F1 家系 · 全基因组关联
天然橡胶含量 GWAS
GLM 与 MLM 的关联结果、模型诊断和数据下载。
126 F11,109,918 SNPTK1151含量（%）
GLM：PC1–PC3；MLM：PC1–PC3与标准化亲缘矩阵。结果解释限于本F1家系。
当前模型的全基因组结果
红虚线为固定探索性筛选阈值：−log10(P)=4，即P≤1×10⁻⁴；灰点线为1/M提示阈值。候选位点和候选基因采用固定4阈值，未做置换经验校准。
1,109,918 有效检验；固定4筛选位点 172；Bonferroni 1；FDR≤0.05 1下载图中全部结果 TSV.gz
QQ 图与模型统计
λ = 0.978；全基因组阈值 P ≤ 4.5e-08。
筛选关联统计
当前筛选 188,143 条下载当前筛选 TSV
| 位点 | 位置（bp） | 效应等位基因 | n | β | P | FDR q | 最近基因 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| TK1151:1:112651177:T:C | Chr01:112,651,177 | C | 122 | -10.53 | 1.51e-06 | 0.0865 | TkA01G449580 |
| TK1151:1:20765774:G:A | Chr01:20,765,774 | A | 122 | -3.867 | 2.78e-06 | 0.0865 | TkA01G081350 |
| TK1151:1:99932398:G:A | Chr01:99,932,398 | A | 124 | -10.43 | 2.87e-06 | 0.0865 | TkA01G400290 |
| TK1151:1:30661804:C:T | Chr01:30,661,804 | T | 126 | -10.4 | 2.92e-06 | 0.0865 | TkA01G121250 |
| TK1151:1:64093009:A:C | Chr01:64,093,009 | C | 126 | -10.4 | 2.92e-06 | 0.0865 | TkA01G254100 |
| TK1151:1:158505141:C:T | Chr01:158,505,141 | T | 125 | 10.42 | 3e-06 | 0.0865 | TkA01G627810 |
| TK1151:1:18040053:C:T | Chr01:18,040,053 | T | 124 | -10.45 | 3.06e-06 | 0.0865 | TkA01G070550 |
| TK1151:1:18040068:C:A | Chr01:18,040,068 | A | 123 | -10.46 | 3.1e-06 | 0.0865 | TkA01G070550 |
| TK1151:1:118957315:A:C | Chr01:118,957,315 | C | 115 | -9.947 | 3.51e-06 | 0.0865 | TkA01G475170 |
| TK1151:1:85773526:T:G | Chr01:85,773,526 | G | 126 | 4.117 | 5.05e-06 | 0.114 | TkA01G345340 |
| TK1151:1:19575244:A:G | Chr01:19,575,244 | G | 119 | -3.887 | 8.85e-06 | 0.179 | TkA01G076640 |
| TK1151:1:8052540:G:T | Chr01:8,052,540 | T | 114 | -2.825 | 1.42e-05 | 0.24 | TkA01G031300 |
| TK1151:1:55016454:T:C | Chr01:55,016,454 | C | 119 | 1.941 | 1.78e-05 | 0.279 | TkA01G215880 |
| TK1151:1:132381525:A:C | Chr01:132,381,525 | C | 124 | -5.415 | 1.8e-05 | 0.279 | TkA01G527130 |
| TK1151:1:14007897:G:A | Chr01:14,007,897 | A | 125 | 2.994 | 1.81e-05 | 0.279 | TkA01G054230 |
| TK1151:1:126126144:T:C | Chr01:126,126,144 | C | 125 | -5.395 | 1.87e-05 | 0.285 | TkA01G503690 |
| TK1151:1:113553025:G:A | Chr01:113,553,025 | A | 125 | 2.766 | 2.06e-05 | 0.292 | TkA01G453990 |
| TK1151:1:30245177:C:A | Chr01:30,245,177 | A | 125 | 1.913 | 2.55e-05 | 0.33 | TkA01G119390 |
| TK1151:1:10487966:A:G | Chr01:10,487,966 | G | 121 | -2.384 | 4.83e-05 | 0.483 | TkA01G040630 |
| TK1151:1:41201569:T:A | Chr01:41,201,569 | A | 115 | 2.705 | 7.14e-05 | 0.596 | TkA01G161130 |
| TK1151:1:29460003:A:T | Chr01:29,460,003 | T | 119 | -2.427 | 7.73e-05 | 0.617 | TkA01G116340 |
| TK1151:1:66099415:A:G | Chr01:66,099,415 | G | 115 | 2.077 | 8.37e-05 | 0.628 | TkA01G262840 |
| TK1151:1:34824375:G:A | Chr01:34,824,375 | A | 120 | 5.073 | 0.000115 | 0.686 | TkA01G137210 |
| TK1151:1:112808204:T:C | Chr01:112,808,204 | C | 126 | 4.966 | 0.000117 | 0.686 | TkA01G449580 |
| TK1151:1:4774135:G:A | Chr01:4,774,135 | A | 116 | 2.988 | 0.000128 | 0.712 | TkA01G018570 |
β为每个效应等位基因对应的含量百分点变化。表格筛选不改变上方全基因组图。
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分析方法、来源与使用范围
材料来自一个F1家系。表型采用论文公开的天然橡胶含量平均值；VCF为本站对CRA009020原始序列重比对和变异检测的结果。材料对应依据为精确且唯一的测序reads统计，论文原bin编码的一致性仍待核实。结果用于本家系探索性关联，候选需独立材料验证。
8条染色体双等位SNP；剔除子代间GT剂量不变的位点；GT深度≥5；位点缺失≤10%；MAF≥0.05；样本缺失≤15%；不做F1的HWE筛选。GLM按位点使用完整基因型记录；MLM按软件默认处理少量缺失GT。最近基因只表示位置关系；原发表标记区间不是完整QTL置信区间。
Yang et al., 2023已发表QTL方法与版本数值核验分析流程与来源后续分析方案