LXL04_019474 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019474

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 32212347-32216315 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1395 bp · LXL04_019474|LXL04_019474|OH1004|cDNA

ATGGATAGGATGTTTTCAGTGGACGATATCGCGGGCCACTTTTGGTCGCCATCGCCGGCCGCCGGCGCAGCCGACGAGGATGAATCGTCGTCTTCTTCATCCGCATCTAAGAGCAAGTCAACGCCGGCGATGATGAATCGGAGCATGTCGGAGTGGCAATTTCAACGCTTCCTCCAAGAAGCATCGGCACCACCGGAATCTACCTCCTATAGACCAAACGAAGTTGTCGAGATCAAGGATCAAGATGAGCTTCGAGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1395 bp · LXL04_019474|LXL04_019474|OH1004|CDS

ATGGATAGGATGTTTTCAGTGGACGATATCGCGGGCCACTTTTGGTCGCCATCGCCGGCCGCCGGCGCAGCCGACGAGGATGAATCGTCGTCTTCTTCATCCGCATCTAAGAGCAAGTCAACGCCGGCGATGATGAATCGGAGCATGTCGGAGTGGCAATTTCAACGCTTCCTCCAAGAAGCATCGGCACCACCGGAATCTACCTCCTATAGACCAAACGAAGTTGTCGAGATCAAGGATCAAGATGAGCTTCGAGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

464 aa · LXL04_019474|LXL04_019474|OH1004|PROTEIN

MDRMFSVDDIAGHFWSPSPAAGAADEDESSSSSSASKSKSTPAMMNRSMSEWQFQRFLQEASAPPESTSYRPNEVVEIKDQDELREKNQPSATTTATLKNNESGRTTGSSTGGGAAATTSFGASIAGGPPNVPIDSEEYQAYLKSRLNLACAAVALTRASSAKAQDFAGLTDNGSQASNTSQLGYQVPSKGFDPKGASKDGGGPIGIPSLPAVQKKVAAIPVKSATSGSSRELSDDDELDGDTETTQNMDPTDAKRVRRM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019474`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019474

位置 Chr04:32212347-32216315 (+)

描述 Similar to CPRF2: Light-inducible protein CPRF2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g28770`	参与控制饥饿反应的转录因子。	SnRK1-triggered switch of bZIP63 dimerization mediates the low-energy response in plants.2015 · DOI: 10.7554/elife.05828
`At4g02640`	结合C-box样基序（5'-TGCTGACGTCA-3'）和G-box样基序（5'-CCACGTGGCC-3'）、基因启动子的ABRE元件的转录因子。	Synergistic activation of seed storage protein gene expression in Arabidopsis by ABI3 and two bZIPs related to OPAQUE2.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m210538200 Combinatorial control of Arabidopsis proline dehydrogenase transcription by specific heterodimerisation of bZIP transcription factors.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601206 bZIP10-LSD1 antagonism modulates basal defense and cell death in Arabidopsis following infection.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601312 A nuclear gene encoding the iron-sulfur subunit of mitochondrial complex II is regulated by B3 domain transcription factors during seed development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.136531 A pivotal role of the basic leucine zipper transcription factor bZIP53 in the regulation of Arabidopsis seed maturation gene expression based on heterodimerization and protein complex formation.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062968
`At3g54620`	转录因子，结合 5'-ACGT-3' 底物，尤其存在于 G-box 样序列 (5'-CCACGTGGCC-3')、ABRE 元件及种子贮存蛋白 (SSP) 编码基因启动子 (例如) 中。	Synergistic activation of seed storage protein gene expression in Arabidopsis by ABI3 and two bZIPs related to OPAQUE2.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m210538200 A nuclear gene encoding the iron-sulfur subunit of mitochondrial complex II is regulated by B3 domain transcription factors during seed development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.136531 A pivotal role of the basic leucine zipper transcription factor bZIP53 in the regulation of Arabidopsis seed maturation gene expression based on heterodimerization and protein complex formation.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.062968

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0796900`	转录激活因子，能结合 α-球蛋白基因启动子中的 DNA 特异序列 5'-GCCACGT[AC]AG-3'。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019474 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002240 response to molecule of oomycetes origin 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程

GO:0071333 cellular response to glucose stimulus 生物过程

GO:2000693 positive regulation of seed maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54620

ath:AT4G02640

ath:AT5G28770

dosa:Os03g0796900

osa:4334424

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976

排名 1 · LXL04_019474 · OH-1004

细胞质0.089

排名 2 · LXL04_019474 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 3 · LXL04_019474 · OH-1004

内质网0.017

排名 4 · LXL04_019474 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_019474 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07716.21bZIP_2252-301 aa

PF00170.27bZIP_1254-306 aa

PF12498.14bZIP_C322-449 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019474	`PF07716.21`	bZIP_2	252	301	2.9e-08	34.3
LXL04_019474	`PF00170.27`	bZIP_1	254	306	6.5e-14	52.5
LXL04_019474	`PF12498.14`	bZIP_C	322	449	1.3e-33	117.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B9DGI8`	拟南芥	Basic leucine zipper 63	40.089%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22763`	拟南芥	Basic leucine zipper 10	39.429%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M1G6`	拟南芥	Basic leucine zipper 25	38.162%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7X9A8`	水稻	bZIP transcription factor RISBZ2	46.296%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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