LXL04_018778 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018778

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 18120444-18121759 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

360 bp · LXL04_018778|LXL04_018778|OH1004|cDNA

ATGGGTTACTCTATGGCTACAATGACAAGTGCAAATCAATGGAGTGTTGGATGTACTGTTATTGAGATGGCAACTGGAAAGCCTCCATGGAGCCAACAATATCAGGTGATGTTTTGTTTAGGTTGCTGCTCTTTTTCATATAGGAACCGAACAACAAAAGCACATCCACCTATACCATACCATCTTTCCATGCCTCTAAAAAGAAGAAACTGGTGCATTGGATGCTTCAAGtGTTCAAGTTTTGAACATAATCTCCGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · LXL04_018778|LXL04_018778|OH1004|CDS

ATGGGTTACTCTATGGCTACAATGACAAGTGCAAATCAATGGAGTGTTGGATGTACTGTTATTGAGATGGCAACTGGAAAGCCTCCATGGAGCCAACAATATCAGGTGATGTTTTGTTTAGGTTGCTGCTCTTTTTCATATAGGAACCGAACAACAAAAGCACATCCACCTATACCATACCATCTTTCCATGCCTCTAAAAAGAAGAAACTGGTGCATTGGATGCTTCAAGTGTTCAAGTTTTGAACATAATCTCCGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

119 aa · LXL04_018778|LXL04_018778|OH1004|PROTEIN

MGYSMATMTSANQWSVGCTVIEMATGKPPWSQQYQVMFCLGCCSFSYRNRTTKAHPPIPYHLSMPLKRRNWCIGCFKCSSFEHNLRFEAYVGDIIPYALELIQLLIVKSIYKVFCKFSF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018778`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018778

位置 Chr04:18120444-18121759 (-)

描述 Similar to NPK1: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase NPK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06030`	通过调控MAP65-1等微管相关蛋白的磷酸化状态，参与皮层微管的组织和稳定。	Arabidopsis homologs of nucleus- and phragmoplast-localized kinase 2 and 3 and mitogen-activated protein kinase 4 are essential for microtubule organization.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071746
`At1g54960`	通过调控MAP65-1等微管相关蛋白的磷酸化状态，参与皮层微管的组织和稳定。	Arabidopsis homologs of nucleus- and phragmoplast-localized kinase 2 and 3 and mitogen-activated protein kinase 4 are essential for microtubule organization.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071746
`At1g09000`	可能参与氧化应激介导的信号级联反应，磷酸化下游 MAP 激酶 MPK3 和 MPK6。	Functional analysis of oxidative stress-activated mitogen-activated protein kinase cascade in plants.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.6.2940 An Arabidopsis mitogen-activated protein kinase kinase kinase gene family encodes essential positive regulators of cytokinesis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001164

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018778 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000165 MAPK cascade 生物过程

GO:0000919 cell plate assembly 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007254 JNK cascade 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0038066 p38MAPK cascade 生物过程

GO:0042594 response to starvation 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09000

ath:AT1G54960

ath:AT3G06030

cel:CELE_F59A6.1

nta:107796336

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.426

排名 1 · LXL04_018778 · OH-1004

细胞核0.415

排名 2 · LXL04_018778 · OH-1004

线粒体0.162

排名 3 · LXL04_018778 · OH-1004

内质网0.080

排名 4 · LXL04_018778 · OH-1004

细胞膜0.075

排名 5 · LXL04_018778 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22042`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3	51.250%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FZ36`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2	43.299%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22040`	拟南芥	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase ANP1	55.738%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情