LXL04_027842 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027842

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 24610862-24612249 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

925 bp · LXL04_027842|LXL04_027842|OH1004|cDNA

GATAAAAACCagtttttatttttgattttgataAACCCCCAACAGCGGCCCATTCCAACGTCGTTATCATTTTGTAGCGTGTTCTCCGGTTGCCACCGGCCAACCGACGTTTCTAGCTCCATGCGCCACCTCATCACCCTGTTCAACTGCCACGTTCCGATTCCTCTGCGATGCTAATTTATATACACAGGGCGGCAAACGTAAATTTTCTTCATATTCCTTTAATTATCCGTCTTTAGCTGCACTATCATTTAATACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

663 bp · LXL04_027842|LXL04_027842|OH1004|CDS

ATGGAAATCTTCAATGGACGATTGAACAACTGTGATCGGCATGGTAATTCCGACGGTGATGACAGGGGTAACCTGGTGATTGACATCTACCCTCTTAGTAGTTATTACTTCAGTTCAAAACCTGCTGTTGCATCCAAGGACGAAACCGTAGCCGATCGCACACAACGTTTGAAATCCAATTATGATGCTCATGGCATGAGGAATTGTGTGGAGGCGGTGATTTTGGTTGAACTGTTCAAGCACCCTCATCTATTGTTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

220 aa · LXL04_027842|LXL04_027842|OH1004|PROTEIN

MEIFNGRLNNCDRHGNSDGDDRGNLVIDIYPLSSYYFSSKPAVASKDETVADRTQRLKSNYDAHGMRNCVEAVILVELFKHPHLLLLQSKNCIYKLPGGRLRPGESDVDGLKRKLSSKLSADEDCYLSQWEVGECIGTWWKSDFETLPHPYLPASGKNPKECTKIYLVKLPSSKDFIVPQNLKLLAVPLCQLHENRKTYGSIIAGIPQLLSLFSINIVDT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027842`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027842

位置 Chr06:24610862-24612249 (+)

描述 Similar to CFIS1: Pre-mRNA cleavage factor Im 25 kDa subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g29820`	裂解因子 Im (CFIm) 复合体的组成部分，在前体 mRNA 3'-加工中起关键作用。	暂无已核实直接文献
`At4g25550`	裂解因子 Im (CFIm) 复合体的组成部分，在前体 mRNA 3'-加工中起关键作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027842 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0010608 post-transcriptional regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0051262 protein tetramerization 生物过程

GO:0051290 protein heterotetramerization 生物过程

GO:0110104 mRNA alternative polyadenylation 生物过程

GO:0180010 co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway 生物过程

GO:2000738 positive regulation of stem cell differentiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G25550

ath:AT4G29820

bta:518859

hsa:11051

pon:100172645

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.529

排名 1 · LXL04_027842 · OH-1004

细胞质0.286

排名 2 · LXL04_027842 · OH-1004

细胞膜0.088

排名 3 · LXL04_027842 · OH-1004

内质网0.065

排名 4 · LXL04_027842 · OH-1004

线粒体0.057

排名 5 · LXL04_027842 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13869.13NUDIX_226-213 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027842	`PF13869.13`	NUDIX_2	26	213	3.5e-73	245.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AF0`	拟南芥	Pre-mRNA cleavage factor Im 25 kDa subunit 1	63.380%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GXS3`	拟南芥	Pre-mRNA cleavage factor Im 25 kDa subunit 2	50.256%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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