LXL04_027002 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027002

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 6745807-6751438 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1038 bp · LXL04_027002|LXL04_027002|OH1004|cDNA

ATGTTGGATCTCGGTTTTAGAAGGAAGTATGGCTATGGAATTATAAAACACCCTAATCCTTCCGCCGCCAAACTCCACCGCAATCCCAAACACCTCTCACTCTCCCACTCTCTCAACCCCATCAGAAGCCTTCGCACCCGCCTCCCCCACCCTCACTCCATCAACATCTCCACCAAAATAACCGCCGCAATCTCCGTCGGAGACAAGCTCCCCGAATCCACCTTATCCTACTTCGACTCCGACGGCGAGCTCCAAACAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · LXL04_027002|LXL04_027002|OH1004|CDS

ATGTTGGATCTCGGTTTTAGAAGGAAGTATGGCTATGGAATTATAAAACACCCTAATCCTTCCGCCGCCAAACTCCACCGCAATCCCAAACACCTCTCACTCTCCCACTCTCTCAACCCCATCAGAAGCCTTCGCACCCGCCTCCCCCACCCTCACTCCATCAACATCTCCACCAAAATAACCGCCGCAATCTCCGTCGGAGACAAGCTCCCCGAATCCACCTTATCCTACTTCGACTCCGACGGCGAGCTCCAAACAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

345 aa · LXL04_027002|LXL04_027002|OH1004|PROTEIN

MLDLGFRRKYGYGIIKHPNPSAAKLHRNPKHLSLSHSLNPIRSLRTRLPHPHSINISTKITAAISVGDKLPESTLSYFDSDGELQTTTISDLTKSKKTILFAVPCAFTPTCSQKHLPGFVEKSSELKEKGVNTIACISVNYAFVLKAWKADLKIDDEVLILSDGNGDFTKAIGCELDLCDNAIGLGVRSRRYAMLVEDGVVKVLNKNHRRPTAARVCRWQTSPLPFATPPCSPAVKMARWHAAGLVPAIPSSLRSLASYH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027002`
TK1151 ID	TkA05G338770
OH-1004 ID	LXL04_027002
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	75.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 36.937 / OH-1004 11.884 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027002

位置 Chr06:6745807-6751438 (+)

描述 Similar to PRXIIE: Peroxiredoxin-2E, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g52960`	硫醇特异性过氧化物酶，分别催化过氧化氢和有机氢过氧化物还原为水和醇。	暂无已核实直接文献
`At1g65980`	利用硫氧还蛋白或谷胱甘肽还蛋白系统提供的还原当量还原过氧化氢和烷基过氧化物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0625500`	硫醇特异性过氧化物酶，分别催化过氧化氢和有机氢过氧化物还原为水和醇。	暂无已核实直接文献
`Os02g0192700`	硫醇特异性过氧化物酶，分别催化过氧化氢和有机氢过氧化物还原为水和醇。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027002 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

GO:0042744 hydrogen peroxide catabolic process 生物过程

GO:0045454 cell redox homeostasis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65980

ath:AT3G52960

dosa:Os02g0192700

dosa:Os06g0625500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.720

排名 1 · LXL04_027002 · OH-1004

线粒体0.263

排名 2 · LXL04_027002 · OH-1004

细胞质0.097

排名 3 · LXL04_027002 · OH-1004

细胞核0.060

排名 4 · LXL04_027002 · OH-1004

过氧化物酶体0.024

排名 5 · LXL04_027002 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08534.17Redoxin66-206 aa

PF00578.28AhpC-TSA66-201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027002	`PF08534.17`	Redoxin	66	206	2.7e-31	109.1
LXL04_027002	`PF00578.28`	AhpC-TSA	66	201	1.4e-12	48.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q949U7`	拟南芥	Peroxiredoxin-2E, chloroplastic	61.878%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XEX2`	拟南芥	Peroxiredoxin-2B	52.778%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q69TY4`	水稻	Peroxiredoxin-2E-1, chloroplastic	68.794%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7F8S5`	水稻	Peroxiredoxin-2E-2, chloroplastic	64.865%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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