F1 家系 · 全基因组关联
天然橡胶含量 GWAS
GLM 与 MLM 的关联结果、模型诊断和数据下载。
126 F11,109,918 SNPTK1151含量（%）
GLM：PC1–PC3；MLM：PC1–PC3与标准化亲缘矩阵。结果解释限于本F1家系。
当前模型的全基因组结果
红虚线为固定探索性筛选阈值：−log10(P)=4，即P≤1×10⁻⁴；灰点线为1/M提示阈值。候选位点和候选基因采用固定4阈值，未做置换经验校准。
1,109,918 有效检验；固定4筛选位点 236；Bonferroni 0；FDR≤0.05 46下载图中全部结果 TSV.gz
QQ 图与模型统计
λ = 1.031；全基因组阈值 P ≤ 4.5e-08。
本轮MLM已收敛，但亲缘随机效应方差接近零边界。该结果不能用于断言性状无遗传基础，需结合家系设计和稳健性检查解释。 V(G)=1e-05；V(e)=4.3028。
筛选关联统计
当前筛选 188,143 条下载当前筛选 TSV
| 位点 | 位置（bp） | 效应等位基因 | n | β | P | FDR q | 最近基因 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| TK1151:1:99932398:G:A | Chr01:99,932,398 | A | 126 | -9.996 | 1.59e-06 | 0.0463 | TkA01G400290 |
| TK1151:1:18040053:C:T | Chr01:18,040,053 | T | 126 | -9.988 | 1.62e-06 | 0.0463 | TkA01G070550 |
| TK1151:1:18040068:C:A | Chr01:18,040,068 | A | 126 | -9.977 | 1.67e-06 | 0.0463 | TkA01G070550 |
| TK1151:1:112651177:T:C | Chr01:112,651,177 | C | 126 | -9.976 | 1.67e-06 | 0.0463 | TkA01G449580 |
| TK1151:1:30661804:C:T | Chr01:30,661,804 | T | 126 | -9.969 | 1.69e-06 | 0.0463 | TkA01G121250 |
| TK1151:1:64093009:A:C | Chr01:64,093,009 | C | 126 | -9.969 | 1.69e-06 | 0.0463 | TkA01G254100 |
| TK1151:1:158505141:C:T | Chr01:158,505,141 | T | 126 | 9.959 | 1.74e-06 | 0.0463 | TkA01G627810 |
| TK1151:1:118957315:A:C | Chr01:118,957,315 | C | 126 | -9.949 | 1.8e-06 | 0.0463 | TkA01G475170 |
| TK1151:1:20765774:G:A | Chr01:20,765,774 | A | 126 | -3.619 | 1.85e-06 | 0.0463 | TkA01G081350 |
| TK1151:1:85773526:T:G | Chr01:85,773,526 | G | 126 | 4.068 | 2.01e-06 | 0.0485 | TkA01G345340 |
| TK1151:1:19575244:A:G | Chr01:19,575,244 | G | 126 | -3.805 | 2.49e-06 | 0.0577 | TkA01G076640 |
| TK1151:1:8052540:G:T | Chr01:8,052,540 | T | 126 | -2.739 | 4.77e-06 | 0.093 | TkA01G031300 |
| TK1151:1:132381525:A:C | Chr01:132,381,525 | C | 126 | -5.399 | 6.74e-06 | 0.121 | TkA01G527130 |
| TK1151:1:30245177:C:A | Chr01:30,245,177 | A | 126 | 1.893 | 1.05e-05 | 0.167 | TkA01G119390 |
| TK1151:1:126126144:T:C | Chr01:126,126,144 | C | 126 | -5.257 | 1.17e-05 | 0.173 | TkA01G503690 |
| TK1151:1:113553025:G:A | Chr01:113,553,025 | A | 126 | 2.516 | 1.89e-05 | 0.226 | TkA01G453990 |
| TK1151:1:10487966:A:G | Chr01:10,487,966 | G | 126 | -2.313 | 2.03e-05 | 0.232 | TkA01G040630 |
| TK1151:1:55016454:T:C | Chr01:55,016,454 | C | 126 | 1.762 | 2.08e-05 | 0.235 | TkA01G215880 |
| TK1151:1:14007897:G:A | Chr01:14,007,897 | A | 126 | 2.628 | 2.23e-05 | 0.247 | TkA01G054230 |
| TK1151:1:66099415:A:G | Chr01:66,099,415 | G | 126 | 2.042 | 3.29e-05 | 0.312 | TkA01G262840 |
| TK1151:1:41201569:T:A | Chr01:41,201,569 | A | 126 | 2.625 | 3.34e-05 | 0.314 | TkA01G161130 |
| TK1151:1:112808204:T:C | Chr01:112,808,204 | C | 126 | 4.936 | 4.65e-05 | 0.356 | TkA01G449580 |
| TK1151:1:52059913:C:T | Chr01:52,059,913 | T | 126 | 2.478 | 4.71e-05 | 0.358 | TkA01G204460 |
| TK1151:1:52626396:T:C | Chr01:52,626,396 | C | 126 | -2.081 | 5.12e-05 | 0.373 | TkA01G206730 |
| TK1151:1:29460003:A:T | Chr01:29,460,003 | T | 126 | -2.147 | 5.2e-05 | 0.373 | TkA01G116340 |
β为每个效应等位基因对应的含量百分点变化。表格筛选不改变上方全基因组图。
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分析方法、来源与使用范围
材料来自一个F1家系。表型采用论文公开的天然橡胶含量平均值；VCF为本站对CRA009020原始序列重比对和变异检测的结果。材料对应依据为精确且唯一的测序reads统计，论文原bin编码的一致性仍待核实。结果用于本家系探索性关联，候选需独立材料验证。
8条染色体双等位SNP；剔除子代间GT剂量不变的位点；GT深度≥5；位点缺失≤10%；MAF≥0.05；样本缺失≤15%；不做F1的HWE筛选。GLM按位点使用完整基因型记录；MLM按软件默认处理少量缺失GT。最近基因只表示位置关系；原发表标记区间不是完整QTL置信区间。
Yang et al., 2023已发表QTL方法与版本数值核验分析流程与来源后续分析方案