LXL04_023088 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023088

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 22747762-22751579 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3729 bp · LXL04_023088|LXL04_023088|OH1004|cDNA

ATGGCCGAAATCGTTCTTTCTGCATTGTTCACGGTGGTCTTTGAAAAGCTAACCTCAGAAACCTTGAGGAAGGTTGCCCGCTCCAAGGGAACTGATTCTCAGCTCAAGAAACTAAAGCTCTCGTTAATCTACATCAAATCTCTTCTCAATGATGCTTCTGAGAAGGAGATAAGTGATGAAGCTGTTAAAGAATGGTTGAATGGTCTCCAACATTTGGCTTACGACATAGACGACCTTCTTGATGATTTGGCAACGGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3729 bp · LXL04_023088|LXL04_023088|OH1004|CDS

ATGGCCGAAATCGTTCTTTCTGCATTGTTCACGGTGGTCTTTGAAAAGCTAACCTCAGAAACCTTGAGGAAGGTTGCCCGCTCCAAGGGAACTGATTCTCAGCTCAAGAAACTAAAGCTCTCGTTAATCTACATCAAATCTCTTCTCAATGATGCTTCTGAGAAGGAGATAAGTGATGAAGCTGTTAAAGAATGGTTGAATGGTCTCCAACATTTGGCTTACGACATAGACGACCTTCTTGATGATTTGGCAACGGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1242 aa · LXL04_023088|LXL04_023088|OH1004|PROTEIN

MAEIVLSALFTVVFEKLTSETLRKVARSKGTDSQLKKLKLSLIYIKSLLNDASEKEISDEAVKEWLNGLQHLAYDIDDLLDDLATEAMKRDLIEKSGSTISKVRKLIPTCCTNFALSSRMQAKLDDISSKLLELVETKDNLGDKDTLLHKLLRDEPCDKNFSILPIVGMGGIGKTALARLLYDEMLGNDHFQVMAWVCVSDDFDILKISKTILQSVGGGNQEFSDLNRLQVALKERISKKRFLIVLDDVWSENYAEWEIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023088`
TK1151 ID	TkA06G404000
OH-1004 ID	LXL04_023088
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	82.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 77.939 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023088

位置 Chr05:22747762-22751579 (-)

描述 Similar to RPPL1: Putative disease resistance RPP13-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14470`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g14460`	潜在的抗病蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023088 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0004016 adenylate cyclase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14460

ath:AT3G14470

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.400

排名 1 · LXL04_023088 · OH-1004

细胞质0.384

排名 2 · LXL04_023088 · OH-1004

细胞核0.260

排名 3 · LXL04_023088 · OH-1004

内质网0.073

排名 4 · LXL04_023088 · OH-1004

质体0.055

排名 5 · LXL04_023088 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18052.7Rx_N8-95 aa

PF00931.29NB-ARC144-314 aa

PF23559.2WHD_DRP397-465 aa

PF23598.2LRR_14543-859 aa

PF12799.14LRR_4551-587 aa

PF25019.1LRR_R13L1-DRL21662-788 aa

PF23247.2LRR_RPS21055-1100 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023088	`PF18052.7`	Rx_N	8	95	1.5e-18	67.4
LXL04_023088	`PF00931.29`	NB-ARC	144	314	1.3e-31	110.2
LXL04_023088	`PF23559.2`	WHD_DRP	397	465	8.6e-25	87.3
LXL04_023088	`PF23598.2`	LRR_14	543	859	6.7e-33	114.6
LXL04_023088	`PF12799.14`	LRR_4	551	587	6e-12	46.1
LXL04_023088	`PF25019.1`	LRR_R13L1-DRL21	662	788	1.2e-44	152.0
LXL04_023088	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1055	1100	2e-17	64.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LRR4`	拟南芥	Putative disease resistance RPP13-like protein 1	34.735%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LRR5`	拟南芥	Putative disease resistance protein At3g14460	35.951%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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