TkA01G495250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G495250

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 123928191-123928754 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

564 bp · TkA01G495250|TK1151|cDNA

ATGAACCACTCAACTTTCCATAACCAGAAACCCCATAAACACACCACCAAAAGACTCACCGAAGATCAAGTGAGATTACTCGAGTCATGTTTTGACGCGAGCAAAAAACTCGAGCCGGAGAAAAAACACGAGTTGTCCCGCCACCTTGGAATACCTCCACGACAAATAGCCATCTGGTACCAAAACAAAAGGGCACGTTGGAAGAACCAGAGTCTCGAACATGACTACACCATGCTACAACTCCAATTGGAGGCCACTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

564 bp · TkA01G495250|TK1151|CDS

ATGAACCACTCAACTTTCCATAACCAGAAACCCCATAAACACACCACCAAAAGACTCACCGAAGATCAAGTGAGATTACTCGAGTCATGTTTTGACGCGAGCAAAAAACTCGAGCCGGAGAAAAAACACGAGTTGTCCCGCCACCTTGGAATACCTCCACGACAAATAGCCATCTGGTACCAAAACAAAAGGGCACGTTGGAAGAACCAGAGTCTCGAACATGACTACACCATGCTACAACTCCAATTGGAGGCCACTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

187 aa · TkA01G495250|TK1151|PROTEIN

MNHSTFHNQKPHKHTTKRLTEDQVRLLESCFDASKKLEPEKKHELSRHLGIPPRQIAIWYQNKRARWKNQSLEHDYTMLQLQLEATLLETKHLQKEVEHLRGELNKVQVEQARHNRFYSNMNNQPLMESSFSRCGDDVGSSSRSLEDDTGNFYGFGEQVFEVSDMYNGTRGMMGTDIGLFGLKNNLL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G495250`
TK1151 ID	TkA01G495250
OH-1004 ID	LXL04_001952
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G495250

位置 Chr01:123928191-123928754 (+)

描述 Similar to ATHB-52: Homeobox-leucine zipper protein ATHB-52

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g53980`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g18550`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0649300`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2X7U1`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2XD08`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001952 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G18550

ath:AT5G53980

dosa:Os02g0649300

dosa:Os08g0416000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979

排名 1 · TkA01G495250 · TK1151

细胞质0.083

排名 2 · TkA01G495250 · TK1151

细胞膜0.016

排名 3 · TkA01G495250 · TK1151

内质网0.010

排名 4 · TkA01G495250 · TK1151

质体0.008

排名 5 · TkA01G495250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046Homeodomain17-69 aa

PF01351RNase_HII25-120 aa

PF02183HALZ26-33 aa

PF06156YabA34-42 aa

PF05920Homeobox_KN39-66 aa

PF11932DUF345061-132 aa

PF15035Rootletin64-116 aa

PF03035RNA_capsid66-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G495250	`PF00046`	Homeodomain	17	69	7.6e-16	58.4
TkA01G495250	`PF01351`	RNase_HII	25	120	0.12	13.0
TkA01G495250	`PF02183`	HALZ	26	33	0.38	11.7
TkA01G495250	`PF06156`	YabA	34	42	0.26	12.6
TkA01G495250	`PF05920`	Homeobox_KN	39	66	0.012	16.2
TkA01G495250	`PF11932`	DUF3450	61	132	0.096	12.7
TkA01G495250	`PF15035`	Rootletin	64	116	0.088	13.5
TkA01G495250	`PF03035`	RNA_capsid	66	97	0.079	13.6
TkA01G495250	`PF06156`	YabA	70	135	0.26	12.6
TkA01G495250	`PF02183`	HALZ	72	105	0.38	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN29`	拟南芥	sp\|Q9FN29\|ATB52_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ATHB-52	44.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZU70`	拟南芥	sp\|Q9ZU70\|ATB21_ARATH Homeobox-leucine zipper protein ATHB-21	41.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6H6S3`	水稻	sp\|Q6H6S3\|HOX24_ORYSJ Homeobox-leucine zipper protein HOX24	49.500%	Swiss-Prot	低置信
`A2X7U1`	水稻	sp\|A2X7U1\|HOX24_ORYSI Homeobox-leucine zipper protein HOX24	49.500%	Swiss-Prot	低置信
`A2XD08`	水稻	sp\|A2XD08\|HOX21_ORYSI Homeobox-leucine zipper protein HOX21	49.500%	Swiss-Prot	低置信

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