LXL04_025668 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025668

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 115002218-115007590 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4992 bp · LXL04_025668|LXL04_025668|OH1004|cDNA

ATGCCTGATACTCGATCTGGTACTCAACGCCTGGATGATCATGATCTACTTCTTCAGAAGATCCAATTGGACATAGAAACATTGAAGATGTCGATGACTCAAGGTCAAATCGATAATCAAAAGGAACAAATTGCTAATGCCGATTTCAGAAACACGATGATCGATTGGATGACAAAGCTAGATAAGCGGAGCAATAGTGAGTCCGGTAGTCCTGAATCCGTTGTTTCTCCACTGCAACGTCCGATTTTCACTGAAAATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

4992 bp · LXL04_025668|LXL04_025668|OH1004|CDS

ATGCCTGATACTCGATCTGGTACTCAACGCCTGGATGATCATGATCTACTTCTTCAGAAGATCCAATTGGACATAGAAACATTGAAGATGTCGATGACTCAAGGTCAAATCGATAATCAAAAGGAACAAATTGCTAATGCCGATTTCAGAAACACGATGATCGATTGGATGACAAAGCTAGATAAGCGGAGCAATAGTGAGTCCGGTAGTCCTGAATCCGTTGTTTCTCCACTGCAACGTCCGATTTTCACTGAAAATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1663 aa · LXL04_025668|LXL04_025668|OH1004|PROTEIN

MPDTRSGTQRLDDHDLLLQKIQLDIETLKMSMTQGQIDNQKEQIANADFRNTMIDWMTKLDKRSNSESGSPESVVSPLQRPIFTENPLPPKPPIVEPLKVNTDEPIITNIATIPWAVKKVKLPEFYGYDPQGWIQKASLYFDINGISSSELRVRLAQLSMTGVATHWFTIVKELYDPLLWDQLQAELLERFSGLDVQNPYEQLSTFKQGSSIYDYIDEFEYLLSLVPKLPESQSLGYFIGGLKEDVKQWVRLHQPKSRLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025668`
TK1151 ID	TkA02G528320
OH-1004 ID	LXL04_025668
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	67.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.987 / OH-1004 36.741 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_025668`
位置	Chr05:115002218-115007590 (-)
描述	Similar to TY3B-G: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_025668` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	sce:YGR109W-B sce:YIL082W-A spo:2542672 spo:2542797 spo:2543673 spo:3361218 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.571

排名 1 · LXL04_025668 · OH-1004

细胞核0.473

排名 2 · LXL04_025668 · OH-1004

线粒体0.089

排名 3 · LXL04_025668 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 4 · LXL04_025668 · OH-1004

过氧化物酶体0.032

排名 5 · LXL04_025668 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19259.5Ty3_capsid136-282 aa

PF08284.17RVP_2461-558 aa

PF30863.1PRO_PEG10-RTL1470-565 aa

PF00078.33RVT_1699-859 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2921-1015 aa

PF17917.8RT_RNaseH947-1045 aa

PF17921.8Integrase_H2C21134-1189 aa

PF00665.33rve1212-1303 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025668	`PF19259.5`	Ty3_capsid	136	282	4.7e-09	36.7
LXL04_025668	`PF08284.17`	RVP_2	461	558	1.1e-12	48.6
LXL04_025668	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	470	565	1.7e-07	32.3
LXL04_025668	`PF00078.33`	RVT_1	699	859	2.7e-38	132.6
LXL04_025668	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	921	1015	4.5e-28	98.0
LXL04_025668	`PF17917.8`	RT_RNaseH	947	1045	1.1e-25	90.5
LXL04_025668	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	1134	1189	3.7e-19	69.3
LXL04_025668	`PF00665.33`	rve	1212	1303	2.2e-06	28.6
LXL04_025668	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	1420	1484	8.6e-23	80.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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