LXL04_004049 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004049

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 123406955-123412274 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2973 bp · LXL04_004049|LXL04_004049|OH1004|cDNA

ATGGCCGCGACTACGGTGAGTTCGGCAGGCGGTCTTTTAGCGATGCTTAACGAGCCGCATCCGTCTCTCAAGTTGCATGCTCTTTCAAATCTTAACGCCTTTGTCGACTACTTCTGGCCCGAGATCTCAACTAGCGTCCCAATAATTGAGAGTTTATATGAAGACGAAGAGTTTGATCAAAGACAGTTGGCTGCTTTACTTGTTTCAAAGGTTTTCTATTATCTGGGAGAGCTTAATGACTCATTATCGTACGCCCTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2973 bp · LXL04_004049|LXL04_004049|OH1004|CDS

ATGGCCGCGACTACGGTGAGTTCGGCAGGCGGTCTTTTAGCGATGCTTAACGAGCCGCATCCGTCTCTCAAGTTGCATGCTCTTTCAAATCTTAACGCCTTTGTCGACTACTTCTGGCCCGAGATCTCAACTAGCGTCCCAATAATTGAGAGTTTATATGAAGACGAAGAGTTTGATCAAAGACAGTTGGCTGCTTTACTTGTTTCAAAGGTTTTCTATTATCTGGGAGAGCTTAATGACTCATTATCGTACGCCCTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

990 aa · LXL04_004049|LXL04_004049|OH1004|PROTEIN

MAATTVSSAGGLLAMLNEPHPSLKLHALSNLNAFVDYFWPEISTSVPIIESLYEDEEFDQRQLAALLVSKVFYYLGELNDSLSYALGAGSLFDVSEDSDYVHTLLAKAIDEYATLRTKAAESKEESSDVDPRLEAIVERMLDKCITDGKYQQAIGMSIECRRLDKLKEAITNSDNVHATLAYCMNVSHAFVNRREYRREVLLLLVKVYQDLASPDYLNICQCLMFLDQPEGVASILEKLLRSENKDDAMMAFQIAFDLIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004049`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004049

位置 Chr01:123406955-123412274 (-)

描述 Similar to RPN2A: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 homolog A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32730`	作为 26 蛋白酶体的调节亚基，参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。	暂无已核实直接文献
`At1g04810`	作为 26 蛋白酶体的调节亚基，参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004049 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0042176 regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0061136 regulation of proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0071357 cellular response to type I interferon 生物过程

GO:0000502 proteasome complex 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04810

ath:AT2G32730

hsa:5707

mmu:70247

pon:100173695

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.508

排名 1 · LXL04_004049 · OH-1004

细胞核0.507

排名 2 · LXL04_004049 · OH-1004

高尔基体0.066

排名 3 · LXL04_004049 · OH-1004

内质网0.052

排名 4 · LXL04_004049 · OH-1004

溶酶体／液泡0.036

排名 5 · LXL04_004049 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21505.4RPN2_N8-354 aa

PF17781.8RPN1_RPN2_N69-257 aa

PF01851.29PC_rep488-521 aa

PF13646.13HEAT_2611-703 aa

PF01851.29PC_rep662-695 aa

PF18004.7RPN2_C797-952 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004049	`PF21505.4`	RPN2_N	8	354	1.2e-91	307.9
LXL04_004049	`PF17781.8`	RPN1_RPN2_N	69	257	5e-06	27.0
LXL04_004049	`PF01851.29`	PC_rep	488	521	6.2e-31	105.9
LXL04_004049	`PF13646.13`	HEAT_2	611	703	1.4e-19	70.8
LXL04_004049	`PF01851.29`	PC_rep	662	695	6.2e-31	105.9
LXL04_004049	`PF18004.7`	RPN2_C	797	952	1.2e-47	162.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48844`	拟南芥	26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 homolog A	83.399%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9MAT0`	拟南芥	26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 homolog B	82.656%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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