LXL04_005570 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005570

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 168537603-168546518 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5616 bp · LXL04_005570|LXL04_005570|OH1004|cDNA

ATGGCTGAAATCGTTGTTAGCGCCGTCATCACCGCACTGTGTGAAAGGCTGATCTCTGGAGACTTGTTGAAGCTGGCTCGATTAGAAGGGATCGATTCTCAGCTACACAAATTGAAGAAAAACTTGCTCATGATCCAAGCGGTGCTTGCTGATGCAAGCCAGAAGCACATAACCGACAGAGCTGTTCAACTGTGGGTGACTGAGCTCCAGGAATTGGCTTACGACATAGATGATGTACTTGATGATTTGGCTACCGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

5616 bp · LXL04_005570|LXL04_005570|OH1004|CDS

ATGGCTGAAATCGTTGTTAGCGCCGTCATCACCGCACTGTGTGAAAGGCTGATCTCTGGAGACTTGTTGAAGCTGGCTCGATTAGAAGGGATCGATTCTCAGCTACACAAATTGAAGAAAAACTTGCTCATGATCCAAGCGGTGCTTGCTGATGCAAGCCAGAAGCACATAACCGACAGAGCTGTTCAACTGTGGGTGACTGAGCTCCAGGAATTGGCTTACGACATAGATGATGTACTTGATGATTTGGCTACCGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1871 aa · LXL04_005570|LXL04_005570|OH1004|PROTEIN

MAEIVVSAVITALCERLISGDLLKLARLEGIDSQLHKLKKNLLMIQAVLADASQKHITDRAVQLWVTELQELAYDIDDVLDDLATEDIRRKLNQEDSASISNITGKVLKLFPNCCTNFTPRNITGLAKLREVSTKLRDLVDQKKDLGLNVNVGRSNERERRQEETSLVDESKIMGREGDKEALLEKLLGNEECVENVSIVSIVGMGGIGKTTLAKLLYNDEKVKKHFKLKAWVCVSEELDVFTVSKAIFQAVTGENKDFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005570`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005570

位置 Chr01:168537603-168546518 (+)

描述 Similar to KIN14K: Kinesin-like protein KIN-14K

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g41310`	类驱动蛋白 KIN-14K。	暂无已核实直接文献
`At1g63640`	类 kinesin 蛋白 KIN-14J。	暂无已核实直接文献
`At3g14470`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0744000`	类动力蛋白 KIN-14C。	暂无已核实直接文献
`Os05g0521300`	类驱动蛋白 KIN-14K。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005570 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007017 microtubule-based process 生物过程

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分

GO:0003777 microtubule motor activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G63640

ath:AT3G14470

ath:AT5G41310

dosa:Os01g0744000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.432

排名 1 · LXL04_005570 · OH-1004

细胞质0.307

排名 2 · LXL04_005570 · OH-1004

细胞核0.229

排名 3 · LXL04_005570 · OH-1004

质体0.082

排名 4 · LXL04_005570 · OH-1004

内质网0.067

排名 5 · LXL04_005570 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18052.7Rx_N5-94 aa

PF00931.29NB-ARC177-347 aa

PF23559.2WHD_DRP434-502 aa

PF23598.2LRR_14575-909 aa

PF25013.1LRR_Zer-1612-672 aa

PF25019.1LRR_R13L1-DRL21704-830 aa

PF23247.2LRR_RPS2870-989 aa

PF23247.2LRR_RPS2925-1021 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005570	`PF18052.7`	Rx_N	5	94	7.5e-20	71.6
LXL04_005570	`PF00931.29`	NB-ARC	177	347	4.1e-36	124.9
LXL04_005570	`PF23559.2`	WHD_DRP	434	502	1.2e-23	83.6
LXL04_005570	`PF23598.2`	LRR_14	575	909	1.1e-27	97.4
LXL04_005570	`PF25013.1`	LRR_Zer-1	612	672	2.7e-07	31.5
LXL04_005570	`PF25019.1`	LRR_R13L1-DRL21	704	830	1.8e-40	138.5
LXL04_005570	`PF23247.2`	LRR_RPS2	870	989	1.1e-13	52.2
LXL04_005570	`PF23247.2`	LRR_RPS2	925	1021	1.1e-13	52.2
LXL04_005570	`PF16796.12`	Microtub_bd	1390	1551	2.6e-45	154.8
LXL04_005570	`PF00225.30`	Kinesin	1411	1660	8.5e-75	252.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JX00`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-14K	48.669%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B3H6Z8`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-14J	54.660%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LRR4`	拟南芥	Putative disease resistance RPP13-like protein 1	37.365%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5JKW1`	水稻	Kinesin-like protein KIN-14C	49.530%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9FL70`	水稻	Kinesin-like protein KIN-14K	48.746%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情