LXL04_036628 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036628

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 45669959-45672354 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1557 bp · LXL04_036628|LXL04_036628|OH1004|cDNA

ATGGACCAAAATGTAATTATACAAAGTAAAGGGGCTGGTAGAGTGTGTTCTTCGATCACAATTTTATCATCCGAGCTCGCAAGCACAACTCCCATGGCGACATCTACCCCCTTATTCAGTCTCTCCCATCTTAATCACAAACAAACCACCTCCAAACGATTGTTATTAAACCCTAATTGCAAAGCCAAAATCATACGAATCCTCTGTTCTTCCTCATCTTCATTTCCTCAATCTACCATTACTCACGAAACCATAACTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1557 bp · LXL04_036628|LXL04_036628|OH1004|CDS

ATGGACCAAAATGTAATTATACAAAGTAAAGGGGCTGGTAGAGTGTGTTCTTCGATCACAATTTTATCATCCGAGCTCGCAAGCACAACTCCCATGGCGACATCTACCCCCTTATTCAGTCTCTCCCATCTTAATCACAAACAAACCACCTCCAAACGATTGTTATTAAACCCTAATTGCAAAGCCAAAATCATACGAATCCTCTGTTCTTCCTCATCTTCATTTCCTCAATCTACCATTACTCACGAAACCATAACTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

518 aa · LXL04_036628|LXL04_036628|OH1004|PROTEIN

MDQNVIIQSKGAGRVCSSITILSSELASTTPMATSTPLFSLSHLNHKQTTSKRLLLNPNCKAKIIRILCSSSSSFPQSTITHETITPLPPNNSVNNVTPQNKWEAHRKRKVLMRVGYAGINTGSKRYQFLKVLFCYIALEKELETAIYNAGGIRDSNFGDLQKIAWATSSQFDDEIHSLSTMISLKMEIPEYAWINDPNGTLLADTVNTYLPKNIRVFSILPSQKGFDAKKECNMRKYGYLLPLELIGINSNFTKSEVEH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036628`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036628

位置 Chr08:45669959-45672354 (-)

描述 Similar to At2g30320: Putative tRNA pseudouridine synthase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g30320`	推测的tRNA伪尿苷合成酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036628 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0031119 tRNA pseudouridine synthesis 生物过程

GO:0031120 snRNA pseudouridine synthesis 生物过程

GO:0070902 mitochondrial tRNA pseudouridine synthesis 生物过程

GO:1990481 mRNA pseudouridine synthesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005667 transcription regulator complex 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30320

cgr:2887466

hsa:80324

kla:KLLA0_B02244g

sce:YGL063W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.477

排名 1 · LXL04_036628 · OH-1004

质体0.291

排名 2 · LXL04_036628 · OH-1004

细胞核0.145

排名 3 · LXL04_036628 · OH-1004

细胞质0.075

排名 4 · LXL04_036628 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_036628 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01416.26PseudoU_synth_1272-414 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036628	`PF01416.26`	PseudoU_synth_1	272	414	6.1e-08	33.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22928`	拟南芥	Putative tRNA pseudouridine synthase	46.154%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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