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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G027660
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 7096092-7100122 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2036 bp · TkA01G027660|TK1151|cDNA

TTTAATTTATCGACTTTCGTCCTGTTTTTCTCCGATCTTCATCGCTGGATTCTTGAACTTTCGCCCCACCTTTTCCAGATATTCAAACCCTTATTCGGTCCATCTCGTCGTTGATATATCGAATTCGAATGATCGATGGCAAGCTTTAACGCATAGTTTAGGAATTTTTTGCTCCTATTAAACAAAATCAATTCCTGAAGTTGCATCATCGGGAGTTTCCTAACAGTGCTTACAGCAAAATGATGAAGCTGCAGACGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1590 bp · TkA01G027660|TK1151|CDS

ATGATGAAGCTGCAGACGTATGCTGGACTCAGTATAGTTGCCACACTGGTTGTTATCTATCATGCATTTAGTAGCCGAGGCCAATTTTACCCAGCAACAGTCTATCTATCTACATCCAAAGTCTGTCTAGTCCTTCTTCTCAACATGGGTTTGGTGATCATGTGCATTATGTGGCAGCTAACAAAAAAAATATTTCTTGGTTCTCTTCGAGAAGCAGAAATTGAGAGACTGAATGAGCAATCATGGCGGGAAGTTATGGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

529 aa · TkA01G027660|TK1151|PROTEIN

MMKLQTYAGLSIVATLVVIYHAFSSRGQFYPATVYLSTSKVCLVLLLNMGLVIMCIMWQLTKKIFLGSLREAEIERLNEQSWREVMEILFAITIFRQDFSVMFLAMVTALLLIKSLHWLAQKRVEYIETTPTVPMLSHIRIVSFMGFLLLVDSLFLYNSVKYLIKTRQASVSLFFSFEYTILATTTISTFVKYVFYVTDMLMEGQWEKKAVYTFYLELIRDLLHLSLYLGFFLVIFVNYGVPLHLIRELYETFRNFKLRI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G027660
TK1151 IDTkA01G027660
OH-1004 IDLXL04_005652
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G027660
位置Chr01:7096092-7100122 (+)
描述Similar to HRD1A: ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g16090 可能是HRD1泛素连接酶复合体的组成部分，介导错误折叠的内质网（ER）蛋白的快速降解，这一过程称为内质网相关降解（ERAD）。 暂无已核实直接文献
At1g65040 可能是HRD1泛素连接酶复合体的组成部分，介导错误折叠的内质网（ER）蛋白的快速降解，这一过程称为内质网相关降解（ERAD）。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0301000 可能是HRD1泛素连接酶复合体的组成部分，介导错误折叠的内质网（ER）蛋白的快速降解，这一过程称为内质网相关降解（ERAD）。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005652 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0030970 retrograde protein transport, ER to cytosol 生物过程
GO:0036503 ERAD pathway 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0050821 protein stabilization 生物过程
GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程
GO:1904276 regulation of wax biosynthetic process 生物过程
GO:1904380 endoplasmic reticulum mannose trimming 生物过程
GO:0000836 Hrd1p ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0000839 Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G65040
ath:AT3G16090
dosa:Os06g0301000
hsa:84447
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.552
排名 1 · TkA01G027660 · TK1151
高尔基体0.225
排名 2 · TkA01G027660 · TK1151
细胞核0.142
排名 3 · TkA01G027660 · TK1151
细胞质0.119
排名 4 · TkA01G027660 · TK1151
细胞膜0.097
排名 5 · TkA01G027660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25563TPR_SYVN1_N3-272 aa
PF12678zf-rbx1289-330 aa
PF13920zf-C3HC4_3290-331 aa
PF05605zf-Di19290-333 aa
PF13639zf-RING_2291-330 aa
PF17120zf-RING_16291-327 aa
PF29452FAR1_N291-337 aa
PF24921RING_XB3-XBAT31291-331 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G027660PF25563TPR_SYVN1_N32722.5e-107359.1
TkA01G027660PF12678zf-rbx12893301.1e-0835.8
TkA01G027660PF13920zf-C3HC4_32903313.1e-0524.4
TkA01G027660PF05605zf-Di192903330.2212.5
TkA01G027660PF13639zf-RING_22913302.9e-1144.1
TkA01G027660PF17120zf-RING_162913270.03514.4
TkA01G027660PF29452FAR1_N2913370.3411.7
TkA01G027660PF24921RING_XB3-XBAT312913311.29.9
TkA01G027660PF22908PHD_NSD2913231.89.7
TkA01G027660PF26037zf-RING_DCST1_C2913304.08.2
TkA01G027660PF23413zf_RING_Vps8_fungal2912974.17.5
TkA01G027660PF00097zf-C3HC42923292.3e-0731.3
TkA01G027660PF13445zf-RING_UBOX2923271e-0629.3
TkA01G027660PF13923zf-C3HC4_22923294e-0627.2
TkA01G027660PF14634zf-RING_52923300.01116.4
TkA01G027660PF14447Prok-RING_42923310.07613.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LW77拟南芥sp|Q9LW77|HRD1A_ARATH ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1A72.900%Swiss-Prot高置信
Q6NPT7拟南芥sp|Q6NPT7|HRD1B_ARATH ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1B70.800%Swiss-Prot高置信
Q5Z880水稻sp|Q5Z880|HRD1_ORYSJ ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD171.300%Swiss-Prot高置信

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