LXL04_019451 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019451

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 31502163-31502835 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

297 bp · LXL04_019451|LXL04_019451|OH1004|cDNA

ATGCTGGGTGGGCCTGGACTTGAAACGGTTGTTGATCAAATCATATCGGTCATTACAAATGATGGTCGCAACATAGTGGGAGTATTGAAAGGGTTCGATCAAGCTACAAATATAATTCTTGATGAATCTCATGAAAGAGTTTATTCCACCAAGGAAGGTGTTCAGCAACTCGTATTAGGTCTCTACATCATAAGGGGTGATAacatAAGTGTTATTGGGGAGTTAGATGAAGAGCTTGATGCCAGCTTGGATTTGTCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

297 bp · LXL04_019451|LXL04_019451|OH1004|CDS

ATGCTGGGTGGGCCTGGACTTGAAACGGTTGTTGATCAAATCATATCGGTCATTACAAATGATGGTCGCAACATAGTGGGAGTATTGAAAGGGTTCGATCAAGCTACAAATATAATTCTTGATGAATCTCATGAAAGAGTTTATTCCACCAAGGAAGGTGTTCAGCAACTCGTATTAGGTCTCTACATCATAAGGGGTGATAACATAAGTGTTATTGGGGAGTTAGATGAAGAGCTTGATGCCAGCTTGGATTTGTCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

98 aa · LXL04_019451|LXL04_019451|OH1004|PROTEIN

MLGGPGLETVVDQIISVITNDGRNIVGVLKGFDQATNIILDESHERVYSTKEGVQQLVLGLYIIRGDNISVIGELDEELDASLDLSQLKAHPLKPVIH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019451`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019451

位置 Chr04:31502163-31502835 (+)

描述 Similar to LSM8: Sm-like protein LSM8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65700`	核 LSM2-LSM8 复合物的组成部分，涉及核 mRNA 的剪接。	Arabidopsis thaliana LSM proteins function in mRNA splicing and degradation.2013 · DOI: 10.1093/nar/gkt296 Prefoldins contribute to maintaining the levels of the spliceosome LSM2-8 complex through Hsp90 in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1093/nar/gkaa354

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019451 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000244 spliceosomal tri-snRNP complex assembly 生物过程

GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0016070 RNA metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005688 U6 snRNP 细胞组分

GO:0046540 U4/U6 x U5 tri-snRNP complex 细胞组分

GO:0071005 U2-type precatalytic spliceosome 细胞组分

GO:0071011 precatalytic spliceosome 细胞组分

GO:0120115 Lsm2-8 complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65700

bta:613630

hsa:51691

mmu:76522

pon:100172134

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.858

排名 1 · LXL04_019451 · OH-1004

细胞质0.539

排名 2 · LXL04_019451 · OH-1004

线粒体0.017

排名 3 · LXL04_019451 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 4 · LXL04_019451 · OH-1004

溶酶体／液泡0.013

排名 5 · LXL04_019451 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01423.29LSM7-73 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019451	`PF01423.29`	LSM	7	73	3.2e-18	65.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYI0`	拟南芥	Sm-like protein LSM8	87.755%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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