LXL04_035709 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_035709

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 27523548-27528930 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4395 bp · LXL04_035709|LXL04_035709|OH1004|cDNA

GCAATCATTACTTCGTCACTGTTTTCAATGGACCAAAATGAAGTAGCGAGATCCTTAATCACCATAATTGGGAGCTTCATCCAAGACCGGTTGCTTGATGAAAGACAGAGGGCTCTACAGAAGGAACAATGTGGTGAGAGATTAGCAGCAGAAGATGAAAGCAGTAACAAAGACACAGCAGTTAGGTATTCCGATCAAGCAGTTTTGGCGAATCTAGATTGGGGTATGGATGCCCTCGAGGAAGCCATTAATACATCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4377 bp · LXL04_035709|LXL04_035709|OH1004|CDS

CTGTTTTCAATGGACCAAAATGAAGTAGCGAGATCCTTAATCACCATAATTGGGAGCTTCATCCAAGACCGGTTGCTTGATGAAAGACAGAGGGCTCTACAGAAGGAACAATGTGGTGAGAGATTAGCAGCAGAAGATGAAAGCAGTAACAAAGACACAGCAGTTAGGTATTCCGATCAAGCAGTTTTGGCGAATCTAGATTGGGGTATGGATGCCCTCGAGGAAGCCATTAATACATCCAACACTGAAACCAAAATGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1458 aa · LXL04_035709|LXL04_035709|OH1004|PROTEIN

MFSMDQNEVARSLITIIGSFIQDRLLDERQRALQKEQCGERLAAEDESSNKDTAVRYSDQAVLANLDWGMDALEEAINTSNTETKMARLDHAEKMLQVCAMLNSSDKTAGVPNFYLSAWAHLNLAYLWKLRNNVTNAVLHVLEMFSIDPFFSRIDFAPDIWKTLFLPHMSSIVGWYSEERHRIMMNMIPDSGDLSFTADFDQYFNESLVLSMRPDQAEKLQKLEQHYGQSLDENTRNYANYFKDCMNHDPETSKKGIPMM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_035709`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_035709

位置 Chr08:27523548-27528930 (+)

描述 Similar to CERBERUS: Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0570000`	E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。	Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171 SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
`UniProt: A2ZLU6`	与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035709 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os12g0570000

mtr:11418360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.431

排名 1 · LXL04_035709 · OH-1004

细胞核0.325

排名 2 · LXL04_035709 · OH-1004

细胞膜0.296

排名 3 · LXL04_035709 · OH-1004

溶酶体／液泡0.072

排名 4 · LXL04_035709 · OH-1004

高尔基体0.070

排名 5 · LXL04_035709 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23568.2ARM_LIN11-263 aa

PF04564.22U-box499-569 aa

PF23654.2ARM_LIN_2nd638-796 aa

PF23628.3ARM_LIN_C798-1154 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz1183-1265 aa

PF23409.2Beta-prop_EML1190-1272 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd1191-1255 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st1192-1273 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_035709	`PF23568.2`	ARM_LIN	11	263	1.3e-74	251.0
LXL04_035709	`PF04564.22`	U-box	499	569	5.4e-17	62.4
LXL04_035709	`PF23654.2`	ARM_LIN_2nd	638	796	4.6e-54	183.1
LXL04_035709	`PF23628.3`	ARM_LIN_C	798	1154	1e-110	370.9
LXL04_035709	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	1183	1265	4.7e-13	49.8
LXL04_035709	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	1190	1272	3e-08	34.2
LXL04_035709	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	1191	1255	1.2e-11	45.1
LXL04_035709	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	1192	1273	5.3e-14	53.0
LXL04_035709	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	1193	1269	6.4e-16	58.9
LXL04_035709	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	1193	1456	1.8e-14	54.5
LXL04_035709	`PF24814.2`	WD40_Prp19	1193	1286	1.7e-13	51.0
LXL04_035709	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	1193	1263	1.8e-12	47.9
LXL04_035709	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	1199	1295	1.9e-07	31.4
LXL04_035709	`PF00400.39`	WD40	1215	1250	5.5e-16	59.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0IMG9`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SPL11	45.161%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2ZLU6`	水稻	Protein spotted leaf 11	45.161%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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