LXL04_021414 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021414

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 129346094-129350680 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1731 bp · LXL04_021414|LXL04_021414|OH1004|cDNA

ATGCTTTCTAACTTTTCCCCTCCGAAAATCGTAGTAGCTGGACCATCGAAAACAAACACCGGATCAACGTCAATGCCGTCGGCTCCTGTAATCGGGGTGGTAATATTTCTGCTCAAGGACAACACGGTTCTTTTAGGGCGTCGCCGAGCTTCAGTCGGCGACAACACCTTCGCACTCCCCGGCGGCCGCCTTGAGTTTGgTGAAAGCTTTGAGGAATGTGCAGCACGAGAGGTGAAGGAGGAAACAGGGTTAGATATCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1731 bp · LXL04_021414|LXL04_021414|OH1004|CDS

ATGCTTTCTAACTTTTCCCCTCCGAAAATCGTAGTAGCTGGACCATCGAAAACAAACACCGGATCAACGTCAATGCCGTCGGCTCCTGTAATCGGGGTGGTAATATTTCTGCTCAAGGACAACACGGTTCTTTTAGGGCGTCGCCGAGCTTCAGTCGGCGACAACACCTTCGCACTCCCCGGCGGCCGCCTTGAGTTTGGTGAAAGCTTTGAGGAATGTGCAGCACGAGAGGTGAAGGAGGAAACAGGGTTAGATATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

576 aa · LXL04_021414|LXL04_021414|OH1004|PROTEIN

MLSNFSPPKIVVAGPSKTNTGSTSMPSAPVIGVVIFLLKDNTVLLGRRRASVGDNTFALPGGRLEFGESFEECAAREVKEETGLDIKDIKYLTITNNVFTEGEKPLHIVAVYMRASLSDPDQIPENVEPDKCYGWDWYDWKNLPQPLFPPLETMLKSEFSPFPIDLNCTYAQKIKKSCTYAKVKKKYRFFGNFFQRIVMIKNVLEGSEVGFLKGITFQSIFLSRLFRLLVGGYFIAIPTKMPTTKRVRQINDGPTSVSDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021414`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021414

位置 Chr04:129346094-129350680 (-)

描述 Similar to NUDT1: Nudix hydrolase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g68760`	介导一些核苷二磷酸衍生物的水解。	A nudix enzyme removes pyrophosphate from dihydroneopterin triphosphate in the folate synthesis pathway of bacteria and plants.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m413759200 Comprehensive analysis of cytosolic Nudix hydrolases in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1074/jbc.m503536200 AtNUDX1, an 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine 5'-triphosphate pyrophosphohydrolase, is responsible for eliminating oxidized nucleotides in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm112

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021414 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006195 purine nucleotide catabolic process 生物过程

GO:0006203 dGTP catabolic process 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009217 purine deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process 生物过程

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0042178 xenobiotic catabolic process 生物过程

GO:0042262 DNA protection 生物过程

GO:0055086 nucleobase-containing small molecule metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ag:AFW17224

ath:AT1G68760

hsa:55270

mmu:214254

mmu:70650

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.500

排名 1 · LXL04_021414 · OH-1004

细胞核0.493

排名 2 · LXL04_021414 · OH-1004

线粒体0.067

排名 3 · LXL04_021414 · OH-1004

细胞膜0.053

排名 4 · LXL04_021414 · OH-1004

内质网0.048

排名 5 · LXL04_021414 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00293.35NUDIX31-148 aa

PF04046.22PSP396-436 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021414	`PF00293.35`	NUDIX	31	148	3.1e-18	66.8
LXL04_021414	`PF04046.22`	PSP	396	436	6.6e-13	48.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CA40`	拟南芥	Nudix hydrolase 1	63.971%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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