LXL04_038087 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_038087

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 31048996-31056180 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1194 bp · LXL04_038087|LXL04_038087|OH1004|cDNA

ATGCAACTTCAATCAACCATTGAATGCCATCTTAAAGGAATTGATGCGTTTGAGAAACAAGTGATCAAGTTTGCTTCAAGAAAGGCCCTTGAGATATGTCGTGGTGCAGTAGAACTCGCTGACTATCAGCTCAAGAATTCAAATTCGGTTACTGAAGAGGCTCTAATTGAAGATTTGGGGGTATACATTGTTTCATACGATCGACCCGGTTATGGAGAGAGCGATCCAAACCCGAAACAAACTTTGAAAATCTCCGCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1194 bp · LXL04_038087|LXL04_038087|OH1004|CDS

ATGCAACTTCAATCAACCATTGAATGCCATCTTAAAGGAATTGATGCGTTTGAGAAACAAGTGATCAAGTTTGCTTCAAGAAAGGCCCTTGAGATATGTCGTGGTGCAGTAGAACTCGCTGACTATCAGCTCAAGAATTCAAATTCGGTTACTGAAGAGGCTCTAATTGAAGATTTGGGGGTATACATTGTTTCATACGATCGACCCGGTTATGGAGAGAGCGATCCAAACCCGAAACAAACTTTGAAAATCTCCGCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

397 aa · LXL04_038087|LXL04_038087|OH1004|PROTEIN

MQLQSTIECHLKGIDAFEKQVIKFASRKALEICRGAVELADYQLKNSNSVTEEALIEDLGVYIVSYDRPGYGESDPNPKQTLKISALDIEELADQLGLRSKFHVAGFSMGGQLIWTCLKYIPHRLAGATLIAPADNYWWPSLPANLSKQAFPELFVEDQWSLRVAHYLPSLTYRWNTQKLFPSSKAIAHSPDILSSQDVELIPKFTTGRGPIQKIIPSARKELPSGNYPQIGFKSMYGSVSHLKRGLPPHYLRLKVGCPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_038087`
TK1151 ID	TkA03G493320
OH-1004 ID	LXL04_038087
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 72.796 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_038087

位置 Chr09:31048996-31056180 (-)

描述 Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g14700`	必需蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0187000`	必需蛋白（根据相似性）。	Molecular cloning and characterization of a plant homologue of the origin recognition complex 1 (ORC1).2000 · DOI: 10.1016/s0168-9452(00)00297-1

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038087 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006270 DNA replication initiation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0033314 mitotic DNA replication checkpoint signaling 生物过程

GO:0051276 chromosome organization 生物过程

GO:0000808 origin recognition complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G14700

bba:Bd3546

dosa:Os06g0187000

tbr:Tb10.70.7240

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.303

排名 1 · LXL04_038087 · OH-1004

过氧化物酶体0.223

排名 2 · LXL04_038087 · OH-1004

细胞核0.155

排名 3 · LXL04_038087 · OH-1004

线粒体0.119

排名 4 · LXL04_038087 · OH-1004

质体0.115

排名 5 · LXL04_038087 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00561.27Abhydrolase_155-152 aa

PF12697.14Abhydrolase_660-175 aa

PF21530.4Pif1_2B_dom245-280 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_038087	`PF00561.27`	Abhydrolase_1	55	152	1.5e-09	38.6
LXL04_038087	`PF12697.14`	Abhydrolase_6	60	175	2.6e-09	38.8
LXL04_038087	`PF21530.4`	Pif1_2B_dom	245	280	3.9e-16	59.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q710E8`	拟南芥	Origin of replication complex subunit 1A	50.769%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5SMU7`	水稻	Origin of replication complex subunit 1	53.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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