LXL04_011629 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011629

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 168541416-168543552 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1542 bp · LXL04_011629|LXL04_011629|OH1004|cDNA

ATGATGAAAGGTAAAAAGTTCAATAACAATAACAAGAGTCAAAATGGGCACAGAAGCAAACGGTTTAAATCCGACAAGCCAGACCCGTTCTTCGACGGCGATTCAAAACACCGAAAGAAATTTGCAAATCGAGACAATGATGAGGACAGCATTAAGAGCAGTGATTCTGAAGATTATGACGACAGAGATGTGGCGGCGGCGGTGGAGGATGACGGCGAGGAAAATGAATTGGTTGAAGAGGACGCAGGTGAGAAACGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1542 bp · LXL04_011629|LXL04_011629|OH1004|CDS

ATGATGAAAGGTAAAAAGTTCAATAACAATAACAAGAGTCAAAATGGGCACAGAAGCAAACGGTTTAAATCCGACAAGCCAGACCCGTTCTTCGACGGCGATTCAAAACACCGAAAGAAATTTGCAAATCGAGACAATGATGAGGACAGCATTAAGAGCAGTGATTCTGAAGATTATGACGACAGAGATGTGGCGGCGGCGGTGGAGGATGACGGCGAGGAAAATGAATTGGTTGAAGAGGACGCAGGTGAGAAACGGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

513 aa · LXL04_011629|LXL04_011629|OH1004|PROTEIN

MMKGKKFNNNNKSQNGHRSKRFKSDKPDPFFDGDSKHRKKFANRDNDEDSIKSSDSEDYDDRDVAAAVEDDGEENELVEEDAGEKRKRVAEAYVEKIRAGLRKQEEEGDDEVDERGGKEGGDRDSLVARMLQAQQLEDSGRVRKLIASRVQKPTTADGFKVLVKHRQSVTSVVLSEDDSKGFSASKDGYIVQWDVESGKAEAYTWPSEEVLKSHGAKEPQGRAKKRSKHVLALAVSSDGRYLASGGFDRHVHLWDTRTRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011629`
TK1151 ID	TkA03G606970
OH-1004 ID	LXL04_011629
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.805 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011629

位置 Chr02:168541416-168543552 (-)

描述 Similar to YAO: U3 snoRNP-associated protein-like YAO

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g05410`	核仁小核核糖核蛋白颗粒 (snoRNP) 的组成部分，据信参与前核糖体 RNA 的加工和修饰（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At4g21130`	核仁小核核糖核蛋白颗粒 (snoRNP) 的组成部分，据信参与前核糖体 RNA 的加工和修饰（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0625900`	核仁小核核糖核蛋白颗粒 (snoRNP) 的组成部分，据信参与前核糖体 RNA 的加工和修饰（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011629 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程

GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程

GO:0060321 acceptance of pollen 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0031428 box C/D methylation guide snoRNP complex 细胞组分

GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分

GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05410

ath:AT4G21130

dosa:Os03g0625900

hsa:9136

mmu:27966

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.954

排名 1 · LXL04_011629 · OH-1004

细胞质0.105

排名 2 · LXL04_011629 · OH-1004

线粒体0.018

排名 3 · LXL04_011629 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 4 · LXL04_011629 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_011629 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1159-301 aa

PF24796.2WDR55162-390 aa

PF23098.2Beta-prop_NOL10_N167-308 aa

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st186-337 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd205-339 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd218-340 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz221-340 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st223-379 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011629	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	159	301	1.4e-11	44.7
LXL04_011629	`PF24796.2`	WDR55	162	390	1.9e-20	73.8
LXL04_011629	`PF23098.2`	Beta-prop_NOL10_N	167	308	1.6e-06	28.2
LXL04_011629	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	186	337	6.2e-12	46.2
LXL04_011629	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	205	339	1.8e-25	90.3
LXL04_011629	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	218	340	1.5e-12	47.9
LXL04_011629	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	221	340	1.7e-23	84.1
LXL04_011629	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	223	379	4.6e-38	131.5
LXL04_011629	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	223	301	1.1e-32	114.2
LXL04_011629	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	224	266	2.7e-23	83.3
LXL04_011629	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	224	319	9.1e-20	71.9
LXL04_011629	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	225	377	2.8e-16	60.2
LXL04_011629	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	225	305	6.4e-09	36.2
LXL04_011629	`PF23798.2`	Beta-prop_SPT8	225	379	2e-07	31.0
LXL04_011629	`PF24814.2`	WD40_Prp19	226	318	6.4e-27	95.0
LXL04_011629	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	227	312	2e-41	142.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0V4`	拟南芥	U3 snoRNP-associated protein-like YAO	55.361%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3MKM6`	拟南芥	U3 snoRNP-associated protein-like EMB2271	56.584%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75LV5`	水稻	U3 snoRNP-associated protein-like YAOH	56.478%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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