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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G623310
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 157332494-157334706 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1042 bp · TkA01G623310|TK1151|cDNA

GAAAGAAACAACAACGTGGCAGGTGACCTCCGGTTTTCCCTTTGGTTCCTTCTTTTCACATCTCCTGCAAATTTCAAAAACAAGTGATCATTACTTGGGCAGCCATGTTAATGTCTGATCGGATGTTGCTCAAGGTCATTGTTCTTGGTGATAGTGGGGTCGGGAAGACATCTTTGATGAATCAATACGTTTATAACAGGTTCAACAAACAGTACAAGTCAACAATTGGTGCTGATTTTGTGACCAAGGAGCTGCATATA...

CDS

下载 CDS FASTA

630 bp · TkA01G623310|TK1151|CDS

ATGTTAATGTCTGATCGGATGTTGCTCAAGGTCATTGTTCTTGGTGATAGTGGGGTCGGGAAGACATCTTTGATGAATCAATACGTTTATAACAGGTTCAACAAACAGTACAAGTCAACAATTGGTGCTGATTTTGTGACCAAGGAGCTGCATATAGACGAGAAGCTCGTCACGTTGCAAATTTGGGATACTGCTGGACAAGAGAGGTTTCACAGCCTTGGAGTTGCGTTTTATAGAGGGGCAGATTGTTGTGTGCTTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

209 aa · TkA01G623310|TK1151|PROTEIN

MLMSDRMLLKVIVLGDSGVGKTSLMNQYVYNRFNKQYKSTIGADFVTKELHIDEKLVTLQIWDTAGQERFHSLGVAFYRGADCCVLVYDVNIQKTFETLQTWHEEFLKQADPTDPDKFPFVLLGNKVDTDGGSSRAVSEKTAREWCALNGNIPYFETSAKENYNVDDAFLCVAKTALASEHPHPDVDEMYFQRIPTTISETEQERSCAC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G623310
TK1151 IDTkA01G623310
OH-1004 IDLXL04_000273
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.694 / OH-1004 82.278
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G623310
位置Chr01:157332494-157334706 (+)
描述Similar to Ras-related protein Rab7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g09720 细胞内囊泡运输和蛋白质运输。 暂无已核实直接文献
At1g22740 细胞内囊泡运输和蛋白质运输。
The Rab GTPase RabG3b functions in autophagy and contributes to tracheary element differentiation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04315.x
At2g21880 细胞内囊泡运输和蛋白质运输。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000273 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010089 xylem development 生物过程
GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程
GO:0010623 programmed cell death involved in cell development 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:1905177 tracheary element differentiation 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G22740
ath:AT2G21880
ath:AT4G09720
gmx:100785104
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.503
排名 1 · TkA01G623310 · TK1151
高尔基体0.387
排名 2 · TkA01G623310 · TK1151
溶酶体／液泡0.209
排名 3 · TkA01G623310 · TK1151
内质网0.166
排名 4 · TkA01G623310 · TK1151
细胞膜0.137
排名 5 · TkA01G623310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05894Podovirus_Gp162-41 aa
PF05049IIGP5-28 aa
PF00025Arf6-140 aa
PF00735Septin9-56 aa
PF13479AAA_249-28 aa
PF00071Ras10-176 aa
PF08477Roc10-128 aa
PF04670Gtr1_RagA10-129 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G623310PF05894Podovirus_Gp162410.0513.7
TkA01G623310PF05049IIGP5280.2511.1
TkA01G623310PF00025Arf61408.2e-1245.7
TkA01G623310PF00735Septin9560.03114.3
TkA01G623310PF13479AAA_249280.1612.3
TkA01G623310PF00071Ras101768.3e-56188.8
TkA01G623310PF08477Roc101281.2e-34119.9
TkA01G623310PF04670Gtr1_RagA101291.1e-0732.3
TkA01G623310PF01926MMR_HSR1101051.7e-0628.8
TkA01G623310PF12775AAA_710390.02514.8
TkA01G623310PF10662PduV-EutP10460.0913.3
TkA01G623310PF09439SRPRB10700.2811.2
TkA01G623310PF03266NTPase_110720.3111.6
TkA01G623310PF03193RsgA_GTPase11300.007416.8
TkA01G623310PF20720nSTAND311410.008516.5
TkA01G623310PF13191AAA_1611360.01416.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q948K8拟南芥sp|Q948K8|RAG3A_ARATH Ras-related protein RABG3a71.200%Swiss-Prot高置信
O04157拟南芥sp|O04157|RAG3B_ARATH Ras-related protein RABG3b72.500%Swiss-Prot高置信
Q9SJ11拟南芥sp|Q9SJ11|RABG2_ARATH Ras-related protein RABG268.200%Swiss-Prot高置信

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