LXL04_005825 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005825

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 174204688-174211536 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3207 bp · LXL04_005825|LXL04_005825|OH1004|cDNA

ATGTTTTTTTTGGTCTTTGAATCAATGAGAAGTTTATTGCCACAATGCTGCTACTTCACCGCGAGTTCGCTGTTGCTAATTGCATTCCTGTCGCCGGCGGCTGTCGATCAGGTGGCGGCAGCGGCGTCCGAGAAAGAGATCCTGCTTCAGTTCAAAGGTAACATAACAAGCGACCCTTACAATAGTTTGATTTCATGGGATTCTAGTACAGATCAGTGTAGAGATTATAGCGGTGTGTTTTGTGATTCTTTTGGGAATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3207 bp · LXL04_005825|LXL04_005825|OH1004|CDS

ATGTTTTTTTTGGTCTTTGAATCAATGAGAAGTTTATTGCCACAATGCTGCTACTTCACCGCGAGTTCGCTGTTGCTAATTGCATTCCTGTCGCCGGCGGCTGTCGATCAGGTGGCGGCAGCGGCGTCCGAGAAAGAGATCCTGCTTCAGTTCAAAGGTAACATAACAAGCGACCCTTACAATAGTTTGATTTCATGGGATTCTAGTACAGATCAGTGTAGAGATTATAGCGGTGTGTTTTGTGATTCTTTTGGGAATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1068 aa · LXL04_005825|LXL04_005825|OH1004|PROTEIN

MFFLVFESMRSLLPQCCYFTASSLLLIAFLSPAAVDQVAAAASEKEILLQFKGNITSDPYNSLISWDSSTDQCRDYSGVFCDSFGNVYKIVLWNTSLGGVLSPSLSELKSLRILTLFGNRFTGNIPPEFQELTTLWKINVSSNALSGSIPEFLGDLNSIRFLDLSRNGFEGSIPSSLFKVCEKTKFISLSHNNLSGALPIIVNNCLNLEGFDVSFNSLTGEFPSQICEIPPLSYLSVRNNMLTGTVHEQVSNCQRLELLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005825`
TK1151 ID	TkA01G014080
OH-1004 ID	LXL04_005825
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 84.363 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005825

位置 Chr01:174204688-174211536 (+)

描述 Similar to At1g12460: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g12460

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12460`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g12460。	暂无已核实直接文献
`At3g56370`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶IRK。	暂无已核实直接文献
`At3g28040`	可能失活的富亮氨酸重复受体样蛋白激酶 At3g28040。	暂无已核实直接文献
`At5g01890`	富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶，可能参与维管组织发育。	暂无已核实直接文献
`At5g07180`	受体激酶，调节花序结构和器官形态，以及气孔图案，包括密度和聚集，与ERL1和ER一起作用。	Synergistic interaction of three ERECTA-family receptor-like kinases controls Arabidopsis organ growth and flower development by promoting cell proliferation.2004 · DOI: 10.1242/dev.01028 Haploinsufficiency after successive loss of signaling reveals a role for ERECTA-family genes in Arabidopsis ovule development.2007 · DOI: 10.1242/dev.004788

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005825 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0010103 stomatal complex morphogenesis 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0090511 periclinal cell division 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12460

ath:AT3G28040

ath:AT3G56370

ath:AT5G01890

ath:AT5G07180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.849

排名 1 · LXL04_005825 · OH-1004

内质网0.089

排名 2 · LXL04_005825 · OH-1004

细胞质0.069

排名 3 · LXL04_005825 · OH-1004

细胞核0.062

排名 4 · LXL04_005825 · OH-1004

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · LXL04_005825 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_242-82 aa

PF13855.13LRR_8110-168 aa

PF13855.13LRR_8231-289 aa

PF23598.2LRR_14320-503 aa

PF13855.13LRR_8403-449 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr612-891 aa

PF00069.32Pkinase613-832 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005825	`PF08263.18`	LRRNT_2	42	82	3.9e-07	31.0
LXL04_005825	`PF13855.13`	LRR_8	110	168	3.5e-23	81.8
LXL04_005825	`PF13855.13`	LRR_8	231	289	3.5e-23	81.8
LXL04_005825	`PF23598.2`	LRR_14	320	503	4.1e-17	62.7
LXL04_005825	`PF13855.13`	LRR_8	403	449	3.5e-23	81.8
LXL04_005825	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	612	891	2.6e-34	119.4
LXL04_005825	`PF00069.32`	Pkinase	613	832	6.1e-32	111.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGE4`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g12460	61.066%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LY03`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase IRK	34.874%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LRT1`	拟南芥	Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At3g28040	36.625%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZV7`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase PXC2	32.727%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6XAT2`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase ERL2	31.799%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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