基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_029588
当前版本: OH-1004
染色体: Chr06
坐标: 94895447-94899450
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2172 bp · LXL04_029588|LXL04_029588|OH1004|cDNA
ATGACCGGAGCGGTGATAAATCCGCTGCAAGCAACCGGGACGGTGAACATGCCAACCAGCCAGCCGCCATCTATGTCGGACATGAACTCTGTCCGCATTTCCGTTCTTGTTGATCGATTACTTGTTCACCTTCGCGGCGGTTCAAGGAATGATAGCAATGAGTTTTCTAAACTCTGCATCTCTCTTTCCAGAGCAATTGACTATGCTGTTGCTAACAAGGAGCTTCCGGTCAAAGCTCCAGAATTACCTGGTTTGTTGAA...
CDS
下载 CDS FASTA2172 bp · LXL04_029588|LXL04_029588|OH1004|CDS
ATGACCGGAGCGGTGATAAATCCGCTGCAAGCAACCGGGACGGTGAACATGCCAACCAGCCAGCCGCCATCTATGTCGGACATGAACTCTGTCCGCATTTCCGTTCTTGTTGATCGATTACTTGTTCACCTTCGCGGCGGTTCAAGGAATGATAGCAATGAGTTTTCTAAACTCTGCATCTCTCTTTCCAGAGCAATTGACTATGCTGTTGCTAACAAGGAGCTTCCGGTCAAAGCTCCAGAATTACCTGGTTTGTTGAA...
723 aa · LXL04_029588|LXL04_029588|OH1004|PROTEIN
MTGAVINPLQATGTVNMPTSQPPSMSDMNSVRISVLVDRLLVHLRGGSRNDSNEFSKLCISLSRAIDYAVANKELPVKAPELPGLLKQVCQWKRDAPLQAVIMVLLISIKGACRKGWFNEKDTEELQNLSNEISSSFCSVKDMNFGENKFHNSISGVMLRFYPNMKMGETLAFIEANLGYGAFVKDFDITKEAMSSNNKIYLFIAQIDDTETSSCIISPQQVNFLLNGIAVDGRTSLSKDPGPQTPTLVTHMLKLGTNLL...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_029588 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA05G029420 |
| OH-1004 ID | LXL04_029588 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 56.900 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 35.172 / OH-1004 6.916覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_029588 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr06:94895447-94899450 (+) | |||||||||
| 描述 | Similar to PIAL2: E4 SUMO-protein ligase PIAL2 | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0007059 chromosome segregation 生物过程 GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程 GO:0016925 protein sumoylation 生物过程 GO:0030999 linear element assembly 生物过程 GO:0031297 replication fork processing 生物过程 GO:0036299 non-recombinational interstrand cross-link repair 生物过程 GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0060966 regulation of gene silencing by regulatory ncRNA 生物过程 GO:0072766 centromere clustering at the mitotic interphase nuclear envelope 生物过程 GO:0120290 stalled replication fork localization to nuclear periphery 生物过程 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G08910 ath:AT5G41580 hsa:83637 sce:YOR156C spo:2541580 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.902
细胞质0.175
细胞膜0.032
内质网0.020
溶酶体／液泡0.013
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF26716.1PIAL1_N26-178 aaPF11789.15zf-Nse310-359 aaPF02891.27zf-MIZ312-360 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_029588 | PF26716.1 | PIAL1_N | 26 | 178 | 4.2e-63 | 212.5 |
| LXL04_029588 | PF11789.15 | zf-Nse | 310 | 359 | 2.6e-07 | 31.1 |
| LXL04_029588 | PF02891.27 | zf-MIZ | 312 | 360 | 3.3e-20 | 72.3 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
F4JYG0 | 拟南芥 | E4 SUMO-protein ligase PIAL2 | 41.102% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
A0A0A7EPL0 | 拟南芥 | E4 SUMO-protein ligase PIAL1 | 46.556% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |