LXL04_021175 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021175

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 123272315-123276820 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1737 bp · LXL04_021175|LXL04_021175|OH1004|cDNA

atggaaACTAATACCGCACTTTTTTTACTCCAAATAATAAACCTAATTAAACCTAAAGAACAATCGCGGCTCCATCTGTCCATCTCTCCCGTTTCCGACTTTTCTCCTGGTCTCGGTCTCTTGCTCTCTATCGGCGACTCCAAGGCTTCAACTCCGCTGCCGGCGTCGCACTGGCCACTGGTCCACTGGTCGCACTTCATCTCCAACACATTTCGTCTCCGCCGGTCGCATCACTTCATCTTCAGGTATTTCAAAATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1737 bp · LXL04_021175|LXL04_021175|OH1004|CDS

ATGGAAACTAATACCGCACTTTTTTTACTCCAAATAATAAACCTAATTAAACCTAAAGAACAATCGCGGCTCCATCTGTCCATCTCTCCCGTTTCCGACTTTTCTCCTGGTCTCGGTCTCTTGCTCTCTATCGGCGACTCCAAGGCTTCAACTCCGCTGCCGGCGTCGCACTGGCCACTGGTCCACTGGTCGCACTTCATCTCCAACACATTTCGTCTCCGCCGGTCGCATCACTTCATCTTCAGGTATTTCAAAATTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

578 aa · LXL04_021175|LXL04_021175|OH1004|PROTEIN

METNTALFLLQIINLIKPKEQSRLHLSISPVSDFSPGLGLLLSIGDSKASTPLPASHWPLVHWSHFISNTFRLRRSHHFIFRYFKISFSMFDVLKNNRGSIYPSLLFPTFLLVSVSFSLSATPRLQLRCRPNIGGYCLMGKIPLDFLHLSWEKSPNLSLGERVEVMSTVSMQSCFMKSILQQVPMMISAEELGAKDISPYDVYSYKNIPRNSMSHVIRLRTGNVVFNYKYYNNILQRSEVTEDYSCPFCLVKCASYKVNE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021175`
TK1151 ID	TkA07G099510
OH-1004 ID	LXL04_021175
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 49.194 / OH-1004 8.997 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021175

位置 Chr04:123272315-123276820 (-)

描述 Similar to SPY: Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11540`	可能的O-链接N-乙酰氨基葡萄糖转移酶（OGT），参与各种过程，如赤霉素（GA）信号通路和昼夜节律。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0559300`	可能的O-连接N-乙酰葡萄糖胺转移酶（OGT），参与赤霉素（GA）信号通路等多种过程。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021175 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0036066 protein O-linked glycosylation via fucose 生物过程

GO:0048511 rhythmic process 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016262 protein N-acetylglucosaminyltransferase activity 分子功能

GO:0046922 peptide-O-fucosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11540

dosa:Os08g0559300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.328

排名 1 · LXL04_021175 · OH-1004

细胞质0.282

排名 2 · LXL04_021175 · OH-1004

线粒体0.142

排名 3 · LXL04_021175 · OH-1004

内质网0.130

排名 4 · LXL04_021175 · OH-1004

细胞膜0.125

排名 5 · LXL04_021175 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24663.2DUF7651128-178 aa

PF23320.2Zn_SUZ12222-257 aa

PF13844.13Glyco_transf_41417-569 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021175	`PF24663.2`	DUF7651	128	178	1e-20	74.8
LXL04_021175	`PF23320.2`	Zn_SUZ12	222	257	1.7e-13	50.8
LXL04_021175	`PF13844.13`	Glyco_transf_41	417	569	6.9e-22	78.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q96301`	拟南芥	Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY	75.543%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6YZI0`	水稻	Probable UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase SPINDLY	75.543%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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