LXL04_026273 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026273

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 124194468-124197791 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1932 bp · LXL04_026273|LXL04_026273|OH1004|cDNA

ATGGGTACAACACAGAAAGATTTAACTGTTGAAAATGCGCTCAAGAATCTCTGTCGCGTTTATGGATGGTCTTACGGCGTTTTCTGGAGATTTGACCACCAAAATTCTCTATTGTTGACTATGCAAGATGCTTTCTTTGAAGACGAAATCAGAGGTCTGATCCATGATTTGCAGCTACAAACTCCCATGCTTGGAGGAGGGTTAATTGGACAAGCTGCTTTTACGAAAAAGCACCTTTGGATGACCTCAGAAGATAATTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1932 bp · LXL04_026273|LXL04_026273|OH1004|CDS

ATGGGTACAACACAGAAAGATTTAACTGTTGAAAATGCGCTCAAGAATCTCTGTCGCGTTTATGGATGGTCTTACGGCGTTTTCTGGAGATTTGACCACCAAAATTCTCTATTGTTGACTATGCAAGATGCTTTCTTTGAAGACGAAATCAGAGGTCTGATCCATGATTTGCAGCTACAAACTCCCATGCTTGGAGGAGGGTTAATTGGACAAGCTGCTTTTACGAAAAAGCACCTTTGGATGACCTCAGAAGATAATTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

643 aa · LXL04_026273|LXL04_026273|OH1004|PROTEIN

MGTTQKDLTVENALKNLCRVYGWSYGVFWRFDHQNSLLLTMQDAFFEDEIRGLIHDLQLQTPMLGGGLIGQAAFTKKHLWMTSEDNYIGQNSSGSIWDMFRDDSKFCLQFSSGIKTIAAIPVEPQGVVQFGSSQKILESTDFINQTKRMFNEIVNGNGPAISSSSPNGLFASLISSQDSQFGGVSESQAMLLDNNQSITNLPQDLFDLPMDFGIPDDFFQTDLANSQFYPQSPGQSNVTFGTLMSNDQLLSQSMGFHSLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026273`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026273

位置 Chr05:124194468-124197791 (-)

描述 Similar to BHLH157: Transcription factor bHLH157

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64625`	可能调控根系发育的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g27230`	转录激活因子，调节根的发育；促进根中韧皮部细胞的生成。	暂无已核实直接文献
`At1g06150`	可能调控根系发育的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g31280`	可能调控根系发育的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0446000`	参与抑制茉莉酸诱导的基因。	RICE SALT SENSITIVE3 forms a ternary complex with JAZ and class-C bHLH factors and regulates jasmonate-induced gene expression and root cell elongation.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.112052

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026273 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007140 male meiotic nuclear division 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010479 stele development 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0090058 metaxylem development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06150

ath:AT1G64625

ath:AT2G27230

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.960

排名 1 · LXL04_026273 · OH-1004

细胞质0.114

排名 2 · LXL04_026273 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 3 · LXL04_026273 · OH-1004

内质网0.020

排名 4 · LXL04_026273 · OH-1004

质体0.014

排名 5 · LXL04_026273 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14215.13bHLH-MYC_N12-48 aa

PF14215.13bHLH-MYC_N63-150 aa

PF23176.1bHLH_LHW430-486 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026273	`PF14215.13`	bHLH-MYC_N	12	48	2.6e-23	83.9
LXL04_026273	`PF14215.13`	bHLH-MYC_N	63	150	2.6e-23	83.9
LXL04_026273	`PF23176.1`	bHLH_LHW	430	486	2.9e-28	98.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7XJU0`	拟南芥	Transcription factor bHLH157	34.797%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XIN0`	拟南芥	Transcription factor LHW	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C7P8`	拟南芥	Transcription factor EMB1444	47.120%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q58G01`	拟南芥	Transcription factor bHLH155	48.913%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`K4PW38`	水稻	Protein RICE SALT SENSITIVE 3	27.841%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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