TkA01G614600 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G614600

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 155005163-155009962 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2689 bp · TkA01G614600|TK1151|cDNA

CCGTAGGCCAGTCCTCAAAAGAAATTCCTTCGGTATGAATGCTCTCCACTACGCCCTTCCCCTCGATTCAGTCTGTATATGCAAGCAAAGTCTTTATTTTTCATTTACTTTATATTTTTTTAATCTGTATGTTCTCTCTTCGATACCTCTCTTTCTCTCGCCTGTTTGGTGACCAACTACCCCTGTCTTGGATCCAAAAAAACGAAACTAACCAAGAAAAAACACACACCCTTTTGTTTAATCATTATTTTACAAGTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1602 bp · TkA01G614600|TK1151|CDS

ATGTCGCAAATGGAAGCAGAAAACGGTGATGGCAAGTCGAAGATGGAGGATTATGAGGTTATTGAGCAGATTGGTAGAGGGGCTTTTGGAGCTGCTTTTCTTGTTCTCCATAAGATTGAAAAAAAGAAGTATGTCATGAAGAAGATTCGGTTGAATAAGCAAACAGAGAAGTTTAAGAAGACAGCACATCAAGAGATGGATTTGATGTCTCGACTTGTTCATCCATATGTTGTGGAGTACAAAGATGCTTGGGTGGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

533 aa · TkA01G614600|TK1151|PROTEIN

MSQMEAENGDGKSKMEDYEVIEQIGRGAFGAAFLVLHKIEKKKYVMKKIRLNKQTEKFKKTAHQEMDLMSRLVHPYVVEYKDAWVDKVGICIVTAYCEGGDIAELVRKARGAYFPEEKLCKWLTQLLLALDYLHTNRVLHRDLKCSNIFLTKENDVRLGDFGLAKLLNSEDLASSVVGTPNYMCPELLADIPYGYKSDIWSLGCCMFEICAHQQPFRAPDMSGLINKINRSTISPLPIVYSSTLKQIIKTMLRKSPEHRP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G614600`
TK1151 ID	TkA01G614600
OH-1004 ID	LXL04_000392
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G614600

位置 Chr01:155005163-155009962 (+)

描述 Similar to NEK6: Serine/threonine-protein kinase Nek6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20860`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`At3g12200`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`At3g44200`	参与下胚轴和根部的表皮细胞形态发生。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0590800`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`Os05g0440800`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`Os01g0864700`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2ZMH2`	可能参与植物发育过程。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000392 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0010366 negative regulation of ethylene biosynthetic process 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0055028 cortical microtubule 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12200

ath:AT3G20860

dosa:Os02g0590800

dosa:Os05g0440800

osa:4338922

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.632

排名 1 · TkA01G614600 · TK1151

细胞核0.382

排名 2 · TkA01G614600 · TK1151

细胞膜0.108

排名 3 · TkA01G614600 · TK1151

高尔基体0.059

排名 4 · TkA01G614600 · TK1151

线粒体0.058

排名 5 · TkA01G614600 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase18-270 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr20-267 aa

PF03109ABC192-169 aa

PF17667Pkinase_fungal119-201 aa

PF14531Kinase-like125-259 aa

PF17667Pkinase_fungal507-521 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G614600	`PF00069`	Pkinase	18	270	2.5e-68	231.0
TkA01G614600	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	20	267	5.1e-43	147.9
TkA01G614600	`PF03109`	ABC1	92	169	0.00019	21.4
TkA01G614600	`PF17667`	Pkinase_fungal	119	201	0.0015	18.0
TkA01G614600	`PF14531`	Kinase-like	125	259	0.00018	21.6
TkA01G614600	`PF17667`	Pkinase_fungal	507	521	0.0015	18.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT35`	拟南芥	sp\|Q9LT35\|NEK6_ARATH Serine/threonine-protein kinase Nek6	51.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LHI7`	拟南芥	sp\|Q9LHI7\|NEK7_ARATH Serine/threonine-protein kinase Nek7	46.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0WPH8`	拟南芥	sp\|Q0WPH8\|NEK5_ARATH Serine/threonine-protein kinase Nek5	64.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YY75`	水稻	sp\|Q6YY75\|NEK6_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase Nek6	51.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q60DG4`	水稻	sp\|Q60DG4\|NEK4_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase Nek4	66.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94CU5`	水稻	sp\|Q94CU5\|NEK5_ORYSJ Serine/threonine-protein kinase Nek5	72.000%	Swiss-Prot	低置信
`A2ZMH2`	水稻	sp\|A2ZMH2\|NEK2_ORYSI Serine/threonine-protein kinase Nek2	28.900%	Swiss-Prot	低置信

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