LXL04_027377 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027377

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 14461250-14471624 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1932 bp · LXL04_027377|LXL04_027377|OH1004|cDNA

ATGGCGGAATCAAGTGTGGAGACGAACGCCACGCCTACGACTAGACCACAAGCAAGACGGCTGAAAGGCCATAAAGACATCGCTACCTGCTGTATTGCTTCCCGCGACCGCCCTGGCCTCATCGCCTCTTCATCGGAGGATGGGTGTATTTGCTGGTTTGATATGCGATGTAAAGATCTTTTATTTACCATGGATGTTGCTCAAAATCCTATTTCCTCATTATGCTTCAAACCAGGGAATGAGGATATTATATACGTTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1932 bp · LXL04_027377|LXL04_027377|OH1004|CDS

ATGGCGGAATCAAGTGTGGAGACGAACGCCACGCCTACGACTAGACCACAAGCAAGACGGCTGAAAGGCCATAAAGACATCGCTACCTGCTGTATTGCTTCCCGCGACCGCCCTGGCCTCATCGCCTCTTCATCGGAGGATGGGTGTATTTGCTGGTTTGATATGCGATGTAAAGATCTTTTATTTACCATGGATGTTGCTCAAAATCCTATTTCCTCATTATGCTTCAAACCAGGGAATGAGGATATTATATACGTTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

643 aa · LXL04_027377|LXL04_027377|OH1004|PROTEIN

MAESSVETNATPTTRPQARRLKGHKDIATCCIASRDRPGLIASSSEDGCICWFDMRCKDLLFTMDVAQNPISSLCFKPGNEDIIYVSSENEVKVLDVHMLASWKPLESFNYNKEEINQITCNSKSSFLAAADDGGDIKIIDIGQKCLYKTLRAAHQSICSSVQFLPWRPWEVITGGLDSKLIMWDFSKGRPFKVMDLGKSDPESSSSGSQCFNPAFVHAIAVPEVDMLERLDKICVVARGDGVVDVINIESQFKPRESGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027377`
TK1151 ID	TkA07G053500
OH-1004 ID	LXL04_027377
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.518 / OH-1004 95.801 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_027377`
位置	Chr06:14461250-14471624 (+)
描述	Similar to WDR53: WD repeat-containing protein 53
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_027377` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000132 establishment of mitotic spindle orientation 生物过程 GO:0007097 nuclear migration 生物过程 GO:0007281 germ cell development 生物过程 GO:0031023 microtubule organizing center organization 生物过程 GO:0047496 vesicle transport along microtubule 生物过程 GO:0051012 microtubule sliding 生物过程 GO:0051225 spindle assembly 生物过程 GO:0051299 centrosome separation 生物过程 GO:0051301 cell division 生物过程 GO:0000776 kinetochore 细胞组分 GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分 GO:0005813 centrosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:518441 ddi:DDB_G0293608 hsa:348793 isc:8030493 mmu:68980 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.727

排名 1 · LXL04_027377 · OH-1004

细胞质0.229

排名 2 · LXL04_027377 · OH-1004

细胞膜0.063

排名 3 · LXL04_027377 · OH-1004

内质网0.036

排名 4 · LXL04_027377 · OH-1004

线粒体0.031

排名 5 · LXL04_027377 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC317-190 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR518-98 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st18-96 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st18-192 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd22-143 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz25-198 aa

PF24814.2WD40_Prp1929-190 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_239-158 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027377	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	17	190	2.1e-23	83.4
LXL04_027377	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	18	98	1.5e-22	81.0
LXL04_027377	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	18	96	1.4e-20	74.5
LXL04_027377	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	18	192	5.6e-16	59.4
LXL04_027377	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	22	143	8.5e-11	42.2
LXL04_027377	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	25	198	4.7e-18	66.2
LXL04_027377	`PF24814.2`	WD40_Prp19	29	190	3.3e-13	50.1
LXL04_027377	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	39	158	7.8e-11	42.6
LXL04_027377	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	42	187	7.5e-08	32.9
LXL04_027377	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	45	186	8.2e-12	45.8
LXL04_027377	`PF24796.2`	WDR55	71	192	2.5e-10	40.6
LXL04_027377	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	82	190	6.4e-12	46.1
LXL04_027377	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	98	196	1.5e-22	81.0
LXL04_027377	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	108	192	1.4e-20	74.5
LXL04_027377	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	112	224	2.7e-16	60.4
LXL04_027377	`PF00400.39`	WD40	296	330	4.7e-17	62.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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