LXL04_027212 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027212

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 11138386-11142302 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2976 bp · LXL04_027212|LXL04_027212|OH1004|cDNA

ATGATCATGGCAAACACTAGTTCTTCGTACGAATGCCAGTTCTATGACGATTATGATTACGGTTTTGCTTTTCCCGCCAACGAGCCGCCGGCGGATTTGGTTGCGTTGTTTAATATGATTGGGGAGAAATCCCGCGGCGACCATTCAGAGGTAGATTTTCACCATGTTTGTTTTGATGTGTATGTCAGTATCTGCATGTTTCCACATGAAAATTTCGGAATTTTTGGTAATATTTCCGAATCTCAGACAATTTGTGGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2976 bp · LXL04_027212|LXL04_027212|OH1004|CDS

ATGATCATGGCAAACACTAGTTCTTCGTACGAATGCCAGTTCTATGACGATTATGATTACGGTTTTGCTTTTCCCGCCAACGAGCCGCCGGCGGATTTGGTTGCGTTGTTTAATATGATTGGGGAGAAATCCCGCGGCGACCATTCAGAGGTAGATTTTCACCATGTTTGTTTTGATGTGTATGTCAGTATCTGCATGTTTCCACATGAAAATTTCGGAATTTTTGGTAATATTTCCGAATCTCAGACAATTTGTGGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

991 aa · LXL04_027212|LXL04_027212|OH1004|PROTEIN

MIMANTSSSYECQFYDDYDYGFAFPANEPPADLVALFNMIGEKSRGDHSEVDFHHVCFDVYVSICMFPHENFGIFGNISESQTICGITNGLNDPASRPIPFSDSPSHGSLAIPPIHYSEPSISRPFYSSDSSFTEIQTFNSGYEKLQFHQDGIAADANPWSTTQDFLPYGKHAMKETYMERLNISNDTLKMDSYGLTDGIFDKSVGNSYQISEPYDNMEAQFMDLSMYSEILCSPSEKLYAPFITSLNKPIYFGLNDIDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027212`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027212

位置 Chr06:11138386-11142302 (+)

描述 Similar to CHR28: Helicase-like transcription factor CHR28

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50410`	可能参与转录基因沉默的解旋酶样转录因子。	SUVR2 is involved in transcriptional gene silencing by associating with SNF2-related chromatin-remodeling proteins in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/cr.2014.156 SNF2 chromatin remodeler-family proteins FRG1 and -2 are required for RNA-directed DNA methylation.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1420515111
`At3g20010`	可能参与转录基因沉默的解旋酶样转录因子。	SUVR2 is involved in transcriptional gene silencing by associating with SNF2-related chromatin-remodeling proteins in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/cr.2014.156 SNF2 chromatin remodeler-family proteins FRG1 and -2 are required for RNA-directed DNA methylation.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1420515111
`At5g22750`	在无差错复制后 DNA 修复或 DNA 损伤耐受途径中发挥作用。	A homolog of ScRAD5 is involved in DNA repair and homologous recombination in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116806 RAD5A, RECQ4A, and MUS81 have specific functions in homologous recombination and define different pathways of DNA repair in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078568 RAD5a and REV3 function in two alternative pathways of DNA-damage tolerance in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1016/j.dnarep.2011.04.009 AtRAD5A is a DNA translocase harboring a HIRAN domain which confers binding to branched DNA structures and is required for DNA repair in vivo.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13283
`At5g43530`	具有内在的依赖 ATP 的核小体重塑活性。	A homolog of ScRAD5 is involved in DNA repair and homologous recombination in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116806

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027212 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50410

ath:AT3G20010

ath:AT5G22750

ath:AT5G43530

spo:2542440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.868

排名 1 · LXL04_027212 · OH-1004

细胞质0.159

排名 2 · LXL04_027212 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 3 · LXL04_027212 · OH-1004

质体0.026

排名 4 · LXL04_027212 · OH-1004

线粒体0.024

排名 5 · LXL04_027212 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00176.30SNF2-rel_dom353-712 aa

PF13920.13zf-C3HC4_3748-794 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2749-785 aa

PF00097.32zf-C3HC4749-785 aa

PF00271.38Helicase_C822-933 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027212	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	353	712	3.6e-65	220.7
LXL04_027212	`PF13920.13`	zf-C3HC4_3	748	794	4.3e-06	27.1
LXL04_027212	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	749	785	8.5e-08	32.6
LXL04_027212	`PF00097.32`	zf-C3HC4	749	785	9.5e-08	32.5
LXL04_027212	`PF00271.38`	Helicase_C	822	933	1.5e-21	77.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BR5`	拟南芥	Helicase-like transcription factor CHR28	52.725%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LHE4`	拟南芥	Helicase-like transcription factor CHR27	49.751%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FNI6`	拟南芥	DNA repair protein RAD5A	36.199%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FIY7`	拟南芥	DNA repair protein RAD5B	35.439%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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