基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_035390
当前版本: OH-1004
染色体: Chr08
坐标: 21781535-21785575
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2082 bp · LXL04_035390|LXL04_035390|OH1004|cDNA
ATGGCTTTTAATCGGAGACATATTGCAGACATATTGGAGATGGAAACTATCTCTACTAATCAGGAGGATAACGAGTTTACCGTCTTAGCAAAGATAGTCGAACTGGATCATAATTCTGGATGGTGTTATGCTTCATGCAGTAAATGCAACAACAATTTGGAGGCCATTGATGGTTCATTTGTTTGCTCCATTTGCAATCAACAATGCCGTTATCCCATCATACGGTATAAAATACATGTGCATGTTATTGACGGAAGTGG...
CDS
下载 CDS FASTA2082 bp · LXL04_035390|LXL04_035390|OH1004|CDS
ATGGCTTTTAATCGGAGACATATTGCAGACATATTGGAGATGGAAACTATCTCTACTAATCAGGAGGATAACGAGTTTACCGTCTTAGCAAAGATAGTCGAACTGGATCATAATTCTGGATGGTGTTATGCTTCATGCAGTAAATGCAACAACAATTTGGAGGCCATTGATGGTTCATTTGTTTGCTCCATTTGCAATCAACAATGCCGTTATCCCATCATACGGTATAAAATACATGTGCATGTTATTGACGGAAGTGG...
693 aa · LXL04_035390|LXL04_035390|OH1004|PROTEIN
MAFNRRHIADILEMETISTNQEDNEFTVLAKIVELDHNSGWCYASCSKCNNNLEAIDGSFVCSICNQQCRYPIIRYKIHVHVIDGSGRTTFVIFNQEAEKLLDSCANKFVNRLGIGSNQFPEEIIDLTGKIFIFKIKVALYNVTYECETYEVIKLYDVKFLIAYTSPKPFVGVFDPEALSAVQYNFNLDWLIQARLCRMWEAINFKNDNEIMGLEMVFVDDKGDSIQAYIRKNHMKRYKPMLEESEVYAIRNFRVAKSAV...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_035390 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_035390 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr08:21781535-21785575 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to RPA1B: Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006312 mitotic recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程 GO:0007141 male meiosis I 生物过程 GO:0009555 pollen development 生物过程 GO:0010224 response to UV-B 生物过程 GO:0033260 nuclear DNA replication 生物过程 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G06510 ath:AT5G08020 ath:AT5G61000 spo:2541158 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.935
细胞质0.122
细胞膜0.023
线粒体0.017
内质网0.012
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF08646.17Rep_fac-A_C26-140 aaPF02721.22DUF223189-287 aaPF16900.12REPA_OB_2311-385 aaPF08646.17Rep_fac-A_C485-622 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_035390 | PF08646.17 | Rep_fac-A_C | 26 | 140 | 6e-35 | 120.9 |
| LXL04_035390 | PF02721.22 | DUF223 | 189 | 287 | 3.2e-17 | 63.5 |
| LXL04_035390 | PF16900.12 | REPA_OB_2 | 311 | 385 | 2.7e-07 | 31.2 |
| LXL04_035390 | PF08646.17 | Rep_fac-A_C | 485 | 622 | 6e-35 | 120.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9SD82 | 拟南芥 | Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B | 23.529% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9FME0 | 拟南芥 | Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D | 24.299% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9SKI4 | 拟南芥 | Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit A | 24.444% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q10Q08 | 水稻 | Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit B | 23.256% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |