LXL04_019484 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019484

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 32339567-32343458 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1764 bp · LXL04_019484|LXL04_019484|OH1004|cDNA

ATGGTTGCGGTTTTTGTTTCTCCAACGACGAGGGTATCTTCAACGAAGATGTTCTCGTCTTTATCTCGCCGTCAATGCATTTCTTATGTTTATTCTTCTACTACATTACGCTCTTCTCCCTGTAGATTGATCCCTCGTTTTCCTAATTTAAGGCTGAACCATTTCTATACAAGATGCTCCATGACAAATACCGAACTCTTGAATAATATCATCACAGAAGAAGTTCATCATGATTCATCAGTTGATGCATCAAGTTGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1764 bp · LXL04_019484|LXL04_019484|OH1004|CDS

ATGGTTGCGGTTTTTGTTTCTCCAACGACGAGGGTATCTTCAACGAAGATGTTCTCGTCTTTATCTCGCCGTCAATGCATTTCTTATGTTTATTCTTCTACTACATTACGCTCTTCTCCCTGTAGATTGATCCCTCGTTTTCCTAATTTAAGGCTGAACCATTTCTATACAAGATGCTCCATGACAAATACCGAACTCTTGAATAATATCATCACAGAAGAAGTTCATCATGATTCATCAGTTGATGCATCAAGTTGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

587 aa · LXL04_019484|LXL04_019484|OH1004|PROTEIN

MVAVFVSPTTRVSSTKMFSSLSRRQCISYVYSSTTLRSSPCRLIPRFPNLRLNHFYTRCSMTNTELLNNIITEEVHHDSSVDASSCSVPIIHLNSEIHDTESANLLVEGTFVDMILTTLPILSEEEQDVIAAMPAHPAGLYALYASCLAGNLVEQLWNFAWPAAIALLHPSLLPVAVMGFCTKVAVIAGGPLVGKLMDSFPRVPAYNVLTTIQACAQMLSAGMIIQAHMAHASLATSVLMRPWFIILVLAGAVERLSGLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019484`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019484

位置 Chr04:32339567-32343458 (-)

描述 Similar to IREG3: Solute carrier family 40 member 3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26820`	可能的质体转运蛋白，在铁限制条件下可能在铁螯合、储存或隔离中发挥作用。	Multiple antibiotic resistance in Arabidopsis is conferred by mutations in a chloroplast-localized transport protein.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143487 The MAR1 transporter is an opportunistic entry point for antibiotics.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.1.10142
`At2g38460`	可能参与铁的转运和铁稳态。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0562100`	可能参与铁的转运和铁稳态。	暂无已核实直接文献
`Os05g0131500`	可能参与铁的转运和铁稳态。	暂无已核实直接文献
`Os06g0560000`	可能参与铁的转运和铁稳态。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019484 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006824 cobalt ion transport 生物过程

GO:0006826 iron ion transport 生物过程

GO:0006879 intracellular iron ion homeostasis 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005381 iron ion transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0022857 transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38460

ath:AT5G26820

dosa:Os06g0560000

dosa:Os12g0562100

osa:107276535

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.960

排名 1 · LXL04_019484 · OH-1004

线粒体0.035

排名 2 · LXL04_019484 · OH-1004

细胞质0.030

排名 3 · LXL04_019484 · OH-1004

细胞核0.028

排名 4 · LXL04_019484 · OH-1004

过氧化物酶体0.026

排名 5 · LXL04_019484 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06963.19FPN1139-563 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019484	`PF06963.19`	FPN1	139	563	6.9e-120	401.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4E7`	拟南芥	Solute carrier family 40 member 3, chloroplastic	64.568%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80905`	拟南芥	Solute carrier family 40 member 1	24.622%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QNK7`	水稻	Solute carrier family 40 member 2, chloroplastic	57.615%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9FGV7`	水稻	Solute carrier family 40 member 3, chloroplastic	51.828%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5Z922`	水稻	Solute carrier family 40 member 1	28.539%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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