TkA01G345340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G345340

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 85792058-85796301 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2778 bp · TkA01G345340|TK1151|cDNA

ATGGGGGGTAAAGTCGACACTTCTATCAACAAAGACAATGCTCCATATGTATACAAGCTTAGTGGTCAAAATTATCATTCTTTGGGAAGTCTGCTACCTCCAGATGAATCCACACCAAAATTCTCTCAACTTACATATATGATACCGAGAACGAATAAAGGATCGGAAGCATCAAGTTCAACTTCCAAGTCACTCGATGTTGAAATCATAAATTTTTTGAAGGTTATGTTTGATTCGACAAATGAGTTGGTGAAAATTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2778 bp · TkA01G345340|TK1151|CDS

ATGGGGGGTAAAGTCGACACTTCTATCAACAAAGACAATGCTCCATATGTATACAAGCTTAGTGGTCAAAATTATCATTCTTTGGGAAGTCTGCTACCTCCAGATGAATCCACACCAAAATTCTCTCAACTTACATATATGATACCGAGAACGAATAAAGGATCGGAAGCATCAAGTTCAACTTCCAAGTCACTCGATGTTGAAATCATAAATTTTTTGAAGGTTATGTTTGATTCGACAAATGAGTTGGTGAAAATTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

925 aa · TkA01G345340|TK1151|PROTEIN

MGGKVDTSINKDNAPYVYKLSGQNYHSLGSLLPPDESTPKFSQLTYMIPRTNKGSEASSSTSKSLDVEIINFLKVMFDSTNELVKIYRIARDCFDENPEINLKIRLIGRRQQDGRTFNLPTASEVAALIVGDINKDIENRDILITTKSGSLQRISELHPSYLSLQYPVLFPYGEDGYRVDIPIPRASFQDRNKGYSLILNARRLYQQLLVDSYTMIESERLFYVRREQTVLRCESFETLNNIRKSGNNNVSNVGQRVILP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G345340`
TK1151 ID	TkA01G345340
OH-1004 ID	LXL04_033271
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	52.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 58.892 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G345340`
位置	Chr01:85792058-85796301 (-)
描述	Similar to Pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033271` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程 GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程
KEGG 基因交叉引用	cal:CAALFM_CR07360WA dosa:Os02g0776800 hsa:80119 mmu:208084 rno:367645 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.882

排名 1 · TkA01G345340 · TK1151

细胞质0.157

排名 2 · TkA01G345340 · TK1151

线粒体0.039

排名 3 · TkA01G345340 · TK1151

细胞膜0.014

排名 4 · TkA01G345340 · TK1151

细胞外0.014

排名 5 · TkA01G345340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30188PF3D7_1446700_N61-112 aa

PF14214Helitron_like_N191-363 aa

PF30188PF3D7_1446700_N236-261 aa

PF23343REP_ORF2-G2P320-377 aa

PF20199RepSA348-364 aa

PF05970PIF1644-688 aa

PF13191AAA_16654-691 aa

PF13401AAA_22663-710 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G345340	`PF30188`	PF3D7_1446700_N	61	112	0.091	13.4
TkA01G345340	`PF14214`	Helitron_like_N	191	363	1.3e-53	182.8
TkA01G345340	`PF30188`	PF3D7_1446700_N	236	261	0.091	13.4
TkA01G345340	`PF23343`	REP_ORF2-G2P	320	377	0.00059	20.8
TkA01G345340	`PF20199`	RepSA	348	364	0.16	11.8
TkA01G345340	`PF05970`	PIF1	644	688	1.1e-27	97.9
TkA01G345340	`PF13191`	AAA_16	654	691	0.0017	19.6
TkA01G345340	`PF13401`	AAA_22	663	710	0.0093	17.0
TkA01G345340	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	666	695	0.26	11.2
TkA01G345340	`PF05970`	PIF1	687	747	1.1e-27	97.9
TkA01G345340	`PF21530`	Pif1_2B_dom	791	835	3.1e-17	62.7
TkA01G345340	`PF02689`	Herpes_Helicase	883	921	0.0014	17.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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