LXL04_027241 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027241

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 11577053-11584214 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3729 bp · LXL04_027241|LXL04_027241|OH1004|cDNA

atggcgcccccagcaggtcaccactttggtcgctcacgaagagcaacccaccgatccttaggaaacccccggacaactggggtaaaacccggatgcatccaCCCAGGATCGAACACTGAACCTCCACTAGGAAAGTCGAGCTTTCCTAAGGATTTAGGTATGGATTTGGAAGAAGAGTATGATCAAGGATACAACGATGAGGAAGAAGACATAACCCAAGAGGATGCTTGGGCAGTTATCAGTTCTTATTTCGAAGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3729 bp · LXL04_027241|LXL04_027241|OH1004|CDS

ATGGCGCCCCCAGCAGGTCACCACTTTGGTCGCTCACGAAGAGCAACCCACCGATCCTTAGGAAACCCCCGGACAACTGGGGTAAAACCCGGATGCATCCACCCAGGATCGAACACTGAACCTCCACTAGGAAAGTCGAGCTTTCCTAAGGATTTAGGTATGGATTTGGAAGAAGAGTATGATCAAGGATACAACGATGAGGAAGAAGACATAACCCAAGAGGATGCTTGGGCAGTTATCAGTTCTTATTTCGAAGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1242 aa · LXL04_027241|LXL04_027241|OH1004|PROTEIN

MAPPAGHHFGRSRRATHRSLGNPRTTGVKPGCIHPGSNTEPPLGKSSFPKDLGMDLEEEYDQGYNDEEEDITQEDAWAVISSYFEEKGLVRQQLDSFDEFIQNTMQEIVDESADIEIRPESQHNPGHQPDFAETIYKISFGQIYLSKPMMTESDGETATLFPKAARLRNLTYSAPLYVDVSKRAIKKGHDGEEVTETQDFAKVFIGKVPIMLRSSYCTLFQNSEKDLTELGECPYDQGGYFIINGSEKVLIAQEKMSTNH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027241`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027241

位置 Chr06:11577053-11584214 (-)

描述 Similar to RPB2: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21710`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027241 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006354 DNA-templated transcription elongation 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0035196 miRNA processing 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005665 RNA polymerase II, core complex 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G21710

bta:538184

ddi:DDB_G0288257

hsa:5431

sly:544278

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948

排名 1 · LXL04_027241 · OH-1004

细胞质0.074

排名 2 · LXL04_027241 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 3 · LXL04_027241 · OH-1004

线粒体0.016

排名 4 · LXL04_027241 · OH-1004

内质网0.011

排名 5 · LXL04_027241 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04563.21RNA_pol_Rpb2_188-497 aa

PF04561.20RNA_pol_Rpb2_2258-449 aa

PF04565.22RNA_pol_Rpb2_3522-586 aa

PF04566.19RNA_pol_Rpb2_4621-682 aa

PF04567.23RNA_pol_Rpb2_5707-758 aa

PF00562.34RNA_pol_Rpb2_6765-1135 aa

PF04560.26RNA_pol_Rpb2_71137-1228 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027241	`PF04563.21`	RNA_pol_Rpb2_1	88	497	2.4e-78	263.0
LXL04_027241	`PF04561.20`	RNA_pol_Rpb2_2	258	449	4.9e-55	186.9
LXL04_027241	`PF04565.22`	RNA_pol_Rpb2_3	522	586	4.8e-25	88.2
LXL04_027241	`PF04566.19`	RNA_pol_Rpb2_4	621	682	1.4e-23	83.5
LXL04_027241	`PF04567.23`	RNA_pol_Rpb2_5	707	758	4.5e-18	66.6
LXL04_027241	`PF00562.34`	RNA_pol_Rpb2_6	765	1135	6.5e-141	470.5
LXL04_027241	`PF04560.26`	RNA_pol_Rpb2_7	1137	1228	1.8e-36	125.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P38420`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase II subunit 2	93.510%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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