TkA01G358100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G358100

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 88963118-88967665 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2168 bp · TkA01G358100|TK1151|cDNA

TAAAAACCCAAAAGCCGGCGTGATCCGCACCCTATTAATCAGCATAATATTTTCTGTATGAATGTGAGGGATAAAATCCATGGAACCCGCGAAACCACGGATTGCATTCCTCATAATCTCAATAGTAATAATTTCCGATGGGTTGATCTTTAGAGTTTTGGCAGAAGGTGTGACTTATGCCGAATCAAAACAGCTGCGAGATGAGGTTCGTGGAATGTTTTATCATGCATTTGATGGATATATGGATCATGCTTTCCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1704 bp · TkA01G358100|TK1151|CDS

ATGGAACCCGCGAAACCACGGATTGCATTCCTCATAATCTCAATAGTAATAATTTCCGATGGGTTGATCTTTAGAGTTTTGGCAGAAGGTGTGACTTATGCCGAATCAAAACAGCTGCGAGATGAGGTTCGTGGAATGTTTTATCATGCATTTGATGGATATATGGATCATGCTTTCCCACGTGATGAGTTAAAACCTCTATCATGTGAAGGAGAAGACACACTTGGTGGCTATGCTCTAACTCTGATTGACTCCCTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

567 aa · TkA01G358100|TK1151|PROTEIN

MEPAKPRIAFLIISIVIISDGLIFRVLAEGVTYAESKQLRDEVRGMFYHAFDGYMDHAFPRDELKPLSCEGEDTLGGYALTLIDSLDTLALLGDKERFTSSVEWISKNIRFNINKTVSLFETTIRIVGGLLSAHLIASDYATGMRIPSYDDELLHLAEDLGRRLLPAFDTPTGIPFGSVNLLHGVDENESKITSTAGGGTLTLEFGVLSRLTNDPIFEQVTKNAVRGIWARRSRINLVGAHIDVFTGEWTQKDAGIGTSI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G358100`
TK1151 ID	TkA01G358100
OH-1004 ID	LXL04_002238
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	31.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 77.778 / OH-1004 76.764 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G358100

位置 Chr01:88963118-88967665 (-)

描述 Similar to MNS1: Mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase MNS1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g43710`	可能将 Man₉GlcNAc₂ 和 Man₈GlcNAc₂ 转化为 C 支链末端含 α-1,6 连接甘露糖残基的 N-聚糖。	Arabidopsis Class I α-Mannosidases MNS4 and MNS5 Are Involved in Endoplasmic Reticulum-Associated Degradation of Misfolded Glycoproteins.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.123216
`At1g27520`	可能将 Man₉GlcNAc₂ 和 Man₈GlcNAc₂ 转化为 C 支链末端含 α-1,6 连接甘露糖残基的 N-聚糖。	Arabidopsis Class I α-Mannosidases MNS4 and MNS5 Are Involved in Endoplasmic Reticulum-Associated Degradation of Misfolded Glycoproteins.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.123216

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002238 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006491 N-glycan processing 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0045047 protein targeting to ER 生物过程

GO:1904381 Golgi apparatus N-glycan mannose trimming 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005793 endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G51590

ath:AT3G21160

hsa:10905

mmu:17155

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.417

排名 1 · TkA01G358100 · TK1151

高尔基体0.201

排名 2 · TkA01G358100 · TK1151

溶酶体／液泡0.191

排名 3 · TkA01G358100 · TK1151

细胞质0.119

排名 4 · TkA01G358100 · TK1151

细胞膜0.083

排名 5 · TkA01G358100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01532Glyco_hydro_4746-471 aa

PF30264YodN_C271-282 aa

PF30264YodN_C291-303 aa

PF07944Beta-AFase-like_GH127_cat370-402 aa

PF30264YodN_C382-404 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G358100	`PF01532`	Glyco_hydro_47	46	471	1.4e-118	397.5
TkA01G358100	`PF30264`	YodN_C	271	282	1.9	9.3
TkA01G358100	`PF30264`	YodN_C	291	303	1.9	9.3
TkA01G358100	`PF07944`	Beta-AFase-like_GH127_cat	370	402	0.13	11.9
TkA01G358100	`PF30264`	YodN_C	382	404	1.9	9.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FG93`	拟南芥	sp\|Q9FG93\|MNS4_ARATH Alpha-mannosidase I MNS4	79.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SXC9`	拟南芥	sp\|Q9SXC9\|MNS5_ARATH Alpha-mannosidase I MNS5	48.400%	Swiss-Prot	中等置信

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