LXL04_027232 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027232

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 11363648-11365452 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1095 bp · LXL04_027232|LXL04_027232|OH1004|cDNA

ATGAGTTGTAGTTGCTTTGGTTCCAAACGTGTACAAAAGAAACCGATAAGTAGCAGTCATCGGGAATTAGAAGGTTTTTCTCTTGATAATATTAGGAACTTTTCATATAAAGAACTACGACTAGCAACTGATAACTTTGACCGAAATGCAAAGATAGGGCGTGGAGGTTTTGGTATCGTTTACAAGGGAATCTTGAATGATGGAACACAAATAGCTGTAAAAACGCTATGTGCCGAATCAAAACAAGGAGTTCGTGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1095 bp · LXL04_027232|LXL04_027232|OH1004|CDS

ATGAGTTGTAGTTGCTTTGGTTCCAAACGTGTACAAAAGAAACCGATAAGTAGCAGTCATCGGGAATTAGAAGGTTTTTCTCTTGATAATATTAGGAACTTTTCATATAAAGAACTACGACTAGCAACTGATAACTTTGACCGAAATGCAAAGATAGGGCGTGGAGGTTTTGGTATCGTTTACAAGGGAATCTTGAATGATGGAACACAAATAGCTGTAAAAACGCTATGTGCCGAATCAAAACAAGGAGTTCGTGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

364 aa · LXL04_027232|LXL04_027232|OH1004|PROTEIN

MSCSCFGSKRVQKKPISSSHRELEGFSLDNIRNFSYKELRLATDNFDRNAKIGRGGFGIVYKGILNDGTQIAVKTLCAESKQGVREFLTEINTISNVRHQNLVELIGCCVEGTHRILVYEYLENNSLDYALLGKRSHVGELDWKRRSEICIGTARGLAYLHEELEPHIVHRDIKASNILLDKDFTPKIGDFGLAKLFPDTITHISTKIAGTTGYLAPEYVLGGQLTMKADVYSFGVLVLEIVSGRSSSSWGGSQKLLLEW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027232`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027232

位置 Chr06:11363648-11365452 (-)

描述 Similar to CRPK1: Cold-responsive protein kinase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16670`	冷冻耐受的负调控因子，通过磷酸化14-3-3蛋白（例如GRF6）触发其从细胞质转移到细胞核以应对冷胁迫。	暂无已核实直接文献
`At1g53430`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53430。	暂无已核实直接文献
`At1g56140`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g56140。	暂无已核实直接文献
`At1g53440`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53440。	暂无已核实直接文献
`At3g14840`	可能的富含亮氨酸重复（LRR）受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At3g14840。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027232 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009861 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050826 response to freezing 生物过程

GO:0052542 defense response by callose deposition 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16670

ath:AT1G53430

ath:AT1G53440

ath:AT1G56140

ath:AT3G14840

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.657

排名 1 · LXL04_027232 · OH-1004

细胞质0.277

排名 2 · LXL04_027232 · OH-1004

细胞核0.209

排名 3 · LXL04_027232 · OH-1004

内质网0.043

排名 4 · LXL04_027232 · OH-1004

高尔基体0.035

排名 5 · LXL04_027232 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase47-248 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr49-314 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027232	`PF00069.32`	Pkinase	47	248	1e-44	153.6
LXL04_027232	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	49	314	1.9e-45	155.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YN1`	拟南芥	Cold-responsive protein kinase 1	51.541%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGG8`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53430	53.628%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGH3`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56140	51.360%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGG9`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53440	52.997%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGN2`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g14840	53.016%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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