATCTCAAGATGCAGCCTTCTATCTCACTCCTCCCCTCTGCTCAATCCTCCTTCTGTGGCACTAAATTCAACACCTCCATCCAGTATAAAAGGAAAGTATGCCAAACAAAAGGAGCTTTGAACGTGGTAGCGTCAAGTGCCAAGAAAATTCTTGTAATGGGAGGCACACGTTTCATCGGGATCTTTCTTTCCAGGCTACTTGTCGAAGAGGGCCATCAGGTAACTTTGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

383 aa · TkA01G626770|TK1151|PROTEIN

MAGGVATVQHNLKMQPSISLLPSAQSSFCGTKFNTSIQYKRKVCQTKGALNVVASSAKKILVMGGTRFIGIFLSRLLVEEGHQVTLFTRGKAPITQPLPGEADEAYNSFKSKILHLKGDRKDFDFVKTSLAAEGFDVVYDINGREAVEVEPILDALPNLEQYIYCSSAGVYLKSDLLPHCETDAVDPKSRHKGKLETEALLESKGVNYTSIRPVYIYGPLNYNPVEEWFFHRLKAGRPIPIPNSGLQVTQLGHVKDLATA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G626770
TK1151 IDTkA01G626770
OH-1004 IDLXL04_000238
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G626770
位置Chr01:158197470-158200265 (-)
描述Similar to CSP41B: Chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa b, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g09340 结合和切割 RNA，特别是在茎环中。
ABA-responsive RNA-binding proteins are involved in chloroplast and stromule function in Arabidopsis seedlings.2006 · DOI: 10.1007/s00425-006-0282-4
Arabidopsis thaliana mutants reveal a role for CSP41a and CSP41b, two ribosome-associated endonucleases, in chloroplast ribosomal RNA metabolism.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9328-2
The RNA-binding proteins CSP41a and CSP41b may regulate transcription and translation of chloroplast-encoded RNAs in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1007/s11103-008-9436-z
Identification of a novel heteroglycan-interacting protein, HIP 1.3, from Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1016/j.jplph.2010.09.008
Plastid encoded RNA polymerase activity and expression of photosynthesis genes required for embryo and seed development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.3389/fpls.2014.00385
At3g63140 结合和切割 RNA，特别是在茎环中。
Arabidopsis thaliana mutants reveal a role for CSP41a and CSP41b, two ribosome-associated endonucleases, in chloroplast ribosomal RNA metabolism.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9328-2
The RNA-binding proteins CSP41a and CSP41b may regulate transcription and translation of chloroplast-encoded RNAs in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1007/s11103-008-9436-z
At1g75280 异黄酮还原酶同源物 P3。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000238 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程
GO:0005996 monosaccharide metabolic process 生物过程
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0007623 circadian rhythm 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0009807 lignan biosynthetic process 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0032544 plastid translation 生物过程
GO:0033499 galactose catabolic process via UDP-galactose, Leloir pathway 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09340
ath:AT1G75280
ath:AT3G63140
cgb:cg2104
cgl:Cgl1921
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.985
排名 1 · TkA01G626770 · TK1151
线粒体0.028
排名 2 · TkA01G626770 · TK1151
细胞质0.022
排名 3 · TkA01G626770 · TK1151
过氧化物酶体0.018
排名 4 · TkA01G626770 · TK1151
细胞膜0.014
排名 5 · TkA01G626770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368NmrA57-274 aa
PF00106adh_short58-127 aa
PF04321RmlD_sub_bind59-97 aa
PF01370Epimerase60-277 aa
PF16363GDP_Man_Dehyd61-149 aa
PF13460NAD_binding_1064-216 aa
PF04321RmlD_sub_bind163-299 aa
PF16363GDP_Man_Dehyd247-351 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G626770PF05368NmrA572740.001219.2
TkA01G626770PF00106adh_short581270.04813.9
TkA01G626770PF04321RmlD_sub_bind59970.0002221.1
TkA01G626770PF01370Epimerase602773.3e-1866.7
TkA01G626770PF16363GDP_Man_Dehyd611494.8e-0730.3
TkA01G626770PF13460NAD_binding_10642164.8e-0627.3
TkA01G626770PF04321RmlD_sub_bind1632990.0002221.1
TkA01G626770PF16363GDP_Man_Dehyd2473514.8e-0730.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SA52拟南芥sp|Q9SA52|CP41B_ARATH Chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa b, chloroplastic80.900%Swiss-Prot高置信
Q9LYA9拟南芥sp|Q9LYA9|CP41A_ARATH Chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa a, chloroplastic34.200%Swiss-Prot中等置信
P52577拟南芥sp|P52577|IFRH_ARATH Isoflavone reductase homolog P326.700%Swiss-Prot低置信

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