LXL04_024367 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024367

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 88572524-88576908 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1569 bp · LXL04_024367|LXL04_024367|OH1004|cDNA

ATGGCAACAAACATCGGAATGATGGACGCTGCTTATTTTGTTGGCCGATCAGAGATTCTAGCGTGGATCAATAGCACTCTCCGACTCAATCTCTCCAAGGTCGAGGAGGCATGTTCCGGTGCGGTTCACTGTCAGCTAATGGATGTCGCACATCCTGGTGCCGTGCCGATGCACAAAGTCAATTTTGATGCCAAAACTGAATACGATATGATTCAGAATTACAAGGTTCTGCAAGATGTTTTCAACAAACTCAAGATCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1569 bp · LXL04_024367|LXL04_024367|OH1004|CDS

ATGGCAACAAACATCGGAATGATGGACGCTGCTTATTTTGTTGGCCGATCAGAGATTCTAGCGTGGATCAATAGCACTCTCCGACTCAATCTCTCCAAGGTCGAGGAGGCATGTTCCGGTGCGGTTCACTGTCAGCTAATGGATGTCGCACATCCTGGTGCCGTGCCGATGCACAAAGTCAATTTTGATGCCAAAACTGAATACGATATGATTCAGAATTACAAGGTTCTGCAAGATGTTTTCAACAAACTCAAGATCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

522 aa · LXL04_024367|LXL04_024367|OH1004|PROTEIN

MATNIGMMDAAYFVGRSEILAWINSTLRLNLSKVEEACSGAVHCQLMDVAHPGAVPMHKVNFDAKTEYDMIQNYKVLQDVFNKLKITKHIEVSKLVKGRPLDNLEFMQWMKRYCDSVSGGANPNYNPEGRREACKGGKDMSRKPIRSSSAVPPKSHNSRRVDTPTPNPTAPLPVKNTTVVDTSAYEQQITELKLTMDSLEKERDFYFGKLRDIEILCRLSTMSNVPVILLLPPTYSISIFSEAGKLRFVLQGIEAIKRIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024367`
TK1151 ID	TkA06G152050
OH-1004 ID	LXL04_024367
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.034 / OH-1004 68.199 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024367

位置 Chr05:88572524-88576908 (-)

描述 Similar to EB1C: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67270`	植物特异性 EB1 亚型，通过调节纺锤体定位和染色体分离，在植物有丝分裂的早期阶段优先发挥作用。	Nuclear-localized subtype of end-binding 1 protein regulates spindle organization in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.062703
`At2g47170`	GTP结合蛋白参与蛋白质运输。	BEX1/ARF1A1C is required for BFA-sensitive recycling of PIN auxin transporters and auxin-mediated development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pct196
`At1g70490`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献
`At1g23490`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024367 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0009652 thigmotropism 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0030865 cortical cytoskeleton organization 生物过程

GO:0031001 response to brefeldin A 生物过程

GO:0031110 regulation of microtubule polymerization or depolymerization 生物过程

GO:0035372 protein localization to microtubule 生物过程

GO:0051225 spindle assembly 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0090354 regulation of auxin metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23490

ath:AT1G70490

ath:AT2G47170

ath:AT5G67270

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.482

排名 1 · LXL04_024367 · OH-1004

高尔基体0.405

排名 2 · LXL04_024367 · OH-1004

内质网0.166

排名 3 · LXL04_024367 · OH-1004

细胞膜0.164

排名 4 · LXL04_024367 · OH-1004

溶酶体／液泡0.130

排名 5 · LXL04_024367 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00307.37CH16-107 aa

PF03271.23EB1199-262 aa

PF00025.28Arf347-517 aa

PF09439.17SRPRB356-483 aa

PF08477.20Roc359-469 aa

PF00071.29Ras359-478 aa

PF04670.19Gtr1_RagA359-474 aa

PF00503.27G-alpha385-470 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024367	`PF00307.37`	CH	16	107	5.1e-10	40.2
LXL04_024367	`PF03271.23`	EB1	199	262	8.9e-13	49.0
LXL04_024367	`PF00025.28`	Arf	347	517	2.5e-79	265.5
LXL04_024367	`PF09439.17`	SRPRB	356	483	1.5e-11	44.7
LXL04_024367	`PF08477.20`	Roc	359	469	3.4e-13	50.6
LXL04_024367	`PF00071.29`	Ras	359	478	6.8e-12	46.0
LXL04_024367	`PF04670.19`	Gtr1_RagA	359	474	5e-09	36.6
LXL04_024367	`PF00503.27`	G-alpha	385	470	1.1e-12	48.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGQ6`	拟南芥	Microtubule-associated protein RP/EB family member 1C	52.575%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P36397`	拟南芥	ADP-ribosylation factor 1	86.740%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0DH91`	拟南芥	ADP-ribosylation factor 2-B	86.740%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQC8`	拟南芥	ADP-ribosylation factor 2-A	86.740%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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