LXL04_022921 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022921

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 13628623-13633157 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4254 bp · LXL04_022921|LXL04_022921|OH1004|cDNA

ATGGCTCCTGGTTTGGGAACCAACGCTCAGAGAATTGAGGAGATGGAGGCAGGTTTGGAAGAAGTCAAAACAACGATCACTGATTTACAACAGCAAGTTGTCGATCAGTTTGCTTTACTAAGCGAGAAGATGGCAGAGGAGCACGAGAAATTGAGACAATCGTTGGCATCAGAAAGGGCACCAGTGATAGAAGAGCTGATCCTGAACAGTGGTGGTCGACCATCAGGGGTGAACGGGAAAGGTGCAGAAACTTCACATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

4254 bp · LXL04_022921|LXL04_022921|OH1004|CDS

ATGGCTCCTGGTTTGGGAACCAACGCTCAGAGAATTGAGGAGATGGAGGCAGGTTTGGAAGAAGTCAAAACAACGATCACTGATTTACAACAGCAAGTTGTCGATCAGTTTGCTTTACTAAGCGAGAAGATGGCAGAGGAGCACGAGAAATTGAGACAATCGTTGGCATCAGAAAGGGCACCAGTGATAGAAGAGCTGATCCTGAACAGTGGTGGTCGACCATCAGGGGTGAACGGGAAAGGTGCAGAAACTTCACATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1417 aa · LXL04_022921|LXL04_022921|OH1004|PROTEIN

MAPGLGTNAQRIEEMEAGLEEVKTTITDLQQQVVDQFALLSEKMAEEHEKLRQSLASERAPVIEELILNSGGRPSGVNGKGAETSHQGGSNWRFRKLDMPIFDGTNPDGWILRAERSLKAGSLYEQWLASKQIGSVLEYQRRFIELSAPLNGITEEVAMGQFINGLKNEIRAEVRVMGPRSLDQAMELAVKIEDKVNPTLFRPTFAKSTQSTTNLQNHSSSFSSSSSGTHPTVKPLFTGSYSKPIRETRRLSEKELQEKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022921`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_022921`
位置	Chr05:13628623-13633157 (-)
描述	Similar to Tf2-9: Transposon Tf2-9 polyprotein (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_022921` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	spo:2542672 spo:2542797 spo:2543673 spo:3361218 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.572

排名 1 · LXL04_022921 · OH-1004

细胞核0.439

排名 2 · LXL04_022921 · OH-1004

线粒体0.088

排名 3 · LXL04_022921 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 4 · LXL04_022921 · OH-1004

内质网0.031

排名 5 · LXL04_022921 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30901.1PEG10-RTL1_C-capsid131-195 aa

PF00078.33RVT_1550-710 aa

PF17917.8RT_RNaseH785-874 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2785-844 aa

PF17921.8Integrase_H2C2965-1018 aa

PF00665.33rve1033-1132 aa

PF24626.2SH3_Tf2-11249-1311 aa

PF00385.31Chromo1336-1381 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022921	`PF30901.1`	PEG10-RTL1_C-capsid	131	195	5.6e-06	27.0
LXL04_022921	`PF00078.33`	RVT_1	550	710	2.3e-40	139.3
LXL04_022921	`PF17917.8`	RT_RNaseH	785	874	2.4e-26	92.7
LXL04_022921	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	785	844	2.2e-17	63.7
LXL04_022921	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	965	1018	1.2e-15	58.1
LXL04_022921	`PF00665.33`	rve	1033	1132	9.3e-06	26.6
LXL04_022921	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	1249	1311	2.2e-21	76.5
LXL04_022921	`PF00385.31`	Chromo	1336	1381	1.6e-06	28.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情