LXL04_010621 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010621

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 149725715-149726927 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

660 bp · LXL04_010621|LXL04_010621|OH1004|cDNA

ATGGGTTCTGTTGTTGAAGCTGCCAACAAGGAAGCAAGTGGAAGTTCTCTTAGTCAAAAGAAGCCCAAGGTTGTATTTGTCCTAGGAGGCCCAGGGAGTGGTAAGGGTACCCAATGTGCAAATATTGTGGAACACTTTGGGTACACTCATCTCAGTGCTGGTGATCTTCTTCGGGCAGAAATTAAATCTGGGTCAGAAAACGGGACCATGATTCAGAACATGATCAAGGAGGGAAAAATCGTTCCTTCAGAAGTAACAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

660 bp · LXL04_010621|LXL04_010621|OH1004|CDS

ATGGGTTCTGTTGTTGAAGCTGCCAACAAGGAAGCAAGTGGAAGTTCTCTTAGTCAAAAGAAGCCCAAGGTTGTATTTGTCCTAGGAGGCCCAGGGAGTGGTAAGGGTACCCAATGTGCAAATATTGTGGAACACTTTGGGTACACTCATCTCAGTGCTGGTGATCTTCTTCGGGCAGAAATTAAATCTGGGTCAGAAAACGGGACCATGATTCAGAACATGATCAAGGAGGGAAAAATCGTTCCTTCAGAAGTAACAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

219 aa · LXL04_010621|LXL04_010621|OH1004|PROTEIN

MGSVVEAANKEASGSSLSQKKPKVVFVLGGPGSGKGTQCANIVEHFGYTHLSAGDLLRAEIKSGSENGTMIQNMIKEGKIVPSEVTIKLLEKAILENENDKFLIDGFPRNEENRAAFESVTGITPEFVLFFDCPQEEMEKRLLGRNQGREDDNIETIRKRFKVFLESSLPVIEYYNSKEKVRKIDAAKPVGEVFEAVKALFTPVVDTVKQVIIIPLNFN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010621`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010621

位置 Chr02:149725715-149726927 (+)

描述 Similar to UMK3: UMP-CMP kinase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g26667`	催化嘧啶核苷一磷酸的磷酸化，消耗ATP。	暂无已核实直接文献
`At3g60180`	催化嘧啶核苷一磷酸的磷酸化，消耗ATP。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0624700`	催化嘧啶核苷一磷酸的磷酸化，消耗ATP。	暂无已核实直接文献
`Os02g0778400`	催化嘧啶核苷一磷酸的磷酸化，消耗ATP。	暂无已核实直接文献
`Os06g0109600`	催化嘧啶核苷一磷酸的磷酸化，消耗ATP。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010621 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006207 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process 生物过程

GO:0006221 pyrimidine nucleotide biosynthetic process 生物过程

GO:0006225 UDP biosynthetic process 生物过程

GO:0009173 pyrimidine ribonucleoside monophosphate metabolic process 生物过程

GO:0046705 CDP biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0033862 UMP kinase activity 分子功能

GO:0036430 CMP kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G60180

ath:AT5G26667

dosa:Os02g0778400

dosa:Os06g0109600

dosa:Os07g0624700

osa:4339882

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.623

排名 1 · LXL04_010621 · OH-1004

细胞核0.288

排名 2 · LXL04_010621 · OH-1004

线粒体0.170

排名 3 · LXL04_010621 · OH-1004

细胞膜0.136

排名 4 · LXL04_010621 · OH-1004

内质网0.083

排名 5 · LXL04_010621 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13671.13AAA_3324-161 aa

PF13238.13AAA_1825-152 aa

PF00406.30ADK27-179 aa

PF13207.13AAA_1728-158 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010621	`PF13671.13`	AAA_33	24	161	2.5e-06	28.6
LXL04_010621	`PF13238.13`	AAA_18	25	152	9.3e-09	36.6
LXL04_010621	`PF00406.30`	ADK	27	179	3e-49	167.7
LXL04_010621	`PF13207.13`	AAA_17	28	158	5.6e-37	127.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04905`	拟南芥	UMP-CMP kinase 3	81.340%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VY84`	拟南芥	Probable UMP-CMP kinase 1	69.802%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XI40`	水稻	UMP-CMP kinase 3	80.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6K7H2`	水稻	UMP-CMP kinase 4	78.846%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5VRN0`	水稻	UMP-CMP kinase 1	62.703%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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