LXL04_023626 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023626

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 57124885-57136607 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2268 bp · LXL04_023626|LXL04_023626|OH1004|cDNA

ATGGCACCAGCGATGACCGCAGCCCAGATTCGACAGTTagtcgccaccgaggtgggccgggcCGTTGCCGATGAGGTgggccgagccgtctccgaggctatcccggagattatcacggcgatccgtgagcagctgGAAACCGTGATTGatgagcgggtgacggctgctatTGGGGCGAcgcagcagcatcaccagcgaggatTCTCCTAcaaggagttctcagcgtgctctcctcctctATTCCAGGGGAGCACTgaccc...

CDS

下载 CDS FASTA

2268 bp · LXL04_023626|LXL04_023626|OH1004|CDS

ATGGCACCAGCGATGACCGCAGCCCAGATTCGACAGTTAGTCGCCACCGAGGTGGGCCGGGCCGTTGCCGATGAGGTGGGCCGAGCCGTCTCCGAGGCTATCCCGGAGATTATCACGGCGATCCGTGAGCAGCTGGAAACCGTGATTGATGAGCGGGTGACGGCTGCTATTGGGGCGACGCAGCAGCATCACCAGCGAGGATTCTCCTACAAGGAGTTCTCAGCGTGCTCTCCTCCTCTATTCCAGGGGAGCACTGACCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

755 aa · LXL04_023626|LXL04_023626|OH1004|PROTEIN

MAPAMTAAQIRQLVATEVGRAVADEVGRAVSEAIPEIITAIREQLETVIDERVTAAIGATQQHHQRGFSYKEFSACSPPLFQGSTDPITCMRWISDVEGAFLTSDCPENAKVRCASNLLRDAANDWWTTWTKAMTNPEISEMPWEDFVTRFRTQYVPQVEMDRLAREFLTMEQTTESIPELNRKFNEMALFCPQYATDEGMKMARYTQMLRTDIREFVVAYPRTSLAELMDAARRREMEVEMQIQKRKATQALVPASSES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023626`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_023626`
位置	Chr05:57124885-57136607 (-)
描述	Similar to gag-pol: Gag-Pol polyprotein (Simian immunodeficiency virus agm.grivet (isolate AGM gr-1)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_023626` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0039657 symbiont-mediated suppression of host gene expression 生物过程 GO:0039702 viral budding via host ESCRT complex 生物过程 GO:0044826 viral genome integration into host DNA 生物过程 GO:0046718 symbiont entry into host cell 生物过程 GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程 GO:0075713 establishment of integrated proviral latency 生物过程 GO:0075732 viral penetration into host nucleus 生物过程 GO:0019013 viral nucleocapsid 细胞组分 GO:0020002 host cell plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.669

排名 1 · LXL04_023626 · OH-1004

细胞核0.443

排名 2 · LXL04_023626 · OH-1004

线粒体0.091

排名 3 · LXL04_023626 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 4 · LXL04_023626 · OH-1004

内质网0.061

排名 5 · LXL04_023626 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03732.25PEG10_N-capsid78-156 aa

PF19259.5Ty3_capsid79-236 aa

PF00098.29zf-CCHC290-305 aa

PF00098.29zf-CCHC310-326 aa

PF17917.8RT_RNaseH476-514 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2481-514 aa

PF17917.8RT_RNaseH647-685 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2652-685 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023626	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	78	156	7e-13	49.4
LXL04_023626	`PF19259.5`	Ty3_capsid	79	236	1.2e-11	45.2
LXL04_023626	`PF00098.29`	zf-CCHC	290	305	5.7e-11	42.7
LXL04_023626	`PF00098.29`	zf-CCHC	310	326	5.7e-11	42.7
LXL04_023626	`PF17917.8`	RT_RNaseH	476	514	1.6e-13	51.4
LXL04_023626	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	481	514	3.9e-13	50.0
LXL04_023626	`PF17917.8`	RT_RNaseH	647	685	1.6e-13	51.4
LXL04_023626	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	652	685	3.9e-13	50.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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