LXL04_036752 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036752

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 47910683-47912337 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1560 bp · LXL04_036752|LXL04_036752|OH1004|cDNA

ATGGAACCTTTTCCCCAATTTCTTCCATTGTTAGGGCTTTTTCTTTCTATTCTAATCTACACATACAAAAGAACCACAAGAAACACTATAACAAAATCCACCAAAATAGCACTTCCACAACCACCAGGAGCACAACCTTTTATAGGTCACCTTCATCGTCTACAAGGCAAAGCTCCAATAGCCAGGATACTAGCAAAAATGGCGGATGATTACGGCCCGGCGTACTCTCTCCGATTAGGTAGCCATCGAGCAATTGTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1560 bp · LXL04_036752|LXL04_036752|OH1004|CDS

ATGGAACCTTTTCCCCAATTTCTTCCATTGTTAGGGCTTTTTCTTTCTATTCTAATCTACACATACAAAAGAACCACAAGAAACACTATAACAAAATCCACCAAAATAGCACTTCCACAACCACCAGGAGCACAACCTTTTATAGGTCACCTTCATCGTCTACAAGGCAAAGCTCCAATAGCCAGGATACTAGCAAAAATGGCGGATGATTACGGCCCGGCGTACTCTCTCCGATTAGGTAGCCATCGAGCAATTGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

519 aa · LXL04_036752|LXL04_036752|OH1004|PROTEIN

MEPFPQFLPLLGLFLSILIYTYKRTTRNTITKSTKIALPQPPGAQPFIGHLHRLQGKAPIARILAKMADDYGPAYSLRLGSHRAIVVSSRQMVKDCFTINDRNFATRPNMAVSRYMGYDSAVFALAPYGPYWREIRKLVTLELLTTHRLEKLRNVRDSEVKYLVNELSKNGGSLVDMTKWFEHLTFNIIVRMLAGKRFSDGGNDEDLQVKEAIKKGLYLSGVFVVSDLIPNLEWMDIGGHVKAMKEASKELDGVLGKWLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036752`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036752

位置 Chr08:47910683-47912337 (+)

描述 Similar to CYP82G1: Dimethylnonatriene synthase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25180`	参与同萜生物合成，这些同萜作为草食性捕食者和寄生者的引诱物（例如捕食性螨和寄生蜂）。	Herbivore-induced and floral homoterpene volatiles are biosynthesized by a single P450 enzyme (CYP82G1) in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1009975107 Genome-wide association mapping in Arabidopsis identifies novel genes underlying quantitative disease resistance to Alternaria brassicae.2018 · DOI: 10.1111/mpp.12654
`At4g31940`	在体内和体外可将黄花毒素羟基化形成5-羟基黄毒素。	In planta biocatalysis screen of P450s identifies 8-methoxypsoralen as a substrate for the CYP82C subfamily, yielding original chemical structures.2008 · DOI: 10.1016/j.chembiol.2008.01.008 Arabidopsis CYP82C4 expression is dependent on Fe availability and circadian rhythm, and correlates with genes involved in the early Fe deficiency response.2011 · DOI: 10.1016/j.jplph.2010.11.020
`At4g31970`	参与4-羟基吲哚-3-羰基腈（4-OH-ICN）的生物合成；该生氰代谢物是可诱导病原体防御反应所必需的。	In planta biocatalysis screen of P450s identifies 8-methoxypsoralen as a substrate for the CYP82C subfamily, yielding original chemical structures.2008 · DOI: 10.1016/j.chembiol.2008.01.008 A new cyanogenic metabolite in Arabidopsis required for inducible pathogen defence.2015 · DOI: 10.1038/nature14907

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036752 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002213 defense response to insect 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0010039 response to iron ion 生物过程

GO:0010446 response to alkaline pH 生物过程

GO:0016114 terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0046246 terpene biosynthetic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0071281 cellular response to iron ion 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0106146 sideretin biosynthesis 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:AYU65303

ath:AT3G25180

ath:AT4G31940

ath:AT4G31970

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.917

排名 1 · LXL04_036752 · OH-1004

质体0.041

排名 2 · LXL04_036752 · OH-1004

细胞膜0.037

排名 3 · LXL04_036752 · OH-1004

细胞质0.026

排名 4 · LXL04_036752 · OH-1004

高尔基体0.020

排名 5 · LXL04_036752 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00067.28p45039-498 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036752	`PF00067.28`	p450	39	498	2.5e-96	324.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSF8`	拟南芥	Dimethylnonatriene synthase	50.682%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SZ46`	拟南芥	Xanthotoxin 5-hydroxylase CYP82C4	48.664%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49394`	拟南芥	Xanthotoxin 5-hydroxylase CYP82C2	47.992%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情