RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G326210
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 82740410-82746474 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5381 bp · TkA02G326210|TK1151|cDNA

GGCTTTGCCAAATTCCACTTGAAGAAAACCCCAACCCTGTGCTGTGTTCCCCTTCTCCCACCCCCACCTCCAGCCCCACACCACTCTCTCTCTCAATCTCCATATATTTCATCAAGGAAAATCGAACGCAGAATAATCTATAAATAGAACACAAAAAGAATCGTTAATTTGCGGAGAACAATGAAGCATCACCATCATCAGACATCATCCGAGGCCGTCTCTTCTACATCATCAGCAGAAACTGCAGTTTCATCATCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

5049 bp · TkA02G326210|TK1151|CDS

ATGAAGCATCACCATCATCAGACATCATCCGAGGCCGTCTCTTCTACATCATCAGCAGAAACTGCAGTTTCATCATCATCATCGTCGTCCTTGACGTCGTCATCACAGCAGCCGCCGCCTTCGCCGACCGTACAGCTAATGAATGCCACGTCTCCGGCGACTGAGGACCATCCTGCATCATCGTCGTCTCGTGATTGTTCCTCTTCCTCATCGTCGTCATCGTCGTCGTTGGAGTCCGTGACAATCGAGAGGCGAGGCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1682 aa · TkA02G326210|TK1151|PROTEIN

MKHHHHQTSSEAVSSTSSAETAVSSSSSSSLTSSSQQPPPSPTVQLMNATSPATEDHPASSSSRDCSSSSSSSSSSLESVTIERRGEFAAVCKWTIFNFPRVKTRALWSKYFEVGGYDCRLLVYPKGDSQALPGYISIYLQIMDPRGTSSSKWDCFASYRLTVVNPTDDSKSIHRDSWHRFSTKKKSHGWCDFTPSGSILDTKSGFMFNDDHCVLITADILILNESINFVRDNNELQSNSVSNSVVMTGPVGDVLSGKFT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G326210
TK1151 IDTkA02G326210
OH-1004 IDLXL04_015492
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.325 / OH-1004 97.325
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G326210
位置Chr02:82740410-82746474 (+)
描述Similar to UBP13: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015492 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程
GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程
GO:0070646 protein modification by small protein removal 生物过程
GO:2000280 regulation of root development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0004843 cysteine-type deubiquitinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G11910
ath:AT3G58210
ath:AT5G06600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.556
排名 1 · TkA02G326210 · TK1151
细胞质0.374
排名 2 · TkA02G326210 · TK1151
细胞膜0.132
排名 3 · TkA02G326210 · TK1151
内质网0.064
排名 4 · TkA02G326210 · TK1151
高尔基体0.051
排名 5 · TkA02G326210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22486MATH_293-214 aa
PF00917MATH106-218 aa
PF21355TRAF-mep_MATH113-177 aa
PF22486MATH_2258-389 aa
PF00917MATH272-369 aa
PF22486MATH_2425-559 aa
PF00917MATH455-561 aa
PF21355TRAF-mep_MATH466-552 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G326210PF22486MATH_2932145.9e-87289.6
TkA02G326210PF00917MATH1062185.8e-2691.7
TkA02G326210PF21355TRAF-mep_MATH1131770.01616.3
TkA02G326210PF22486MATH_22583895.9e-87289.6
TkA02G326210PF00917MATH2723695.8e-2691.7
TkA02G326210PF22486MATH_24255595.9e-87289.6
TkA02G326210PF00917MATH4555615.8e-2691.7
TkA02G326210PF21355TRAF-mep_MATH4665520.01616.3
TkA02G326210PF22486MATH_25927145.9e-87289.6
TkA02G326210PF00917MATH6037095.8e-2691.7
TkA02G326210PF14631FancD27598744.1e-1658.4
TkA02G326210PF14631FancD2101511314.1e-1658.4
TkA02G326210PF04513Baculo_PEP_C112111490.3211.7
TkA02G326210PF14631FancD2126213464.1e-1658.4
TkA02G326210PF05960DUF885135815690.2211.7
TkA02G326210PF28422CCDC89137014990.05513.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看