LXL04_027305 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027305

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 12959659-12964968 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1779 bp · LXL04_027305|LXL04_027305|OH1004|cDNA

ATGAGTACCACAATCTCTCTTCTTGTGGTGCTATTCACCATCATCAATATTCTATCTTTGAGAAATTGTTATGCGAAGGGTATCACCGCCGTTTTTGTGTTTGGAGACTCTACGGTGGACCCTGGAAACAACAACTACATTCCCACGTATTCCAGAGGGAACTTCCCGCCTTATGGCAAAGATTTCCCCAATCATGAAGCTACCGGAAGGTTCAGCAATGGCCGTCTTGTCACCGATTTTATAACTGAATTCATTGGGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1779 bp · LXL04_027305|LXL04_027305|OH1004|CDS

ATGAGTACCACAATCTCTCTTCTTGTGGTGCTATTCACCATCATCAATATTCTATCTTTGAGAAATTGTTATGCGAAGGGTATCACCGCCGTTTTTGTGTTTGGAGACTCTACGGTGGACCCTGGAAACAACAACTACATTCCCACGTATTCCAGAGGGAACTTCCCGCCTTATGGCAAAGATTTCCCCAATCATGAAGCTACCGGAAGGTTCAGCAATGGCCGTCTTGTCACCGATTTTATAACTGAATTCATTGGGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

592 aa · LXL04_027305|LXL04_027305|OH1004|PROTEIN

MSTTISLLVVLFTIINILSLRNCYAKGITAVFVFGDSTVDPGNNNYIPTYSRGNFPPYGKDFPNHEATGRFSNGRLVTDFITEFIGVKKNLPPYLDPSLTIEDLMTGVSFASAGAGFDPITSQLGKQALVRKAPVRGVAAEVVVVKRAARERVRKCMLSGELATGKCLNQETTLIRAGDTRWSSHFSTLSSLMKLFADVLLVLAFVEEEGGTTDNQRRAAGILKFFTSYEFVFYLYMMYDIFSVTSTLSKQLQRKDLDIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027305`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027305

位置 Chr06:12959659-12964968 (-)

描述 Similar to At5g45960: GDSL esterase/lipase At5g45960

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45960`	GDSL 酯酶/脂肪酶 At5g45960。	暂无已核实直接文献
`At1g06990`	GDSL 酯酶/脂肪酶 At1g06990。	暂无已核实直接文献
`At2g04570`	GDSL 酯酶/脂肪酶 At2g04570。	暂无已核实直接文献
`At2g42990`	GDSL 酯酶/脂肪酶 At2g42990。	暂无已核实直接文献
`At3g43570`	GDSL 酯酶/脂肪酶 At3g43570。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027305 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0016297 fatty acyl-[ACP] hydrolase activity 分子功能

GO:0016788 hydrolase activity, acting on ester bonds 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06990

ath:AT2G04570

ath:AT5G45960

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.375

排名 1 · LXL04_027305 · OH-1004

细胞质0.241

排名 2 · LXL04_027305 · OH-1004

内质网0.148

排名 3 · LXL04_027305 · OH-1004

溶酶体／液泡0.099

排名 4 · LXL04_027305 · OH-1004

细胞核0.045

排名 5 · LXL04_027305 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00657.29Lipase_GDSL31-126 aa

PF00657.29Lipase_GDSL439-577 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027305	`PF00657.29`	Lipase_GDSL	31	126	4.7e-17	63.5
LXL04_027305	`PF00657.29`	Lipase_GDSL	439	577	4.7e-17	63.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ40`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At5g45960	67.010%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LMJ3`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At1g06990	51.587%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SJB4`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At2g04570	52.101%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q67ZI9`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At2g42990	51.695%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FYD3`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At3g43570	46.774%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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