LXL04_032087 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032087

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 16614463-16617425 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1797 bp · LXL04_032087|LXL04_032087|OH1004|cDNA

ATGGTGAAAGAGAGAGTAGAAATTTCGATGTCCTCCTTCACCTCTAAAGGTGAAATTTTCGCTGCTGTACTCCCCGATGGACTCGTTAAAGTCTGGAACACGAGTGATGGAAGTCAGCTAGCCGAATGGAAGCACTCAGATGGAGATTCTGTTTCTCAGTTTTCTTCAATTGCTTGTAGCTTTGTGGGAAAGAAGCGCAGAAAAGAAAACAACACTTGTTTGGTGGCACTAGGAACATATAATGGTGACATCTTCACCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1797 bp · LXL04_032087|LXL04_032087|OH1004|CDS

ATGGTGAAAGAGAGAGTAGAAATTTCGATGTCCTCCTTCACCTCTAAAGGTGAAATTTTCGCTGCTGTACTCCCCGATGGACTCGTTAAAGTCTGGAACACGAGTGATGGAAGTCAGCTAGCCGAATGGAAGCACTCAGATGGAGATTCTGTTTCTCAGTTTTCTTCAATTGCTTGTAGCTTTGTGGGAAAGAAGCGCAGAAAAGAAAACAACACTTGTTTGGTGGCACTAGGAACATATAATGGTGACATCTTCACCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

598 aa · LXL04_032087|LXL04_032087|OH1004|PROTEIN

MVKERVEISMSSFTSKGEIFAAVLPDGLVKVWNTSDGSQLAEWKHSDGDSVSQFSSIACSFVGKKRRKENNTCLVALGTYNGDIFTINATSAELKWKSSGHHHSKIAALSFSNKGRTLCAISTDGTTCELNSETGELIKEIKIPKKHISSSVFFSDDKILAASNTKIRVLTLEDGKELHKHSTDSVHHISILNDTNIIITSKLGDKNLQVWNNESSGPVLSMRHPPLSVECKNGCNEDDVIVLSVSESGIAYIWNLNISS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032087`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_032087`
位置	Chr07:16614463-16617425 (-)
描述	Similar to WDR43: WD repeat-containing protein 43
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032087` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程 GO:0034243 regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程 GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程 GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程 GO:2000036 regulation of stem cell population maintenance 生物过程 GO:2000234 positive regulation of rRNA processing 生物过程 GO:0000785 chromatin 细胞组分 GO:0001650 fibrillar center 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dre:445394 hsa:23160 mmu:72515 spo:2543388 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.839

排名 1 · LXL04_032087 · OH-1004

细胞质0.184

排名 2 · LXL04_032087 · OH-1004

高尔基体0.035

排名 3 · LXL04_032087 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 4 · LXL04_032087 · OH-1004

内质网0.031

排名 5 · LXL04_032087 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24817.2WD40_WDHD1_1st12-154 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_217-125 aa

PF24805.2EIF3I22-181 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st29-212 aa

PF13570.14Beta-prop_ACSF471-259 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC372-185 aa

PF24796.2WDR5573-257 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st74-212 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032087	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	12	154	2.1e-12	47.5
LXL04_032087	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	17	125	2.6e-09	37.6
LXL04_032087	`PF24805.2`	EIF3I	22	181	9.3e-07	29.0
LXL04_032087	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	29	212	3.2e-09	37.4
LXL04_032087	`PF13570.14`	Beta-prop_ACSF4	71	259	1.8e-08	34.8
LXL04_032087	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	72	185	1.2e-08	35.0
LXL04_032087	`PF24796.2`	WDR55	73	257	4.6e-12	46.3
LXL04_032087	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	74	212	2.6e-13	50.7
LXL04_032087	`PF12894.14`	ANAPC4_WD40	74	149	4.7e-09	37.1
LXL04_032087	`PF24814.2`	WD40_Prp19	74	201	1.5e-07	31.5
LXL04_032087	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	86	215	2.6e-09	37.6
LXL04_032087	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	101	258	1.7e-10	41.4
LXL04_032087	`PF04003.18`	Utp12	434	535	2.2e-16	60.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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