LXL04_015492 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015492

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 73577089-73582821 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5049 bp · LXL04_015492|LXL04_015492|OH1004|cDNA

ATGAAGCATCACCATCATCAGACATCATCCGAGGCCgtctcttctacatcatcagcAGAAACTGCAgtttcatcatcatcatcgtcgTCCTTGACGTCGTCATCACAGCAGCCGCCGCCTTCGCCGACCGTACAGCTAATGAATGCCACGTCTCCGGCGACTGAGGACCATCCTGCATCATCGTCGTCTCGTGATTGTTCCTCTTCCTCATCGTCGTCATCGTCGTCGTTGGAGTCCGTGACAATCGAGAGGCGAGGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

5049 bp · LXL04_015492|LXL04_015492|OH1004|CDS

ATGAAGCATCACCATCATCAGACATCATCCGAGGCCGTCTCTTCTACATCATCAGCAGAAACTGCAGTTTCATCATCATCATCGTCGTCCTTGACGTCGTCATCACAGCAGCCGCCGCCTTCGCCGACCGTACAGCTAATGAATGCCACGTCTCCGGCGACTGAGGACCATCCTGCATCATCGTCGTCTCGTGATTGTTCCTCTTCCTCATCGTCGTCATCGTCGTCGTTGGAGTCCGTGACAATCGAGAGGCGAGGCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1682 aa · LXL04_015492|LXL04_015492|OH1004|PROTEIN

MKHHHHQTSSEAVSSTSSAETAVSSSSSSSLTSSSQQPPPSPTVQLMNATSPATEDHPASSSSRDCSSSSSSSSSSLESVTIERRGEFAAVCKWTIFNFPRVKTRALWSKYFEVGGYDCRLLVYPKGDSQALPGYISIYLQIMDPRGTSSSKWDCFASYRLTVVNPTDDSKSIHRDSWHRFSTKKKSHGWCDFTPSGSILDTKSGFMFNDDHCVLITADILILNESINFVRDNNELQSNSVSNSVVMTGPVGDVLSGKFT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015492`
TK1151 ID	TkA02G326210
OH-1004 ID	LXL04_015492
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.325 / OH-1004 97.325 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015492

位置 Chr03:73577089-73582821 (-)

描述 Similar to UBP13: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11910`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At5g06600`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At3g58210`	含MATH结构域和螺旋-螺旋结构域的蛋白质 At3g58210。	暂无已核实直接文献
`At3g58340`	含 MATH 结构域和卷曲-卷曲结构域蛋白 At3g58340。	暂无已核实直接文献
`At3g58410`	含 MATH 结构域和卷曲-卷曲结构域蛋白 At3g58410。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015492 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0070646 protein modification by small protein removal 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0004843 cysteine-type deubiquitinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11910

ath:AT3G58210

ath:AT5G06600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.565

排名 1 · LXL04_015492 · OH-1004

细胞质0.369

排名 2 · LXL04_015492 · OH-1004

细胞膜0.130

排名 3 · LXL04_015492 · OH-1004

内质网0.063

排名 4 · LXL04_015492 · OH-1004

高尔基体0.049

排名 5 · LXL04_015492 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22486.3MATH_293-214 aa

PF00917.33MATH106-218 aa

PF22486.3MATH_2258-389 aa

PF22486.3MATH_2425-559 aa

PF00917.33MATH455-561 aa

PF22486.3MATH_2592-714 aa

PF14631.12FancD2759-874 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015492	`PF22486.3`	MATH_2	93	214	5.8e-87	289.6
LXL04_015492	`PF00917.33`	MATH	106	218	5.8e-26	91.7
LXL04_015492	`PF22486.3`	MATH_2	258	389	5.8e-87	289.6
LXL04_015492	`PF22486.3`	MATH_2	425	559	5.8e-87	289.6
LXL04_015492	`PF00917.33`	MATH	455	561	5.8e-26	91.7
LXL04_015492	`PF22486.3`	MATH_2	592	714	5.8e-87	289.6
LXL04_015492	`PF14631.12`	FancD2	759	874	4e-16	58.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84WU2`	拟南芥	Ubiquitin C-terminal hydrolase 13	35.971%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FPT1`	拟南芥	Ubiquitin C-terminal hydrolase 12	35.252%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M2J5`	拟南芥	MATH domain and coiled-coil domain-containing protein At3g58210	35.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M2I2`	拟南芥	MATH domain and coiled-coil domain-containing protein At3g58340	33.813%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M2H5`	拟南芥	MATH domain and coiled-coil domain-containing protein At3g58410	33.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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