LXL04_038373 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038373

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 38817932-38819976 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

801 bp · LXL04_038373|LXL04_038373|OH1004|cDNA

atGTTCTATCTGTCTCTCTCATCGATCAGATGTGTGCAAGGGAATATTGAAGCTCGTGGATTCGAATCTGCTTTCGTCGTTAGAAACGGTGGAAATTCGGTCGATGTTATTGCACTTGGAGGATTTGGTGATAAGATTTTGTTTTTTTACTGCTGGGATAAGCTTTTGGATACCAGGATTCCCCCTGTTAGTTCTTCTTTTGTCATGATAGTTGAGGTTGTATGTTGCAAACTCACTCCTCTCCAAGCAGCACTGTACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

801 bp · LXL04_038373|LXL04_038373|OH1004|CDS

ATGTTCTATCTGTCTCTCTCATCGATCAGATGTGTGCAAGGGAATATTGAAGCTCGTGGATTCGAATCTGCTTTCGTCGTTAGAAACGGTGGAAATTCGGTCGATGTTATTGCACTTGGAGGATTTGGTGATAAGATTTTGTTTTTTTACTGCTGGGATAAGCTTTTGGATACCAGGATTCCCCCTGTTAGTTCTTCTTTTGTCATGATAGTTGAGGTTGTATGTTGCAAACTCACTCCTCTCCAAGCAGCACTGTACAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

266 aa · LXL04_038373|LXL04_038373|OH1004|PROTEIN

MFYLSLSSIRCVQGNIEARGFESAFVVRNGGNSVDVIALGGFGDKILFFYCWDKLLDTRIPPVSSSFVMIVEVVCCKLTPLQAALYTHFIHSKNIVEVVCCKLTPLQTALYTHFIHSKNLKKAIVEDVKQTKILAYITALKKLCNHPKLIYDTMKSGKPGTAGFENCMRFFPPEMFSGRSGSWTGGDGSWVELSGKMQVLARLLAHLRKKTDDRIVLVSNYTQTLDLIVQLCRERRYPFLRLDGSTSISKRQKLVNCFND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038373`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038373

位置 Chr09:38817932-38819976 (-)

描述 Similar to CHR25: Protein CHROMATIN REMODELING 25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19210`	从形成于双链DNA上的核蛋白丝中解离RAD51。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0762800`	多功能ATP酶，在同源重组（HR）中发挥作用，这是修复DNA双链断裂（DSBs）、单链DNA（ssDNA）缺口以及阻滞或坍塌的复制叉的主要途径。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038373 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000711 meiotic DNA repair synthesis 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

GO:0043150 DNA synthesis involved in double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19210

dmo:Dmoj_GI10760

dosa:Os02g0762800

dvi:6634100

mmu:19366

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.460

排名 1 · LXL04_038373 · OH-1004

细胞核0.429

排名 2 · LXL04_038373 · OH-1004

线粒体0.144

排名 3 · LXL04_038373 · OH-1004

过氧化物酶体0.050

排名 4 · LXL04_038373 · OH-1004

内质网0.047

排名 5 · LXL04_038373 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00176.30SNF2-rel_dom96-149 aa

PF00271.38Helicase_C196-262 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038373	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	96	149	2.7e-07	30.7
LXL04_038373	`PF00271.38`	Helicase_C	196	262	3e-07	31.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0PCS3`	拟南芥	Protein CHROMATIN REMODELING 25	77.222%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A4PBL4`	水稻	DNA repair and recombination protein RAD54	76.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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