LXL04_027553 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027553

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 18843661-18845664 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1848 bp · LXL04_027553|LXL04_027553|OH1004|cDNA

ATGGCGGCCACTTTAAAGTCAGTCAACCACCGTCATCAACCGCTCTCAGCTGCTAGCCAGAACCACGTCCGCCGCCTTGTAACTGCATCTTTCAACGAGGTTGCGATTAACGACGGTGATAAGAGATCAAATAAGTCAACTCGCCTAGCGAAATCGATCACGAACCTCTTGAATCTGTATATCGACAAGCCATCGCTGAAACACTTTCTCCAACGTCATGACTGGGATGTTGTTGCTCAGGCGGAGGCGAAGCTAGAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1848 bp · LXL04_027553|LXL04_027553|OH1004|CDS

ATGGCGGCCACTTTAAAGTCAGTCAACCACCGTCATCAACCGCTCTCAGCTGCTAGCCAGAACCACGTCCGCCGCCTTGTAACTGCATCTTTCAACGAGGTTGCGATTAACGACGGTGATAAGAGATCAAATAAGTCAACTCGCCTAGCGAAATCGATCACGAACCTCTTGAATCTGTATATCGACAAGCCATCGCTGAAACACTTTCTCCAACGTCATGACTGGGATGTTGTTGCTCAGGCGGAGGCGAAGCTAGAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

615 aa · LXL04_027553|LXL04_027553|OH1004|PROTEIN

MAATLKSVNHRHQPLSAASQNHVRRLVTASFNEVAINDGDKRSNKSTRLAKSITNLLNLYIDKPSLKHFLQRHDWDVVAQAEAKLELPTMSPKEDISSIWRDIHGGSDWENLLDPLHPFVRRELIKYGEFSQATYDAFDFDSFSEYCGSCLFSRRKFFDKLGLTKHGYDVTKYIYAMSQFEIPRWLEKSYVTDTWSKDSNWMGYVAVSDDLESKRIGRRDIVVAWRGTVLPSEWYEDMQRDLEPLGHGEAKVERGFLSIY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027553`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027553

位置 Chr06:18843661-18845664 (-)

描述 Similar to At1g06800: Phospholipase A1-Igamma1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g06800`	具有广泛特异性的酰基水解酶。	DONGLE and DEFECTIVE IN ANTHER DEHISCENCE1 lipases are not essential for wound- and pathogen-induced jasmonate biosynthesis: redundant lipases contribute to jasmonate formation.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.155093
`At2g30550`	广谱脂酰水解酶。	暂无已核实直接文献
`At1g51440`	酰基水解酶，催化磷脂酰胆碱在 sn-1 位的水解。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0651100`	酰基水解酶，催化sn-1位点磷脂的水解。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2WT95`	酰基水解酶，催化sn-1位点磷脂的水解。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027553 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004620 glycerophospholipase activity 分子功能

GO:0004806 triacylglycerol lipase activity 分子功能

GO:0008970 glycerophospholipid phospholipase A1 activity 分子功能

GO:0047714 galactolipase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06800

ath:AT1G51440

ath:AT2G30550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.798

排名 1 · LXL04_027553 · OH-1004

细胞质0.102

排名 2 · LXL04_027553 · OH-1004

线粒体0.078

排名 3 · LXL04_027553 · OH-1004

过氧化物酶体0.067

排名 4 · LXL04_027553 · OH-1004

溶酶体／液泡0.062

排名 5 · LXL04_027553 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01764.32Lipase_3222-369 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027553	`PF01764.32`	Lipase_3	222	369	7.1e-33	114.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q941F1`	拟南芥	Phospholipase A1-Igamma1, chloroplastic	47.783%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3EBR6`	拟南芥	Phospholipase A1-Igamma2, chloroplastic	44.573%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8J6`	拟南芥	Phospholipase A1-Igamma3, chloroplastic	44.366%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2ZW16`	水稻	Phospholipase A1-II 1	40.247%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2WT95`	水稻	Phospholipase A1-II 1	40.247%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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