LXL04_029002 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029002

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 77548677-77549608 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

681 bp · LXL04_029002|LXL04_029002|OH1004|cDNA

ATGAGCAGGTTTCGGTATCCTTACCTGTTGATCATGGGCGACGGTGCACCCACGGGTTCCGTACCAACATCAAAGCTGGAAGCCCAAATACTAGAGGCAGTATTACAACGAGAGCTGAAAGGAACTTCCATAAAGTCATTCAACAAGATAATCTTGAAATTTCCAAAAATCGACGAGAGCCTAAGAAAATGCAAAGTTATATTCGAACAGTTTGACGAGGATAAAAGCGGTGCAATTGATCTTAAAGAGCTGAAGAACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

681 bp · LXL04_029002|LXL04_029002|OH1004|CDS

ATGAGCAGGTTTCGGTATCCTTACCTGTTGATCATGGGCGACGGTGCACCCACGGGTTCCGTACCAACATCAAAGCTGGAAGCCCAAATACTAGAGGCAGTATTACAACGAGAGCTGAAAGGAACTTCCATAAAGTCATTCAACAAGATAATCTTGAAATTTCCAAAAATCGACGAGAGCCTAAGAAAATGCAAAGTTATATTCGAACAGTTTGACGAGGATAAAAGCGGTGCAATTGATCTTAAAGAGCTGAAGAACTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

226 aa · LXL04_029002|LXL04_029002|OH1004|PROTEIN

MSRFRYPYLLIMGDGAPTGSVPTSKLEAQILEAVLQRELKGTSIKSFNKIILKFPKIDESLRKCKVIFEQFDEDKSGAIDLKELKNCFSKLEVTFTNEEISDIFQACDLNDDMGIDFHEFIVLLCLVYLLKEGSSAPNSKSRMGIPDLEATFETLVESFVFLDNNNDGYISKNEMIHAIEESGRSDGQITMKRFEEMDWDKNGTVNFKEFLFAFTSWVGIQDDEDD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029002`
TK1151 ID	TkA07G260840
OH-1004 ID	LXL04_029002
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.133 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029002

位置 Chr06:77548677-77549608 (+)

描述 Similar to CML21: Probable calcium-binding protein CML21

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26470`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At3g24110`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At4g04700`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At4g04695`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0491900`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029002 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24110

ath:AT4G04695

ath:AT4G04700

ath:AT4G26470

dosa:Os05g0491900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.394

排名 1 · LXL04_029002 · OH-1004

细胞膜0.303

排名 2 · LXL04_029002 · OH-1004

细胞核0.216

排名 3 · LXL04_029002 · OH-1004

内质网0.103

排名 4 · LXL04_029002 · OH-1004

高尔基体0.094

排名 5 · LXL04_029002 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_763-121 aa

PF00036.39EF-hand_164-91 aa

PF13405.13EF-hand_665-90 aa

PF13202.13EF-hand_567-87 aa

PF13499.13EF-hand_7153-214 aa

PF13405.13EF-hand_6155-181 aa

PF00036.39EF-hand_1157-180 aa

PF00036.39EF-hand_1192-215 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029002	`PF13499.13`	EF-hand_7	63	121	1.8e-18	67.4
LXL04_029002	`PF00036.39`	EF-hand_1	64	91	1.7e-20	71.7
LXL04_029002	`PF13405.13`	EF-hand_6	65	90	2.8e-19	67.6
LXL04_029002	`PF13202.13`	EF-hand_5	67	87	1.2e-12	47.4
LXL04_029002	`PF13499.13`	EF-hand_7	153	214	1.8e-18	67.4
LXL04_029002	`PF13405.13`	EF-hand_6	155	181	2.8e-19	67.6
LXL04_029002	`PF00036.39`	EF-hand_1	157	180	1.7e-20	71.7
LXL04_029002	`PF00036.39`	EF-hand_1	192	215	1.7e-20	71.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q52K82`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML21	68.159%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LRN6`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML22	43.915%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZSA4`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 27	28.729%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9S9V0`	拟南芥	Calcium-dependent protein kinase 31	28.497%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B9FKW9`	水稻	Calcium-dependent protein kinase 14	29.082%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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