LXL04_025357 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025357

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 110283984-110292880 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2025 bp · LXL04_025357|LXL04_025357|OH1004|cDNA

ATGTGCAGCCTGACATGTAGGCCCCTTAACAAGAAAAGCAAGCCCCTAAATATTTCCCAGTTGGTTGCTAGTTTTCAAAATGTACACTATAAAGACAACGTGAAACTTGAAACCTTCACCACATCACAACTTCAATCAAATTCACACTTCAGCAAATTACTTGTATCAATCGATTCATTCTCtcaaaaggattatcttcttTTGCACAAGAAATATGGGTTGCATAAAAGTTCATTAGTTGCAAATGCGAAACAACTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2025 bp · LXL04_025357|LXL04_025357|OH1004|CDS

ATGTGCAGCCTGACATGTAGGCCCCTTAACAAGAAAAGCAAGCCCCTAAATATTTCCCAGTTGGTTGCTAGTTTTCAAAATGTACACTATAAAGACAACGTGAAACTTGAAACCTTCACCACATCACAACTTCAATCAAATTCACACTTCAGCAAATTACTTGTATCAATCGATTCATTCTCTCAAAAGGATTATCTTCTTTTGCACAAGAAATATGGGTTGCATAAAAGTTCATTAGTTGCAAATGCGAAACAACTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

674 aa · LXL04_025357|LXL04_025357|OH1004|PROTEIN

MCSLTCRPLNKKSKPLNISQLVASFQNVHYKDNVKLETFTTSQLQSNSHFSKLLVSIDSFSQKDYLLLHKKYGLHKSSLVANAKQLIKIKNTHQRDNVPKGYMAVYVGEVQRKRFVVPLSYLDQPLFQDLLRRSEEEYGFNHPMGGLTIPCQEEAFVHLTTQLLICGNSNDDIRYHFNRSLFTYPTKALTTTKPCIQKENDSALPSNEEARNWVVRWRKVFSWQGMVSPPIGWLNSYSSSDLRNKSWNNGWSRGLHHARL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025357`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025357

位置 Chr05:110283984-110292880 (-)

描述 Similar to SAUR22: Auxin-responsive protein SAUR22

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18050`	通过调节生长素运输，作为细胞扩张的正效应因子。	暂无已核实直接文献
`At5g18080`	通过调节生长素运输，作为细胞扩张的正效应因子。	暂无已核实直接文献
`At5g18060`	通过调节生长素运输，作为细胞扩张的正效应因子。	暂无已核实直接文献
`At5g18010`	介导生长素信号与质膜H⁺-ATP酶（AHA1、AHA2）之间的联系；通过抑制PP2C-D类磷酸酶，促进H⁺-ATP酶C端自抑制结构域的磷酸化及酶的活化，从而使质外体酸化，促进溶质和水吸收以及细胞扩张。	The SAUR19 subfamily of SMALL AUXIN UP RNA genes promote cell expansion.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04946.x SAUR Inhibition of PP2C-D Phosphatases Activates Plasma Membrane H+-ATPases to Promote Cell Expansion in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.126037 Constitutive Expression of Arabidopsis SMALL AUXIN UP RNA19 (SAUR19) in Tomato Confers Auxin-Independent Hypocotyl Elongation.2017 · DOI: 10.1104/pp.16.01514
`At5g18030`	通过调节生长素运输，作为细胞扩张的正效应因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025357 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18050

ath:AT5G18060

ath:AT5G18080

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.559

排名 1 · LXL04_025357 · OH-1004

细胞质0.355

排名 2 · LXL04_025357 · OH-1004

细胞膜0.085

排名 3 · LXL04_025357 · OH-1004

内质网0.073

排名 4 · LXL04_025357 · OH-1004

线粒体0.046

排名 5 · LXL04_025357 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02519.21Auxin_inducible85-160 aa

PF02519.21Auxin_inducible599-672 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025357	`PF02519.21`	Auxin_inducible	85	160	1.3e-46	157.4
LXL04_025357	`PF02519.21`	Auxin_inducible	599	672	1.3e-46	157.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJF7`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR22	56.098%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FK62`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR24	56.790%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJF6`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR23	67.692%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJG1`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR19	58.025%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJF9`	拟南芥	Auxin-responsive protein SAUR21	60.526%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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